Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional

El desarrollo de esta tesis se enfoca en el problema de la interacción proteína-proteína, el cual es un problema biológico vigente. El problema consiste en encontrar la estructura tridimensional de un complejo proteína-proteína, dadas las coordenadas atómicas de las proteínas que lo conforman. En es...

Full description

Autores:
Carvajal Patiño, Juan Guillermo
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2013
Institución:
Universidad Nacional de Colombia
Repositorio:
Universidad Nacional de Colombia
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/51530
Acceso en línea:
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/51530
http://bdigital.unal.edu.co/45661/
Palabra clave:
51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
65 Gerencia y servicios auxiliares / Management and public relations
Proteínas
Interacción proteína-proteína
Algoritmos de búsqueda
Complejos proteicos
Inteligencia computacional
Computación paralela
Proteins
Protein-protein interaction
Search algorithms
Protein complex
Computational intelligence
Parallel computing
Rights
openAccess
License
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
id UNACIONAL2_4ec4063aaf3d925fa4e603d4ab18b5ec
oai_identifier_str oai:repositorio.unal.edu.co:unal/51530
network_acronym_str UNACIONAL2
network_name_str Universidad Nacional de Colombia
repository_id_str
spelling Atribución-NoComercial 4.0 InternacionalDerechos reservados - Universidad Nacional de Colombiahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Niño Vásquez, Luis FernandoCarvajal Patiño, Juan Guillermo3c7b6980-7ed8-403f-bc36-96469039cb063002019-06-29T12:12:13Z2019-06-29T12:12:13Z2013https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/51530http://bdigital.unal.edu.co/45661/El desarrollo de esta tesis se enfoca en el problema de la interacción proteína-proteína, el cual es un problema biológico vigente. El problema consiste en encontrar la estructura tridimensional de un complejo proteína-proteína, dadas las coordenadas atómicas de las proteínas que lo conforman. En este trabajo se presenta un modelo para la predicción de la interacción proteína-proteína considerando las proteínas como cuerpos rígidos (etapa 1) y otro modelo para la inclusión de flexibilidad en el ligando (etapa 2). En la etapa 1 se utiliza un algoritmo genético y en la etapa 2 un algoritmo de búsqueda local. Se realizaron experimentos sobre un conjunto de pruebas de cuatro complejos proteína-proteína (2SNI, ICGI, 1CLV y 1PPE) obteniendo resultados que pueden constituirse en un punto de partida para futuros desarrollos e investigaciones. Con el objetivo de acelerar el proceso de cómputo se propone una implementación paralela, tanto para la interacción proteína-proteína de cuerpo rígido como para la etapa de inclusión de flexibilidad.Abstract. The development of this thesis focuses on the current biological problem of protein-protein interaction. The problem is finding the three-dimensional structure of a protein-protein complex given the atomic coordinates of the proteins composing it. In this work a model for the prediction of protein-protein interaction considering proteins as rigid bodies (stage 1) and a model for the inclusion of ligand flexibility are proposed (stage 2). In stage 1 a genetic algorithm is used; in stage 2, a local search algorithm is run. Experiments on a group of tests of four protein-protein complexes (2SNI, ICGI, 1CLV and 1PPE) were conducted, achieving results which may become a starting point for future development and research. Aiming to accelerate the computing process, a parallel implementation for rigid body protein-protein interaction and for the ligand flexibility inclusion stage is proposed.Maestríaapplication/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de Ingeniería Departamento de Ingeniería de Sistemas e IndustrialDepartamento de Ingeniería de Sistemas e IndustrialCarvajal Patiño, Juan Guillermo (2013) Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia.51 Matemáticas / Mathematics57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture65 Gerencia y servicios auxiliares / Management and public relationsProteínasInteracción proteína-proteínaAlgoritmos de búsquedaComplejos proteicosInteligencia computacionalComputación paralelaProteinsProtein-protein interactionSearch algorithmsProtein complexComputational intelligenceParallel computingBúsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacionalTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMORIGINAL1032380386.2013.pdfapplication/pdf2304828https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/51530/1/1032380386.2013.pdff45f084ffdfbee15ce9a8d97d95a775aMD51THUMBNAIL1032380386.2013.pdf.jpg1032380386.2013.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg5077https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/51530/2/1032380386.2013.pdf.jpgdf21214ffd41d28ace21bc713acbe372MD52unal/51530oai:repositorio.unal.edu.co:unal/515302024-02-26 23:08:03.03Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co
