Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional

El desarrollo de esta tesis se enfoca en el problema de la interacción proteína-proteína, el cual es un problema biológico vigente. El problema consiste en encontrar la estructura tridimensional de un complejo proteína-proteína, dadas las coordenadas atómicas de las proteínas que lo conforman. En es...

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Autores:: Carvajal Patiño, Juan Guillermo

Tipo de recurso:

Fecha de publicación:: 2013

Institución:: Universidad Nacional de Colombia

Repositorio:: Universidad Nacional de Colombia

Idioma:: spa

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Summary:	El desarrollo de esta tesis se enfoca en el problema de la interacción proteína-proteína, el cual es un problema biológico vigente. El problema consiste en encontrar la estructura tridimensional de un complejo proteína-proteína, dadas las coordenadas atómicas de las proteínas que lo conforman. En este trabajo se presenta un modelo para la predicción de la interacción proteína-proteína considerando las proteínas como cuerpos rígidos (etapa 1) y otro modelo para la inclusión de flexibilidad en el ligando (etapa 2). En la etapa 1 se utiliza un algoritmo genético y en la etapa 2 un algoritmo de búsqueda local. Se realizaron experimentos sobre un conjunto de pruebas de cuatro complejos proteína-proteína (2SNI, ICGI, 1CLV y 1PPE) obteniendo resultados que pueden constituirse en un punto de partida para futuros desarrollos e investigaciones. Con el objetivo de acelerar el proceso de cómputo se propone una implementación paralela, tanto para la interacción proteína-proteína de cuerpo rígido como para la etapa de inclusión de flexibilidad.

Búsqueda de conformaciones estables de interacción proteína-proteína utilizando métodos de inteligencia computacional

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