PCR en tiempo real: una metodología útil para la detección y cuantificación de granulovirus

El uso de baculovirus como agentes de control biológico de insectos plaga, se ha convertido en una estrategia efectiva que se ha implementado gradualmente en diferentes sistemas productivos a nivel mundial. Para el desarrollo de un bioplaguicida a base de baculovirus, es necesario contar con una met...

Full description

Autores:
Barrera Cubillos, Gloria Patricia
Murcia, Jazmín
Cerón Pérez, Jorge Luis
Cuartas Otálora, Paola Emilia
Guzmán Santofimio, Cristian Alexander
Villamizar, Laura Fernanda
Tipo de recurso:
Article of journal
Fecha de publicación:
2016
Institución:
Universidad Nacional de Colombia
Repositorio:
Universidad Nacional de Colombia
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/66697
Acceso en línea:
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/66697
http://bdigital.unal.edu.co/67725/
Palabra clave:
6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology
66 Ingeniería química y Tecnologías relacionadas/ Chemical engineering
Granulovirus
quantitative PCR
viral persistence
quality control
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openAccess
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description El uso de baculovirus como agentes de control biológico de insectos plaga, se ha convertido en una estrategia efectiva que se ha implementado gradualmente en diferentes sistemas productivos a nivel mundial. Para el desarrollo de un bioplaguicida a base de baculovirus, es necesario contar con una metodología para determinar el título viral en el producto en proceso y terminado. Para tal fin, en este trabajo se diseñó y optimizó una técnica de cuantificación viral (Betabaculovirus) mediante PCR cuantitativo (q-PCR). Se utilizó una sonda TaqMan diseñada sobre el gen de granulina, altamente conservado. Para la técnica de q-PCR se determinó la especificidad, sensibilidad y reproducibilidad, encontrando que puede detectar y cuantificar aislamientos del género Betabaculovirus provenientes de cinco especies diferentes de insectos (granulovirus de Tecia solanivora, Phthorimaea operculella, Erinnyis ello, Tuta absoluta y Spodoptera frugiperda) incluso de diferente origen geográfico, pero no detecta aislamientos del género Alphabaculovirus (nucleopoliedrovirus de Spodoptera ornithogalli, Diatraea saccharalis o S. frugiperda). El límite mínimo de detección de la técnica fue de 6,4 x 10-4 ng de ADN, lo que equivale a 1,25 x 105 copias del gen. Así mismo, la variación intra e inter ensayos fue mínima, demostrando la reproducibilidad de la misma. La aplicabilidad de la técnica fue evaluada para la detección de granulovirus en muestras de larva, suelo, y para determinar la concentración viral en un bioplaguicida formulado como concentrado emulsionable. En conclusión, la técnica de q-PCR desarrollada fue reproducible, sensible y específica, con aplicabilidad en estudios de persistencia viral en campo, control de infecciones en crías de insectos y control de calidad de bioplaguicidas a base de betabaculovirus.Palabras clave: Granulovirus, PCR cuantitativa, persistencia viral, control de calidad.
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Para el desarrollo de un bioplaguicida a base de baculovirus, es necesario contar con una metodología para determinar el título viral en el producto en proceso y terminado. Para tal fin, en este trabajo se diseñó y optimizó una técnica de cuantificación viral (Betabaculovirus) mediante PCR cuantitativo (q-PCR). Se utilizó una sonda TaqMan diseñada sobre el gen de granulina, altamente conservado. Para la técnica de q-PCR se determinó la especificidad, sensibilidad y reproducibilidad, encontrando que puede detectar y cuantificar aislamientos del género Betabaculovirus provenientes de cinco especies diferentes de insectos (granulovirus de Tecia solanivora, Phthorimaea operculella, Erinnyis ello, Tuta absoluta y Spodoptera frugiperda) incluso de diferente origen geográfico, pero no detecta aislamientos del género Alphabaculovirus (nucleopoliedrovirus de Spodoptera ornithogalli, Diatraea saccharalis o