dc.title.spa.fl_str_mv Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional
title Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional
spellingShingle Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional
51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
65 Gerencia y servicios auxiliares / Management and public relations
Proteínas
Interacción proteína-proteína
Algoritmos de búsqueda
Complejos proteicos
Inteligencia computacional
Computación paralela
Proteins
Protein-protein interaction
Search algorithms
Protein complex
Computational intelligence
Parallel computing
title_short Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional
title_full Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional
title_fullStr Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional
title_full_unstemmed Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional
title_sort Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional
dc.creator.fl_str_mv Carvajal Patiño, Juan Guillermo
dc.contributor.author.spa.fl_str_mv Carvajal Patiño, Juan Guillermo
dc.contributor.spa.fl_str_mv Niño Vásquez, Luis Fernando
dc.subject.ddc.spa.fl_str_mv 51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
65 Gerencia y servicios auxiliares / Management and public relations
topic 51 Matemáticas / Mathematics
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
65 Gerencia y servicios auxiliares / Management and public relations
Proteínas
Interacción proteína-proteína
Algoritmos de búsqueda
Complejos proteicos
Inteligencia computacional
Computación paralela
Proteins
Protein-protein interaction
Search algorithms
Protein complex
Computational intelligence
Parallel computing
dc.subject.proposal.spa.fl_str_mv Proteínas
Interacción proteína-proteína
Algoritmos de búsqueda
Complejos proteicos
Inteligencia computacional
Computación paralela
Proteins
Protein-protein interaction
Search algorithms
Protein complex
Computational intelligence
Parallel computing
description El desarrollo de esta tesis se enfoca en el problema de la interacción proteína-proteína, el cual es un problema biológico vigente. El problema consiste en encontrar la estructura tridimensional de un complejo proteína-proteína, dadas las coordenadas atómicas de las proteínas que lo conforman. En este trabajo se presenta un modelo para la predicción de la interacción proteína-proteína considerando las proteínas como cuerpos rígidos (etapa 1) y otro modelo para la inclusión de flexibilidad en el ligando (etapa 2). En la etapa 1 se utiliza un algoritmo genético y en la etapa 2 un algoritmo de búsqueda local. Se realizaron experimentos sobre un conjunto de pruebas de cuatro complejos proteína-proteína (2SNI, ICGI, 1CLV y 1PPE) obteniendo resultados que pueden constituirse en un punto de partida para futuros desarrollos e investigaciones. Con el objetivo de acelerar el proceso de cómputo se propone una implementación paralela, tanto para la interacción proteína-proteína de cuerpo rígido como para la etapa de inclusión de flexibilidad.
publishDate 2013
dc.date.issued.spa.fl_str_mv 2013
dc.date.accessioned.spa.fl_str_mv 2019-06-29T12:12:13Z
dc.date.available.spa.fl_str_mv 2019-06-29T12:12:13Z
dc.type.spa.fl_str_mv Trabajo de grado - Maestría
dc.type.driver.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
dc.type.version.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/acceptedVersion
dc.type.content.spa.fl_str_mv Text
dc.type.redcol.spa.fl_str_mv http://purl.org/redcol/resource_type/TM
status_str acceptedVersion
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/51530
dc.identifier.eprints.spa.fl_str_mv http://bdigital.unal.edu.co/45661/
url https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/51530
http://bdigital.unal.edu.co/45661/
dc.language.iso.spa.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv Universidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de Ingeniería Departamento de Ingeniería de Sistemas e Industrial
Departamento de Ingeniería de Sistemas e Industrial
dc.relation.references.spa.fl_str_mv Carvajal Patiño, Juan Guillermo (2013) Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia.
dc.rights.spa.fl_str_mv Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.license.spa.fl_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
dc.rights.uri.spa.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv application/pdf
institution Universidad Nacional de Colombia
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/51530/1/1032380386.2013.pdf
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/51530/2/1032380386.2013.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv f45f084ffdfbee15ce9a8d97d95a775a
df21214ffd41d28ace21bc713acbe372
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia
repository.mail.fl_str_mv repositorio_nal@unal.edu.co
_version_ 1814089656810078208