Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia)
Los potyvirus son uno de los grupos de virus más limitantes en los cultivos de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo, siendo PVY, PVV y PVA las especies más prevalentes. En este trabajo se evaluó la presencia de estos potyvirus en cuatro lotes de S. tuberosum cv. Diacol-Capiro y cuatro l...
- Autores:
-
Riascos Chica, Melissa
Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés
Marín Montoya, Mauricio Alejandro
- Tipo de recurso:
- Article of journal
- Fecha de publicación:
- 2018
- Institución:
- Universidad Nacional de Colombia
- Repositorio:
- Universidad Nacional de Colombia
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.unal.edu.co:unal/68165
- Acceso en línea:
- https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/68165
http://bdigital.unal.edu.co/69198/
- Palabra clave:
- 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
Potyviridae
secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento, Solanum phureja
Solanum tuberosum
virus de plantas.
high-throughput nucleotide sequencing
plant viruses
Potyviridae
Solanum phureja
Solanum tuberosum.
- Rights
- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
| id |
UNACIONAL2_350925a5f838f56caf05c1c22403e639 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/68165 |
| network_acronym_str |
UNACIONAL2 |
| network_name_str |
Universidad Nacional de Colombia |
| repository_id_str |
|
| dc.title.spa.fl_str_mv |
Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia) |
| title |
Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia) |
| spellingShingle |
Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia) 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology Potyviridae secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento, Solanum phureja Solanum tuberosum virus de plantas. high-throughput nucleotide sequencing plant viruses Potyviridae Solanum phureja Solanum tuberosum. |
| title_short |
Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia) |
| title_full |
Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia) |
| title_fullStr |
Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia) |
| title_full_unstemmed |
Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia) |
| title_sort |
Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia) |
| dc.creator.fl_str_mv |
Riascos Chica, Melissa Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés Marín Montoya, Mauricio Alejandro |
| dc.contributor.author.spa.fl_str_mv |
Riascos Chica, Melissa Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés Marín Montoya, Mauricio Alejandro |
| dc.subject.ddc.spa.fl_str_mv |
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology |
| topic |
57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology Potyviridae secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento, Solanum phureja Solanum tuberosum virus de plantas. high-throughput nucleotide sequencing plant viruses Potyviridae Solanum phureja Solanum tuberosum. |
| dc.subject.proposal.spa.fl_str_mv |
Potyviridae secuenciación de nucleótidos de alto rendimiento, Solanum phureja Solanum tuberosum virus de plantas. high-throughput nucleotide sequencing plant viruses Potyviridae Solanum phureja Solanum tuberosum. |
| description |
Los potyvirus son uno de los grupos de virus más limitantes en los cultivos de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo, siendo PVY, PVV y PVA las especies más prevalentes. En este trabajo se evaluó la presencia de estos potyvirus en cuatro lotes de S. tuberosum cv. Diacol-Capiro y cuatro lotes de S. phureja cv. Criolla-Colombia ubicados en el oriente de Antioquia, analizando la cápside viral mediante RT-PCR/secuenciación Sanger y secuenciación de nueva generación (NGS) para S. tuberosum. Los resultados indicaron la ocurrencia de los potyvirus PVY y PVV en las muestras de S. tuberosum y S. phureja, respectivamente; siendo detectadas mediante cebadores específicos la presencia de tres diferentes cepas de PVY (PVYN, PVYNTN y PVYO) en la región de estudio. Este hallazgo fue confirmado por NGS, obteniendo las secuencias completas de los genomas de estas tres cepas, lo que representa el primer reporte de PVYO en Colombia. Por su parte, los análisis de secuencias de la región CP de PVV indicaron niveles de identidad superiores a 99% con respecto a aislamientos del linaje PVVPhu reportado previamente en Antioquia. Estos hallazgos evidencian la necesidad de ajustar los sistemas de detección de virus en los programas de certificación de tubérculo-semilla de papa adelantados en el país. |
| publishDate |
2018 |
| dc.date.issued.spa.fl_str_mv |
2018-01-01 |
| dc.date.accessioned.spa.fl_str_mv |
2019-07-03T06:02:02Z |
| dc.date.available.spa.fl_str_mv |
2019-07-03T06:02:02Z |
| dc.type.spa.fl_str_mv |
Artículo de revista |
| dc.type.coar.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1 |
| dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/article |
| dc.type.version.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| dc.type.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 |
| dc.type.coarversion.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
| dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
| dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/ART |
| format |
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 |
| status_str |
publishedVersion |
| dc.identifier.issn.spa.fl_str_mv |
ISSN: 1900-1649 |
| dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/68165 |
| dc.identifier.eprints.spa.fl_str_mv |
http://bdigital.unal.edu.co/69198/ |
| identifier_str_mv |
ISSN: 1900-1649 |
| url |
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/68165 http://bdigital.unal.edu.co/69198/ |
| dc.language.iso.spa.fl_str_mv |
spa |
| language |
spa |
| dc.relation.spa.fl_str_mv |
https://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/65683 |
| dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv |
Universidad Nacional de Colombia Revistas electrónicas UN Acta Biológica Colombiana Acta Biológica Colombiana |
| dc.relation.references.spa.fl_str_mv |
Riascos Chica, Melissa and Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés and Marín Montoya, Mauricio Alejandro (2018) Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia). Acta Biológica Colombiana, 23 (1). pp. 39-50. ISSN 1900-1649 |
| dc.rights.spa.fl_str_mv |
Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia |
| dc.rights.coar.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| dc.rights.license.spa.fl_str_mv |
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional |
| dc.rights.uri.spa.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ |
| dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
| rights_invalid_str_mv |
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv |
application/pdf |
| dc.publisher.spa.fl_str_mv |
Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá - Faculdad de Ciencias - Departamento de Biología |
| institution |
Universidad Nacional de Colombia |
| bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/68165/1/65683-365635-1-PB.pdf https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/68165/2/65683-365635-1-PB.pdf.jpg |
| bitstream.checksum.fl_str_mv |
afdcb75f01a4a22b4b7a1db96e893dd0 9e782ed2d247c939546fa305e8b987d6 |
| bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
| repository.name.fl_str_mv |
Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia |
| repository.mail.fl_str_mv |
repositorio_nal@unal.edu.co |
| _version_ |
1806886187555618816 |
| spelling |
Atribución-NoComercial 4.0 InternacionalDerechos reservados - Universidad Nacional de Colombiahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Riascos Chica, Melissa099feadb-af77-40ca-8a1d-7d81b04df1ba300Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés8324cb8e-9fd5-44ea-a44f-8e8184a2ffd8300Marín Montoya, Mauricio Alejandro936d15fc-c0c5-45c6-b61c-b1c548ee7e803002019-07-03T06:02:02Z2019-07-03T06:02:02Z2018-01-01ISSN: 1900-1649https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/68165http://bdigital.unal.edu.co/69198/Los potyvirus son uno de los grupos de virus más limitantes en los cultivos de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo, siendo PVY, PVV y PVA las especies más prevalentes. En este trabajo se evaluó la presencia de estos potyvirus en cuatro lotes de S. tuberosum cv. Diacol-Capiro y cuatro lotes de S. phureja cv. Criolla-Colombia ubicados en el oriente de Antioquia, analizando la cápside viral mediante RT-PCR/secuenciación Sanger y secuenciación de nueva generación (NGS) para S. tuberosum. Los resultados indicaron la ocurrencia de los potyvirus PVY y PVV en las muestras de S. tuberosum y S. phureja, respectivamente; siendo detectadas mediante cebadores específicos la presencia de tres diferentes cepas de PVY (PVYN, PVYNTN y PVYO) en la región de estudio. Este hallazgo fue confirmado por NGS, obteniendo las secuencias completas de los genomas de estas tres cepas, lo que representa el primer reporte de PVYO en Colombia. Por su parte, los análisis de secuencias de la región CP de PVV indicaron niveles de identidad superiores a 99% con respecto a aislamientos del linaje PVVPhu reportado previamente en Antioquia. Estos hallazgos evidencian la necesidad de ajustar los sistemas de detección de virus en los programas de certificación de tubérculo-semilla de papa adelantados en el país.Potyviruses are one of the most limiting viruses for the potato (Solanum tuberosum and S. phureja) production worldwide, being PVY, PVV and PVA the most prevalent species. In this work, we tested the presence of these viruses in four commercial S. tuberosum cv. Diacol-Capiro and S. phureja cv. Criolla-Colombia plots in eastern Antioquia using RT-PCR and Sanger sequencing of the coat protein (CP) region, as well as next generation sequencing (NGS) for S. tuberosum samples. Our results revealed the presence of a PVV strain infecting S. phureja with high sequence identity (99%) to lineage PVVPhu previously reported in Antioquia. Three strains of PVY (PVYN, PVYNTN and PVYO) were found to infect S. tuberosum. The presence of these three PVY strains was confirmed by NGS, allowing the assembly of their complete genomes. This is the first report of the full genome sequence of PVYo strain in Colombia. These findings highlight the need to adjust the tuber-seed certification programs currently implemented in the country.application/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá - Faculdad de Ciencias - Departamento de Biologíahttps://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/65683Universidad Nacional de Colombia Revistas electrónicas UN Acta Biológica ColombianaActa Biológica ColombianaRiascos Chica, Melissa and Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés and Marín Montoya, Mauricio Alejandro (2018) Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia). Acta Biológica Colombiana, 23 (1). pp. 39-50. ISSN 1900-164957 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biologyPotyviridaesecuenciación de nucleótidos de alto rendimiento, Solanum phurejaSolanum tuberosumvirus de plantas.high-throughput nucleotide sequencingplant virusesPotyviridaeSolanum phurejaSolanum tuberosum.Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia)Artículo de revistainfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/ARTORIGINAL65683-365635-1-PB.pdfapplication/pdf634869https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/68165/1/65683-365635-1-PB.pdfafdcb75f01a4a22b4b7a1db96e893dd0MD51THUMBNAIL65683-365635-1-PB.pdf.jpg65683-365635-1-PB.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg9349https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/68165/2/65683-365635-1-PB.pdf.jpg9e782ed2d247c939546fa305e8b987d6MD52unal/68165oai:repositorio.unal.edu.co:unal/681652023-06-02 23:03:42.121Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co |