S. frugiperda). El límite mínimo de detección de la técnica fue de 6,4 x 10-4 ng de ADN, lo que equivale a 1,25 x 105 copias del gen. Así mismo, la variación intra e inter ensayos fue mínima, demostrando la reproducibilidad de la misma. La aplicabilidad de la técnica fue evaluada para la detección de granulovirus en muestras de larva, suelo, y para determinar la concentración viral en un bioplaguicida formulado como concentrado emulsionable. En conclusión, la técnica de q-PCR desarrollada fue reproducible, sensible y específica, con aplicabilidad en estudios de persistencia viral en campo, control de infecciones en crías de insectos y control de calidad de bioplaguicidas a base de betabaculovirus.Palabras clave: Granulovirus, PCR cuantitativa, persistencia viral, control de calidad.The use of baculovirus as a biocontrol agent is an effective strategy, which has been gradually implemented in different production systems worldwide. For the development of a biopesticide based on baculovirus, it is necessary to have a methodology to determine the viral concentration in the process and in the finished product. In this study, a technique for viral quantification by quantitative PCR (q-PCR) was designed and optimized; therefore we used a TaqMan probe designed on granulin gene which is highly conserved. The specificity, sensitivity and reproducibility of the technique were determined. The q-PCR was able to detect and quantify isolates from the genus Betabaculovirus from five different insects species (granulovirus from Tecia solanivora, Phthorimaea operculella, Erinnys ello, Tuta absoluta and Spodoptera frugiperda) even from different geographic origins, while other isolates of baculovirus as from the genus Alphabaculovirus (nucleopolyhedrovirus from Spodoptera ornithogalli, Diatraea saccharallis or S. frugiperda) were not detected. The minimum detection limit of the technique was 6.4 x 10-4 ng /µl of DNA, equivalent to 1.25 x 103 gene copies. Additionally, intra- and inter-assays variation was minimal, demonstrating the reproducibility of technique. The applicability of the technique was evaluated for detecting granulovirus from samples of larva and soil, and to determine the virus concentration in the biopesticide formulated as emulsifiable concentrate. In conclusion, quantitative PCR was a technique reproducible, sensitive and specific to allow viral persistence studies in field, viral infection control in rearing and quality control of a biopesticide based on betabaculovirus.Key words: Granulovirus; quantitative PCR; viral persistence; quality control.application/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá - Instituto de Biotecnologíahttps://revistas.unal.edu.co/index.php/biotecnologia/article/view/61514Universidad Nacional de Colombia Revistas electrónicas UN Revista Colombiana de BiotecnologíaRevista Colombiana de BiotecnologíaBarrera Cubillos, Gloria Patricia and Murcia, Jazmín and Cerón Pérez, Jorge Luis and Cuartas Otálora, Paola Emilia and Guzmán Santofimio, Cristian Alexander and Villamizar, Laura Fernanda (2016) PCR en tiempo real: una metodología útil para la detección y cuantificación de granulovirus. Revista Colombiana de Biotecnología, 18 (2). pp. 24-31. ISSN 1909-87586 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology66 Ingeniería química y Tecnologías relacionadas/ Chemical engineeringGranulovirusquantitative PCRviral persistencequality controlPCR en tiempo real: una metodología útil para la detección y cuantificación de granulovirusArtículo de revistainfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/ARTORIGINAL61514-313495-1-PB.pdfapplication/pdf294768https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/66697/1/61514-313495-1-PB.pdf8439372fced38aae3bc9416d83adc39eMD51THUMBNAIL61514-313495-1-PB.pdf.jpg61514-313495-1-PB.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg7532https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/66697/2/61514-313495-1-PB.pdf.jpg1cdb9ca71565585ada9ae544ee2927a2MD52unal/66697oai:repositorio.unal.edu.co:unal/666972024-05-17 23:09:23.516Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co