Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional

En este trabajo se propone una metodología general para la identificación de relaciones entre genes a partir de datos de expresión obtenidos mediante dos técnicas diferentes: microarreglos de ADN y secuenciación directa del ARN mensajero (RNA_Seq), e integrando datos de categorías biológicas con las...

Full description

Autores:
Olarte Mesa, Liliana Marcela
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2014
Institución:
Universidad Nacional de Colombia
Repositorio:
Universidad Nacional de Colombia
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/51528
Acceso en línea:
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/51528
http://bdigital.unal.edu.co/45659/
Palabra clave:
0 Generalidades / Computer science, information and general works
51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
62 Ingeniería y operaciones afines / Engineering
Gen
Biología de sistemas
Expresión de genes
Redes biológicas
Gene
Systems biology
Gene expression
Biology networks
Rights
openAccess
License
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
id UNACIONAL2_63ac4f6e7bd0e690b4628402f7318e6d
oai_identifier_str oai:repositorio.unal.edu.co:unal/51528
network_acronym_str UNACIONAL2
network_name_str Universidad Nacional de Colombia
repository_id_str
spelling Atribución-NoComercial 4.0 InternacionalDerechos reservados - Universidad Nacional de Colombiahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Niño Vásquez, Luis FernandoLópez Kleine, Liliana (Thesis advisor)5423d796-dbc2-406e-98f9-a4c3ff58e005-1Olarte Mesa, Liliana Marcelabdd0b784-b661-4467-9c0b-4e741fcea6203002019-06-29T12:11:58Z2019-06-29T12:11:58Z2014https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/51528http://bdigital.unal.edu.co/45659/En este trabajo se propone una metodología general para la identificación de relaciones entre genes a partir de datos de expresión obtenidos mediante dos técnicas diferentes: microarreglos de ADN y secuenciación directa del ARN mensajero (RNA_Seq), e integrando datos de categorías biológicas con las que están asociados los genes. La metodología propuesta contempla diversas fases como selección de genes, agrupamiento, análisis de los grupos, construcción de redes de interacción entre genes y comparación biológica de los resultados. En cada una de las fases de la metodología se aplican técnicas de inteligencia computacional conformadas por teorías y algoritmos de minería de datos y aprendizaje de máquina. Para llevar a cabo cada una de estas fases se emplearon datos de expresión y categóricos de la planta Arabidopsis thaliana. Los resultados obtenidos reflejaron que la metodología propuesta permite la integración de datos de diferente naturaleza aportando más información al caso de estudio y adicionalmente obtener relaciones entre genes.Abstract. In this work, a general methodology for the identification of relationships between genes from expression data using two different techniques (DNA microarrays and RNA_Seq) is proposed. This technique is based on integrating data from biological categories associated to the genes. The proposed methodology comprises several stages such as gene selection, gene clustering, group analysis, building of interaction networks between genes, and biological comparison of the results. In each phase of the methodology, some computer intelligence techniques, based on data mining and machine learning theories and algorithms, were applied. To carry out each phase, expression and category data from the plant Arabidopsis thaliana were used. The results showed that the proposed methodology allows the integration of different kinds of data contributing more information to the case study and obtaining gene-gene relationships.Maestríaapplication/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de Ingeniería Departamento de Ingeniería de Sistemas e IndustrialDepartamento de Ingeniería de Sistemas e IndustrialOlarte Mesa, Liliana Marcela (2014) Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia.0 Generalidades / Computer science, information and general works51 Matemáticas / Mathematics57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology62 Ingeniería y operaciones afines / EngineeringGenBiología de sistemasExpresión de genesRedes biológicasGeneSystems biologyGene expressionBiology networksIdentificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacionalTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMORIGINAL1023876575.2014.pdfapplication/pdf1633509https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/51528/1/1023876575.2014.pdff6f0375d08b053caa9225cb713d43b13MD51THUMBNAIL1023876575.2014.pdf.jpg1023876575.2014.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4580https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/51528/2/1023876575.2014.pdf.jpge448074449bd6c8155475134a4794281MD52unal/51528oai:repositorio.unal.edu.co:unal/515282023-02-20 23:04:54.195Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co
