Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia

Las enfermedades virales se han constituido en una de las principales causas de pérdidas económicas en los cultivos de tomate a nivel mundial. Los objetivos de este trabajo fueron identificar virus ARN pertenecientes a los géneros Crinivirus, Potexvirus, Tospovirus, Torradovirus, Potyvirus, Cucumovi...

Full description

Autores:
Uribe Echeverry, Paula Tatiana
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2012
Institución:
Universidad Nacional de Colombia
Repositorio:
Universidad Nacional de Colombia
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/11760
Acceso en línea:
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/11760
http://bdigital.unal.edu.co/9292/
Palabra clave:
63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
Solanum Lycopersicum
Diagnóstico molecular de virus
Cucumber mosaic virus
Tomato mosaic virus
Potato yellow mosaic virus
Molecular diagnosis of viruses
Rights
openAccess
License
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
id UNACIONAL2_72bb91b5de8b624779dc7e32042f3ce9
oai_identifier_str oai:repositorio.unal.edu.co:unal/11760
network_acronym_str UNACIONAL2
network_name_str Universidad Nacional de Colombia
repository_id_str
dc.title.spa.fl_str_mv Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia
title Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia
spellingShingle Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia
63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
Solanum Lycopersicum
Diagnóstico molecular de virus
Cucumber mosaic virus
Tomato mosaic virus
Potato yellow mosaic virus
Molecular diagnosis of viruses
title_short Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia
title_full Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia
title_fullStr Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia
title_full_unstemmed Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia
title_sort Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia
dc.creator.fl_str_mv Uribe Echeverry, Paula Tatiana
dc.contributor.author.spa.fl_str_mv Uribe Echeverry, Paula Tatiana
dc.contributor.spa.fl_str_mv Vaca Vaca, Juan Carlos
López López , Karina
dc.subject.ddc.spa.fl_str_mv 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
topic 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
Solanum Lycopersicum
Diagnóstico molecular de virus
Cucumber mosaic virus
Tomato mosaic virus
Potato yellow mosaic virus
Molecular diagnosis of viruses
dc.subject.proposal.spa.fl_str_mv Solanum Lycopersicum
Diagnóstico molecular de virus
Cucumber mosaic virus
Tomato mosaic virus
Potato yellow mosaic virus
Molecular diagnosis of viruses
description Las enfermedades virales se han constituido en una de las principales causas de pérdidas económicas en los cultivos de tomate a nivel mundial. Los objetivos de este trabajo fueron identificar virus ARN pertenecientes a los géneros Crinivirus, Potexvirus, Tospovirus, Torradovirus, Potyvirus, Cucumovirus y Tobamovirus, y virus ADN del género Begomovirus en cultivos de tomate, con el fin de diseñar sondas para emplearlas como herramientas de diagnóstico viral basado en la hibridación de ácidos nucleicos. Para cumplir este objetivo, en el periodo 2008- 2009 en Cundinamarca, Santander, Valle del Cauca, Antioquia y Boyaca; y en el periodo 2011 en Risaralda y Caldas se colectaron muestras de tomate con sintomatología viral. Se realizó extracción de ADN y ARN total del tejido vegetal y mediante ensayos de PCR y RT-PCR con iniciadores específicos se detectaron los diferentes virus ARN y ADN. Finalmente, para conocer la identidad molecular de los virus detectados, estos fueron clonados, secuenciados y analizados con herramientas bioinformáticas. Los resultados de nuestros análisis mostraron que en las muestras recolectadas no se evidenció la presencia de virus de los géneros Begomovirus monopartita, Crinivirus, Potexvirus, Tospovirus, Torradovirus y Potyvirus. Durante el análisis se identificó la presencia de los virus Cucumber mosaic virus(Cucumovirus) en cultivos de tomate chonto y Tomato mosaic virus (Tobamovirus) en tomate cherry en muestras recolectadas en el departamento del Valle del Cauca, donde ambos mostraron identidades mayores de 98% con aislamientos virales similares de otras latitudes. De acuerdo a lo reportado a la fecha este es el primer trabajo donde se reporta la presencia del Tomato mosaic virus en cultivos de tomate cherry en Colombia. Además se identificó la presencia del begomovirus bipartita Potato yellow mosaic virus (PYMV) en muestras recolectadas en los departamentos de Risaralda y Caldas cuya identidad molecular se determinó por hibridación de ácidos nucleicos tipo dot-blot. En este estudio se pudo evidenciar la mezcla de infecciones entre CMV- PYMV y ToMV-PYMV. Finalmente, se estandarizaron las condiciones de PCR y dot blot para detectar los virus Tobamovirus, Cucomovirus y Begomovirus, los cuáles actualmente están afectando el cultivo de tomate.
