Determinación de la estructura tridimensional de un péptido de interés inmunológico por RMN $^1H$ y elaboración del documento de referencia de este protocolo
ilustraciones, fotografías, gráficas, tablas
- Autores:
-
López Díaz, Diego Mario
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2021
- Institución:
- Universidad Nacional de Colombia
- Repositorio:
- Universidad Nacional de Colombia
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- OAI Identifier:
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- Palabra clave:
- 530 - Física
Magnetic Resonance Spectroscopy
Malaria
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Según la semana epidemiológica 43 de 2020, en Colombia hay aproximadamente $65 293$ casos de malaria donde predomina la infección por \textit{Plasmodium falciparum} ($49.7 \%$), seguido de \textit{Plasmodium vivax} con ($49.5 \%$). Durante los últimos 60 años se han realizado grandes esfuerzos por desarrollar una vacuna efectiva contra la malaria desde diferentes perspectivas. Con el desarrollo de tecnologías como el ADN recombinante y la síntesis química, entre otros, se han desarrollado candidatos a vacuna basados en proteínas del esporozoito y merozoito, las formas invasivas del parásito que están involucradas en dos estadio pre- y eritocitico respectivamente. Diferentes proteínas han evidenciado algún tipo de protección parcial, con preferencia para un solo estadio del parásito y/o una sola especie de plasmodium. Durante cerca de 30 años la Fundación Instituto de Inmunología de Colombia (FIDIC), antes Instituto de Inmunología del Hospital San Juan de Dios, se ha dedicado a la investigación básica en enfermedades infecciosas, especialmente malaria, involucrando péptidos modificados obtenidos sintéticamente considerados como posibles candidatos a vacunas contra la malaria. La FIDIC reporta aproximadamente 400 estudios de los cuales algunos se enfocan a la producción y análisis de los péptidos y sus aplicaciones en diferentes aspectos biológicos y fisiológicos, pero especialmente su uso en vacunas contra la malaria, estudiando la relación entre la estructura tridimensional de dichos candidatos con su actividad inmunológica en un modelo animal. Para la obtención de la estructura tridimensional de los péptidos candidatos a vacuna, la FIDIC cuenta con dos equipos de Resonancia Magnética Nuclear (RMN) (500 y 600 MHz). Esta técnica experimental es muy útil en diversas áreas como la biología, la química, la física, entre otras. Los procedimientos que involucra la RMN son complejos de realizar por la diversidad de tópicos que se deben abordar. En la FIDIC se cuenta con documentos que recopilan algunos de estos procedimientos y que no son fáciles de seguir. Este trabajo ofrece un documento de referencia que facilita la consulta y el estudio de la técnica de $^1 H$ RMN a las nuevas generaciones de investigadores y usuarios de los equipos en la FIDIC. Se espera que el documento optimice los procesos de aprendizaje del uso y manejo de los equipos en beneficio del uso del tiempo en el análisis y determinación de la estructura 3D de péptidos relevantes desde el punto de vista inmunológico que incluya todas las etapas involucradas. (Texto tomado de la fuente).Malaria is the infectious disease that causes the highest morbidity and mortality around the world, in 2019 approximately 409000 deaths from malaria worldwide according to the world malaria report 2020. At present, 90 countries are considered endemic for this pathology, which indicates that 40 % of the population is exposed to the risk of infection. According to epidemiological week 43 of 2020, in Colombia there are approximately 65293 cases of malaria where Plasmodium falciparum infection predominates (49,7 %), followed by Plasmodium vivax with (49,5 %). During the last 60 years, great efforts have been made to develop an effective vaccine against malaria from different perspectives. With the development of technologies such as recombinant DNA and chemical synthesis, among others, vaccine candidates have been developed based on sporozoite and merozoite proteins, the invasive forms of the parasite that are involved in two pre and erytocytic stages respectively. Different proteins have shown some type of partial protection, preferably for a single stage of the parasite and/or a single species of plasmodium. For nearly 30 years, the Colombian Immunology Institute Foundation (FIDIC), formerly the Immunology Institute of the San Juan de Dios Hospital, has been dedicated to basic research in infectious diseases, especially