Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt
Basados en las investigaciones realizadas por el grupo de Transcriptómica de la Universidad de Leipzig y el Grupo de RNómica Teórica de la Universidad Nacional de Colombia, se ha demostrado la importancia de realizar análisis innovadores sobre bloques de alineamientos múltiples de ARNts. Estos bloqu...
- Autores:
-
Torres Baquero, Edgar Hernán
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2017
- Institución:
- Universidad Nacional de Colombia
- Repositorio:
- Universidad Nacional de Colombia
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.unal.edu.co:unal/61027
- Acceso en línea:
- https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/61027
http://bdigital.unal.edu.co/59832/
- Palabra clave:
- 51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
Transcriptómica
- Rights
- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
| id |
UNACIONAL2_b653752c06113ba9efbc94b7fc290705 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/61027 |
| network_acronym_str |
UNACIONAL2 |
| network_name_str |
Universidad Nacional de Colombia |
| repository_id_str |
|
| dc.title.spa.fl_str_mv |
Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt |
| title |
Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt |
| spellingShingle |
Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt 51 Matemáticas / Mathematics 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology Transcriptómica |
| title_short |
Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt |
| title_full |
Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt |
| title_fullStr |
Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt |
| title_full_unstemmed |
Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt |
| title_sort |
Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt |
| dc.creator.fl_str_mv |
Torres Baquero, Edgar Hernán |
| dc.contributor.author.spa.fl_str_mv |
Torres Baquero, Edgar Hernán |
| dc.contributor.spa.fl_str_mv |
Bermúdez Santana, Clara Isabel Ramírez Ramírez, José Luis |
| dc.subject.ddc.spa.fl_str_mv |
51 Matemáticas / Mathematics 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology |
| topic |
51 Matemáticas / Mathematics 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology Transcriptómica |
| dc.subject.proposal.spa.fl_str_mv |
Transcriptómica |
| description |
Basados en las investigaciones realizadas por el grupo de Transcriptómica de la Universidad de Leipzig y el Grupo de RNómica Teórica de la Universidad Nacional de Colombia, se ha demostrado la importancia de realizar análisis innovadores sobre bloques de alineamientos múltiples de ARNts. Estos bloques son construidos utilizando el programa Blockbuster y con su uso se ha logrado plantear un modo de caracterizar, preliminarmente las formas que toman los alineamientos sobre los ARNts. Dada la creciente necesidad de desarrollar herramientas de cómputo para el estudio de bloques de alineamientos de lecturas sobre los ARNts, en esta tesis proponemos una metodología complementaria a la usada en Blockbuster. Esta nueva metodología está basada en principios de combinatoria de palabras y busca, entre otras cosas, que pueda ser aplicada en diferentes tipos de moléculas biológicas, que desde la perspectiva de la bioinformática, describen particularidades de intrincados procesos celulares y tisulares sobre la morfología de los bloques de cadenas alineadas. Con el objetivo principal de estudiar diferencias morfológicas entre estos alineamientos, para volúmenes significativos de secuencias alineadas, se utilizan algunos resultados de la combinatoria sobre cadenas de caracteres, más conocida como combinatoria en palabras, para el análisis de estos bloques de información. En virtud de ello, esta tesis reúne una serie de conceptos orientados esencialmente al estudio de alineamientos. Para lo cual se definen relaciones entre cadenas de caracteres, caracterizando los bloques de alineamientos, que denominamos cluster y estudiando la complejidad de subcadenas y la valencia de cadenas, con el fin de presentar una implementación computacional, para ser aplicado sobre librerías de ARNts extraídas de tejido cerebral humano. |
| publishDate |
2017 |
| dc.date.issued.spa.fl_str_mv |
2017-10-12 |
| dc.date.accessioned.spa.fl_str_mv |
2019-07-02T19:43:56Z |
| dc.date.available.spa.fl_str_mv |
2019-07-02T19:43:56Z |
| dc.type.spa.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Maestría |
| dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| dc.type.version.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/acceptedVersion |
| dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
| dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/TM |
| status_str |
acceptedVersion |
| dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/61027 |
| dc.identifier.eprints.spa.fl_str_mv |
http://bdigital.unal.edu.co/59832/ |
| url |
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/61027 http://bdigital.unal.edu.co/59832/ |
| dc.language.iso.spa.fl_str_mv |
spa |
| language |
spa |
| dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv |
Universidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de Ciencias Departamento de Matemáticas Departamento de Matemáticas |
| dc.relation.references.spa.fl_str_mv |
Torres Baquero, Edgar Hernán (2017) Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá. |
| dc.rights.spa.fl_str_mv |
Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia |
| dc.rights.coar.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| dc.rights.license.spa.fl_str_mv |
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional |
| dc.rights.uri.spa.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ |
| dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
| rights_invalid_str_mv |
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv |
application/pdf |
| institution |
Universidad Nacional de Colombia |
| bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/61027/1/Aplicaciones%20de%20combinatoriasobre%20cadenas%20para%20analizar%20datosRN%c3%b3micos%20y%20transcript%c3%b3micos%20deARNt.pdf https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/61027/2/Aplicaciones%20de%20combinatoriasobre%20cadenas%20para%20analizar%20datosRN%c3%b3micos%20y%20transcript%c3%b3micos%20deARNt.pdf.jpg |
| bitstream.checksum.fl_str_mv |
6597049ba6a406acef0d096d8910f6c2 971282f0a932f1a19510a3cf4bfa18c4 |
| bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
| repository.name.fl_str_mv |
Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia |
| repository.mail.fl_str_mv |
repositorio_nal@unal.edu.co |
| _version_ |
1814090165762654208 |
| spelling |
Atribución-NoComercial 4.0 InternacionalDerechos reservados - Universidad Nacional de Colombiahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Bermúdez Santana, Clara IsabelRamírez Ramírez, José LuisTorres Baquero, Edgar Hernán0a1f58a2-336e-4f62-9e88-25ff8e327b0b3002019-07-02T19:43:56Z2019-07-02T19:43:56Z2017-10-12https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/61027http://bdigital.unal.edu.co/59832/Basados en las investigaciones realizadas por el grupo de Transcriptómica de la Universidad de Leipzig y el Grupo de RNómica Teórica de la Universidad Nacional de Colombia, se ha demostrado la importancia de realizar análisis innovadores sobre bloques de alineamientos múltiples de ARNts. Estos bloques son construidos utilizando el programa Blockbuster y con su uso se ha logrado plantear un modo de caracterizar, preliminarmente las formas que toman los alineamientos sobre los ARNts. Dada la creciente necesidad de desarrollar herramientas de cómputo para el estudio de bloques de alineamientos de lecturas sobre los ARNts, en esta tesis proponemos una metodología complementaria a la usada en Blockbuster. Esta nueva metodología está basada en principios de combinatoria de palabras y busca, entre otras cosas, que pueda ser aplicada en diferentes tipos de moléculas biológicas, que desde la perspectiva de la bioinformática, describen particularidades de intrincados procesos celulares y tisulares sobre la morfología de los bloques de cadenas alineadas. Con el objetivo principal de estudiar diferencias morfológicas entre estos alineamientos, para volúmenes significativos de secuencias alineadas, se utilizan algunos resultados de la combinatoria sobre cadenas de caracteres, más conocida como combinatoria en palabras, para el análisis de estos bloques de información. En virtud de ello, esta tesis reúne una serie de conceptos orientados esencialmente al estudio de alineamientos. Para lo cual se definen relaciones entre cadenas de caracteres, caracterizando los bloques de alineamientos, que denominamos cluster y estudiando la complejidad de subcadenas y la valencia de cadenas, con el fin de presentar una implementación computacional, para ser aplicado sobre librerías de ARNts extraídas de tejido cerebral humano.Abstract: Based on the investigations carried out by the Leipzig University’s Transcriptomics group and the Universidad Nacional de Colombia’s Theoretic RNómica Ggroup, the importance of performing innovative tests on multiple alignment blocks of tRNAs has been demonstrated. These blocks are built using the software Blockbuster and, with its use, it has been previously possible to propose a way of preliminary characterizing the forms alignments take on the tRNAs. Using this thesis we are looking to propose a complementarty methodology to the one used in Blockbuster to characterize multiple alignment blocks of tRNAs given the increasing necessity in developing computational tools built on mathematical models based on combinatorial principles and the current boom in studies of alignment blocks of readings not only on tRNAs but on many other types of biological molecules that, from a bioinformatics’ perspective, allow to identify peculiarities in intricate celluar and tissue processes influencing alignment blocks’ morphology. It is so, with the principal objective of studying morphologic diferences between these alignments, for significant volumes of aligned sequences, some results of combinatorial characters strings are used, better known as combinatorial on words to analyze these blocks of information. Accordingly, this thesis brings together a number of concepts essentially oriented to the study of these alignments defining relations between characters strings, characterizing alignment blocks that we will call çluster.and studying the total complexity and valence of chains, with the final purpose of proposing a computational implementation of the theoretical foundation particularly applied to libraries of tRNAs extracted from human brain tissue.Maestríaapplication/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de Ciencias Departamento de MatemáticasDepartamento de MatemáticasTorres Baquero, Edgar Hernán (2017) Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá.51 Matemáticas / Mathematics57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biologyTranscriptómicaAplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNtTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMORIGINALAplicaciones de combinatoriasobre cadenas para analizar datosRNómicos y transcriptómicos deARNt.pdfapplication/pdf1644195https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/61027/1/Aplicaciones%20de%20combinatoriasobre%20cadenas%20para%20analizar%20datosRN%c3%b3micos%20y%20transcript%c3%b3micos%20deARNt.pdf6597049ba6a406acef0d096d8910f6c2MD51THUMBNAILAplicaciones de combinatoriasobre cadenas para analizar datosRNómicos y transcriptómicos deARNt.pdf.jpgAplicaciones de combinatoriasobre cadenas para analizar datosRNómicos y transcriptómicos deARNt.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4418https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/61027/2/Aplicaciones%20de%20combinatoriasobre%20cadenas%20para%20analizar%20datosRN%c3%b3micos%20y%20transcript%c3%b3micos%20deARNt.pdf.jpg971282f0a932f1a19510a3cf4bfa18c4MD52unal/61027oai:repositorio.unal.edu.co:unal/610272024-04-16 23:34:36.819Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co |