dc.title.spa.fl_str_mv Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional
title Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional
spellingShingle Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional
0 Generalidades / Computer science, information and general works
51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
62 Ingeniería y operaciones afines / Engineering
Gen
Biología de sistemas
Expresión de genes
Redes biológicas
Gene
Systems biology
Gene expression
Biology networks
title_short Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional
title_full Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional
title_fullStr Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional
title_full_unstemmed Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional
title_sort Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional
dc.creator.fl_str_mv Olarte Mesa, Liliana Marcela
dc.contributor.advisor.spa.fl_str_mv López Kleine, Liliana (Thesis advisor)
dc.contributor.author.spa.fl_str_mv Olarte Mesa, Liliana Marcela
dc.contributor.spa.fl_str_mv Niño Vásquez, Luis Fernando
dc.subject.ddc.spa.fl_str_mv 0 Generalidades / Computer science, information and general works
51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
62 Ingeniería y operaciones afines / Engineering
topic 0 Generalidades / Computer science, information and general works
51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
62 Ingeniería y operaciones afines / Engineering
Gen
Biología de sistemas
Expresión de genes
Redes biológicas
Gene
Systems biology
Gene expression
Biology networks
dc.subject.proposal.spa.fl_str_mv Gen
Biología de sistemas
Expresión de genes
Redes biológicas
Gene
Systems biology
Gene expression
Biology networks
description En este trabajo se propone una metodología general para la identificación de relaciones entre genes a partir de datos de expresión obtenidos mediante dos técnicas diferentes: microarreglos de ADN y secuenciación directa del ARN mensajero (RNA_Seq), e integrando datos de categorías biológicas con las que están asociados los genes. La metodología propuesta contempla diversas fases como selección de genes, agrupamiento, análisis de los grupos, construcción de redes de interacción entre genes y comparación biológica de los resultados. En cada una de las fases de la metodología se aplican técnicas de inteligencia computacional conformadas por teorías y algoritmos de minería de datos y aprendizaje de máquina. Para llevar a cabo cada una de estas fases se emplearon datos de expresión y categóricos de la planta Arabidopsis thaliana. Los resultados obtenidos reflejaron que la metodología propuesta permite la integración de datos de diferente naturaleza aportando más información al caso de estudio y adicionalmente obtener relaciones entre genes.
publishDate 2014
dc.date.issued.spa.fl_str_mv 2014
dc.date.accessioned.spa.fl_str_mv 2019-06-29T12:11:58Z
dc.date.available.spa.fl_str_mv 2019-06-29T12:11:58Z
dc.type.spa.fl_str_mv Trabajo de grado - Maestría
dc.type.driver.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
dc.type.version.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/acceptedVersion
dc.type.content.spa.fl_str_mv Text
dc.type.redcol.spa.fl_str_mv http://purl.org/redcol/resource_type/TM
status_str acceptedVersion
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/51528
dc.identifier.eprints.spa.fl_str_mv http://bdigital.unal.edu.co/45659/
url https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/51528
http://bdigital.unal.edu.co/45659/
dc.language.iso.spa.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv Universidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de Ingeniería Departamento de Ingeniería de Sistemas e Industrial
Departamento de Ingeniería de Sistemas e Industrial
dc.relation.references.spa.fl_str_mv Olarte Mesa, Liliana Marcela (2014) Identificación de relaciones entre genes utilizando técnicas de inteligencia computacional. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia.
dc.rights.spa.fl_str_mv Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.license.spa.fl_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
dc.rights.uri.spa.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv application/pdf
institution Universidad Nacional de Colombia
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/51528/1/1023876575.2014.pdf
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/51528/2/1023876575.2014.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv f6f0375d08b053caa9225cb713d43b13
e448074449bd6c8155475134a4794281
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia
repository.mail.fl_str_mv repositorio_nal@unal.edu.co
_version_ 1814090170750730240

Publicaciones similares