Identificación de regiones genómicas asociadas a características reproductivas y de tolerancia a estrés ambiental en las razas criollas colombianas Blanco Orejinegro y Sanmartinero para su uso en selección

En este estudio, 58868 polimorfismos de nucleótido simple (SNPs) obtenidos de poblaciones del banco de germoplasma del ganado Criollo Colombiano Blanco Orejinegro-BON y 57482 del Sanmartinero-SM, fueron utilizados para estimar la heredabilidad de los índices de adaptabilidad, Coeficiente de Adaptabilidad-CA y el Coeficiente de Tolerancia al Calor-HTC y de las características reproductivas Edad al primer Parto-EPP e Intervalo Entre Partos-IEP, para realizar estudios de asociación genómica-GWAS para estas mismas caracteristicas y determinar huellas de selección, genes y rutas metabólicas para caracteristicas productivas y de adaptación. Los componentes de varianza y las heredabilidades se estimaron utilizando el programa AIREMLF90 (Average Information Restricted Maximum Likelihood Fortran90) contenido en la familia de programas BLUPF90 (Best Linear Unbiased Predictor Fortran90). Las heredabilidades en la raza BON para el CA fue de 0.06, HTC de 0.16, EPP de 0.07 e IEP de 0.14. Para la raza SM la heredabilidad del CA fue de 0.10. HTC de 0.11, EPP de 0.20 y del IEP de 0.07. Los estudios de asociación genómica se realizaron a través de la metodología Single Step Genomic BLUP (ssGBLUP) utilizando los programas PREGSF90 y POSTGSF90 incluidos en la familia de programas BLUPF90. Este estudio permitió identificar 25 regiones genómicas de interés en la raza BON y 11 regiones en la raza SM que explicaron la mayor cantidad de la varianza en la expresión de las 4 características. En estas regiones se encontraron anotaciones para algunos genes conocidos por su intervención en procesos reproductivos, productivos y de adaptación, entre ellos RPTOR, TM2D1, RAB21 y ACOT13 genes candidatos en la respuesta fisiológica al estrés ambiental. SLC6A16, TEAD2, TMEM50A, NLRP9, KHDRBS2, CCDC85A y UBE2C involucrados en la expresión de caracteristicas reproductivas. La determinación de las huellas de selección se realizó por el método variación del desequilibrio de ligamiento-varLD entre regiones genómicas. Para todas las comparaciones fueron incluidas 10 huellas de selección en los percentiles 0.01 y 0.1 en las que se identificaron genes importantes implicados en mecanismos productivos (CTDSP2, CES1, CFAP161, CLEC14A, HIPK1, RBM4, SSTR), reproductivos (KDMID, OLFML3) y de adaptación (ATP23, LRRTM1, SLC6A2, DEK, SYT6, KDMID). Se concluye Contenido VII que los valores bajos a moderados de heredabilidad estimados en el presente estudio indican influencia genética baja a moderada en la expresión de las características estudiadas, suficientes para ser tenidas en cuenta en los planes de conservación y mejoramiento genético de estas dos razas criollas. Las regiones genómicas identificadas como significativas en el desarrollo del GWAS, explican el control genético de estas sobre las caracteristicas estudiadas. Las huellas de selección identificadas indican influencia de la selección natural o artificial en el potencial adaptativo y productivo de estas dos razas.

• Autores: De Leon Garcia, Cristobal Ricardo
• Tipo de recurso: Doctoral thesis
• Fecha de publicación: 2019
• Institución: Universidad Nacional de Colombia
• Repositorio: Universidad Nacional de Colombia
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repositorio.unal.edu.co:unal/76714
• Acceso en línea: https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/76714; http://bdigital.unal.edu.co/73419/
• Palabra clave: Razas Criollas; Polimorfismo de Nucleótido Simple (SNP); regiones genómicas.; Creole Breeds; Simple Nucleotide Polymorphism (SNP); Genomic Regions
• Rights: openAccess
• License: Atribución-NoComercial 4.0 Internacional