publishDate 2012
dc.date.issued.spa.fl_str_mv 2012-06-06
dc.date.accessioned.spa.fl_str_mv 2019-06-25T00:30:54Z
dc.date.available.spa.fl_str_mv 2019-06-25T00:30:54Z
dc.type.spa.fl_str_mv Trabajo de grado - Maestría
dc.type.driver.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
dc.type.version.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/acceptedVersion
dc.type.content.spa.fl_str_mv Text
dc.type.redcol.spa.fl_str_mv http://purl.org/redcol/resource_type/TM
status_str acceptedVersion
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/11760
dc.identifier.eprints.spa.fl_str_mv http://bdigital.unal.edu.co/9292/
url https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/11760
http://bdigital.unal.edu.co/9292/
dc.language.iso.spa.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira Facultad de Ciencias Agropecuarias Maestría en Ciencias Biológicas
Maestría en Ciencias Biológicas
dc.relation.references.spa.fl_str_mv Uribe Echeverry, Paula Tatiana (2012) Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira.
dc.rights.spa.fl_str_mv Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.license.spa.fl_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
dc.rights.uri.spa.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv application/pdf
institution Universidad Nacional de Colombia
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/11760/1/paulatatianauribeecheverry.2012.pdf
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/11760/2/paulatatianauribeecheverry.2012.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv cbc42ec2f641b2518e083cde91f17b3d
5596a168f35416504d1343667535c668
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia
repository.mail.fl_str_mv repositorio_nal@unal.edu.co
_version_ 1814089347866034176
spelling Atribución-NoComercial 4.0 InternacionalDerechos reservados - Universidad Nacional de Colombiahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Vaca Vaca, Juan CarlosLópez López , KarinaUribe Echeverry, Paula Tatiana1da6ece3-4769-45d8-8def-c5cf446db01b3002019-06-25T00:30:54Z2019-06-25T00:30:54Z2012-06-06https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/11760http://bdigital.unal.edu.co/9292/Las enfermedades virales se han constituido en una de las principales causas de pérdidas económicas en los cultivos de tomate a nivel mundial. Los objetivos de este trabajo fueron identificar virus ARN pertenecientes a los géneros Crinivirus, Potexvirus, Tospovirus, Torradovirus, Potyvirus, Cucumovirus y Tobamovirus, y virus ADN del género Begomovirus en cultivos de tomate, con el fin de diseñar sondas para emplearlas como herramientas de diagnóstico viral basado en la hibridación de ácidos nucleicos. Para cumplir este objetivo, en el periodo 2008- 2009 en Cundinamarca, Santander, Valle del Cauca, Antioquia y Boyaca; y en el periodo 2011 en Risaralda y Caldas se colectaron muestras de tomate con sintomatología viral. Se realizó extracción de ADN y ARN total del tejido vegetal y mediante ensayos de PCR y RT-PCR con iniciadores específicos se detectaron los diferentes virus ARN y ADN. Finalmente, para conocer la identidad molecular de los virus detectados, estos fueron clonados, secuenciados y analizados con herramientas bioinformáticas. Los resultados de nuestros análisis mostraron que en las muestras recolectadas no se evidenció la presencia de virus de los géneros Begomovirus monopartita, Crinivirus, Potexvirus, Tospovirus, Torradovirus y Potyvirus. Durante el análisis se identificó la presencia de los virus Cucumber mosaic virus(Cucumovirus) en cultivos de tomate chonto y Tomato mosaic virus (Tobamovirus) en tomate cherry en muestras recolectadas en el departamento del Valle del Cauca, donde ambos mostraron identidades mayores de 98% con aislamientos virales similares de otras latitudes. De acuerdo a lo reportado a la fecha este es el primer trabajo donde se reporta