Estrategia de modificación metabólica de una cepa nativa de Clostridium para la producción De 1,3-Propanodiol a partir de Glicerol
El incremento de la producción de fuentes energéticas alternativas como biodiesel ha conllevado a estudiar la posibilidad de establecer biorrefinerías donde se haga uso del subproducto glicerol sin purificar como sustrato para la producción de 1,3-Propanodiol (1,3-PD) por parte de microorganismos de...
- Autores:
-
Perez Mancilla, Ximena Carolina
- Tipo de recurso:
- Doctoral thesis
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad Nacional de Colombia
- Repositorio:
- Universidad Nacional de Colombia
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.unal.edu.co:unal/76565
- Acceso en línea:
- https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/76565
http://bdigital.unal.edu.co/73089/
- Palabra clave:
- Clostridium
Transcriptoma
Genoma
Genómica comparativa
Red metabólica
1,3-Propanodiol
Transcriptome
Genome
Comparative genomics
Metabolic network
1,3-Propanediol
- Rights
- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
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El incremento de la producción de fuentes energéticas alternativas como biodiesel ha conllevado a estudiar la posibilidad de establecer biorrefinerías donde se haga uso del subproducto glicerol sin purificar como sustrato para la producción de 1,3-Propanodiol (1,3-PD) por parte de microorganismos del género Clostridium. Con el propósito de establecer una estrategia de modificación genética a partir del análisis del transcriptoma de Clostridium sp. IBUN13A para la producción de 1,3-PD se obtuvo inicialmente su genoma, lo que otorgó un panorama global del potencial metabólico de la cepa, así como la base de la construcción de un modelo metabólico. Así mismo se realizó un estudio de genómica comparativa entre 32 cepas del género, mostrando que este tiene una amplia plasticidad génica. Tomando en cuenta la tendencia actual de comprender globalmente la información que se puede obtener a partir de técnicas moleculares de punta y generar modelos predictivos de los organismos vivos a partir de la biología de sistemas, se utilizó la red metabólica obtenida previamente dentro del grupo de investigación para implementar estrategias de manipulación in silico de triples mutantes, que nos permitieron evaluar la viabilidad de modificar de forma racional al microorganismo y para lo que no se encontraron incrementos en el rendimiento molar del diol de más de 2%. De igual forma se establecieron las diferencias en el perfil transcriptómico global de la cepa en cultivo con glicerol respecto a glucosa, lo cual es fuente de información sobre la fisiología de esta bacteria y sobre posibles blancos de manipulación genética. |
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Perez Mancilla, Ximena Carolina (2019) Estrategia de modificación metabólica de una cepa nativa de Clostridium para la producción De 1,3-Propanodiol a partir de Glicerol. Doctorado thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá. |
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IBUN13A para la producción de 1,3-PD se obtuvo inicialmente su genoma, lo que otorgó un panorama global del potencial metabólico de la cepa, así como la base de la construcción de un modelo metabólico. Así mismo se realizó un estudio de genómica comparativa entre 32 cepas del género, mostrando que este tiene una amplia plasticidad génica. Tomando en cuenta la tendencia actual de comprender globalmente la información que se puede obtener a partir de técnicas moleculares de punta y generar modelos predictivos de los organismos vivos a partir de la biología de sistemas, se utilizó la red metabólica obtenida previamente dentro del grupo de investigación para implementar estrategias de manipulación in silico de triples mutantes, que nos permitieron evaluar la viabilidad de modificar de forma racional al microorganismo y para lo que no se encontraron incrementos en el rendimiento molar del diol de más de 2%. De igual forma se establecieron las diferencias en el perfil transcriptómico global de la cepa en cultivo con glicerol respecto a glucosa, lo cual es fuente de información sobre la fisiología de esta bacteria y sobre posibles blancos de manipulación genética.Abstract: The increase in the production of alternative energy sources such as biodiesel, has encouraged the study about the possibility of establishing biorefineries where glycerol (byproduct of this process) can be used without purifying as a substrate to produce 1,3-propanediol (1,3-PD) by microorganisms of the genus Clostridium. In order to establish a genetic modification strategy based on the analysis of the transcriptome of Clostridium sp. IBUN13A for producing 1,3-PD, at first its genome was obtained, which gave an overview of the metabolic potential of the strain, as well as the basis of the construction of a metabolic model. Likewise, a study of comparative genomics was carried out among 32 strains of the genus, showing that it has a broad genetic plasticity. Taking into account the current trend of globally understanding the information that can be obtained from cutting-edge molecular techniques and generating predictive models of living organisms from Systems Biology, we used the metabolic network previously obtained within the research group to implement strategies of in silico manipulation of triple mutants, which allowed us to evaluate the feasibility of modifying the microorganism rationally and for which no were found increases in the molar yield of the alcohol of more than 2%. Also, the differences in the global transcriptomic profile of the strain cultured with glycerol were established with respect to glucose, which is a source of information about the physiology of this strain and possible targets of genetic manipulation.Doctoradoapplication/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de CienciasFacultad de CienciasUniversidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Institutos Interfacultades Instituto de Biotecnología (IBUN)Instituto de Biotecnología (IBUN)5 Ciencias naturales y matemáticas / Science57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biologyPerez Mancilla, Ximena Carolina (2019) Estrategia de modificación metabólica de una cepa nativa de Clostridium para la producción De 1,3-Propanodiol a partir de Glicerol. Doctorado thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá.Estrategia de modificación metabólica de una cepa nativa de Clostridium para la producción De 1,3-Propanodiol a partir de GlicerolTrabajo de grado - Doctoradoinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TDClostridiumTranscriptomaGenomaGenómica comparativaRed metabólica1,3-PropanodiolTranscriptomeGenomeComparative genomicsMetabolic network1,3-PropanediolORIGINAL52818210.2019.pdfapplication/pdf6076509https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/76565/1/52818210.2019.pdf480a5a412bf4980c7997c4df24159730MD51THUMBNAIL52818210.2019.pdf.jpg52818210.2019.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4537https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/76565/2/52818210.2019.pdf.jpg862f1e528efa71de95ead98177dd4d11MD52unal/76565oai:repositorio.unal.edu.co:unal/765652023-07-14 23:03:52.511Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co |