Aplicaciones de combinatoria sobre cadenas para analizar datos RNómicos y transcriptómicos de ARNt

Basados en las investigaciones realizadas por el grupo de Transcriptómica de la Universidad de Leipzig y el Grupo de RNómica Teórica de la Universidad Nacional de Colombia, se ha demostrado la importancia de realizar análisis innovadores sobre bloques de alineamientos múltiples de ARNts. Estos bloques son construidos utilizando el programa Blockbuster y con su uso se ha logrado plantear un modo de caracterizar, preliminarmente las formas que toman los alineamientos sobre los ARNts. Dada la creciente necesidad de desarrollar herramientas de cómputo para el estudio de bloques de alineamientos de lecturas sobre los ARNts, en esta tesis proponemos una metodología complementaria a la usada en Blockbuster. Esta nueva metodología está basada en principios de combinatoria de palabras y busca, entre otras cosas, que pueda ser aplicada en diferentes tipos de moléculas biológicas, que desde la perspectiva de la bioinformática, describen particularidades de intrincados procesos celulares y tisulares sobre la morfología de los bloques de cadenas alineadas. Con el objetivo principal de estudiar diferencias morfológicas entre estos alineamientos, para volúmenes significativos de secuencias alineadas, se utilizan algunos resultados de la combinatoria sobre cadenas de caracteres, más conocida como combinatoria en palabras, para el análisis de estos bloques de información. En virtud de ello, esta tesis reúne una serie de conceptos orientados esencialmente al estudio de alineamientos. Para lo cual se definen relaciones entre cadenas de caracteres, caracterizando los bloques de alineamientos, que denominamos cluster y estudiando la complejidad de subcadenas y la valencia de cadenas, con el fin de presentar una implementación computacional, para ser aplicado sobre librerías de ARNts extraídas de tejido cerebral humano.

• Autores: Torres Baquero, Edgar Hernán
• Fecha de publicación: 2017
• Institución: Universidad Nacional de Colombia
• Repositorio: Universidad Nacional de Colombia
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repositorio.unal.edu.co:unal/61027
• Acceso en línea: https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/61027; http://bdigital.unal.edu.co/59832/
• Palabra clave: 51 Matemáticas / Mathematics; 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology; Transcriptómica
• Rights: openAccess
• License: Atribución-NoComercial 4.0 Internacional