la presencia del Tomato mosaic virus en cultivos de tomate cherry en Colombia. Además se identificó la presencia del begomovirus bipartita Potato yellow mosaic virus (PYMV) en muestras recolectadas en los departamentos de Risaralda y Caldas cuya identidad molecular se determinó por hibridación de ácidos nucleicos tipo dot-blot. En este estudio se pudo evidenciar la mezcla de infecciones entre CMV- PYMV y ToMV-PYMV. Finalmente, se estandarizaron las condiciones de PCR y dot blot para detectar los virus Tobamovirus, Cucomovirus y Begomovirus, los cuáles actualmente están afectando el cultivo de tomate.//Abstract: Viral diseases have become a major cause of economic loss in tomato crops worldwide. The aim of this research was to identify if RNA virus belonging to the genera Crinivirus, Potexvirus, Tospovirus, Torradovirus, Potyvirus, Cucumovirus, Tobamovirus and DNA virus to the genera begomovirus, in order to design probes to employed to viral diagnosis based on nucleic acid hybridization. In order to get this goal, during 2008-2009 in Cundinamarca, Santander, Valle del Cauca, Antioquia, Boyacá and in the period 2011 in Risaralda and Caldas samples of tomato leaves with viral symptoms were collected. DNA and total RNA extraction were done, then PCR and RT-PCR assays were performed using specific primers for each virus RNA and DNA, and finally these were cloned, sequenced and analyzed with bioinformatics tools in order to determine its molecular identity. In the samples analyzed there was no presence of viruses belonging to the genera Begomovirus (monopartite), Crinivirus, Potexvirus, Tospovirus, Torradovirus and Potyvirus. By the other hand this our analysis could identified the presence of the virus Cucumber mosaic virus (Cucumovirus) in “chonto” tomato and Tomato mosaic virus (Tobamovirus) in cherry tomato which both of them showed 98% identity with other viral isolates affecting tomate crops previously identified in other regions of the world. To our knowledge this is the first study reported the presence of Tomato mosaic virus in cherry tomato crops in Colombia. Addition identified the bipartite begomoviruses Potato yellow mosaic virus (PYMV) in samples collected in Caldas and Risaralda whose molecular identity was determined by nucleic acid hybridization (dot-blot). In this study could evidence mixed infections between CMV-PYMV and ToMV-PYMV. Finally, conditions were standardized PCR and Dot-blot to identify the virus Tobamovirus, Cucumovirus and Begomovirus,wich are currently affecting the tomato crop.Maestríaapplication/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia Sede Palmira Facultad de Ciencias Agropecuarias Maestría en Ciencias BiológicasMaestría en Ciencias BiológicasUribe Echeverry, Paula Tatiana (2012) Desarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en Colombia. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira.63 Agricultura y tecnologías relacionadas / AgricultureSolanum LycopersicumDiagnóstico molecular de virusCucumber mosaic virusTomato mosaic virusPotato yellow mosaic virusMolecular diagnosis of virusesDesarrollo de una metodología molecular para el diagnóstico rápido de virus que están infectando el tomate en ColombiaTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMORIGINALpaulatatianauribeecheverry.2012.pdfapplication/pdf772042https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/11760/1/paulatatianauribeecheverry.2012.pdfcbc42ec2f641b2518e083cde91f17b3dMD51THUMBNAILpaulatatianauribeecheverry.2012.pdf.jpgpaulatatianauribeecheverry.2012.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3653https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/11760/2/paulatatianauribeecheverry.2012.pdf.jpg5596a168f35416504d1343667535c668MD52unal/11760oai:repositorio.unal.edu.co:unal/117602023-09-20 23:05:38.128Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co