malaria, involving synthetically obtained modified peptides considered as possible candidates. to malaria vaccines. The FIDIC reports approximately 400 studies of which some focus on the production and analysis of peptides and their applications in different biological and physiological aspects, but especially its use in vaccines against malaria, studying the relationship between the three-dimensional structure of said candidates and their immunological activity in an animal model. To obtain the three-dimensional structure of candidate vaccine peptides, FIDIC has two Nuclear Magnetic Resonance (NMR) equipment (500 and 600 MHz). This experimental technique is very useful in various areas such as biology, chemistry, physics, among others. The procedures involved in NMR are complex to perform due to the diversity of topics that must be addressed. In the FIDIC there are documents that compile some of these procedures and that are not easy to follow. This work offers a reference document that facilitates consultation and study of the 1H NMR technique to new generations of researchers and users of the equipment at FIDIC. It is expected that the document will optimize the process for learning the use and management of the equipment to benefit the use of time in the analysis and determination of the 3D structure of peptides relevant from the immunological point of view, including all the stages involved.Incluye anexosMaestríaMagíster en Ciencias - Física115 páginasapplication/pdfspaUniversidad Nacional de ColombiaBogotá - Ciencias - Maestría en Ciencias - FísicaDepartamento de FísicaFacultad de CienciasBogotá, ColombiaUniversidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá530 - FísicaMagnetic Resonance SpectroscopyMalariaReference StandardsEspectroscopía de Resonancia MagnéticaMalariaEstándares de ReferenciaMalariaNMRProtocoloAminoacidoStructurePeptideMalariaStructurePeptideNMRProtocolAminoacidDeterminación de la estructura tridimensional de un péptido de interés inmunológico por RMN $^1H$ y elaboración del documento de referencia de este protocoloDeterminación de la estructura tridimensional de un péptido de interés inmunológico por RMN ¹H y elaboración del documento de referencia de este protocoloDetermination of the three-dimensional structure of a peptide of immunological interest by ¹H NMR and preparation of the reference document for this protocolDetermination of the three-dimensional structure of a peptide of immunological interest by $^1 H$ NMR and preparation of the reference document for this protocol NMR and preparation of the reference document for this protocolTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMM.E. Patarroyo, A. Bermudez, and A. Moreno-Vranich. Towards the development of a fully protective Plasmodium falciparum antimalarial vaccine. Expert Review of Vaccines,11(9):1057–1070, 2012.A. Bermudez, A. Moreno-Vranich, and M.E. Patarroyo. Protective immunity provided by a new modified sera protein peptide: its immunogenetic characteristics and correlation with 3d structure.Amino Acids, 43:183, 2012T. Ikeya, D. Ban, D. Lee, Y. Ito, K. Kato, and C Griesinger. Solution nmr views of dynamical ordering of biomacromolecules. BBA, 19(12):287–306, 2017S.R. Gordon and H. Kevin. Fundamentals of protein NMR spectroscopy. Springer, Netherlands, 2006.O. Zerbe. Lecture course: NMR spectroscopy. ETH, Eidgen össische Technische Hochschule Zürich, Departement Angewandte Biowissenschaften, Institut für Pharmazeutische Wissenschaften, Alemania, 2001.PeptideNMR. urlhttp://www2.chem.uic.edu/nmr/downloads/peptideassign.pdf.K. Wüthrich. NMR of Proteins and Nucleic Acids (Baker Lecture Series). 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Biochemical and Biophysical Research Communications, 416:349, 2011.L.O. Zufiría and J. Martínez. Aprendiendo los fundamentos de la resonancia magnética. Editorial Médica Panamericana, España, 2007.EstudiantesPúblico generalLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-84074https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/80659/1/license.txt8153f7789df02f0a4c9e079953658ab2MD51ORIGINAL80134402.2021.pdf80134402.2021.pdfTesis de Maestría en Ciencias - Físicaapplication/pdf19063080https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/80659/2/80134402.2021.pdf99e4cec6efb0658aa407378ebcff51deMD52THUMBNAIL80134402.2021.pdf.jpg80134402.2021.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4124https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/80659/3/80134402.2021.pdf.jpgf426b67e67cf8350762323165c0775b6MD53unal/80659oai:repositorio.unal.edu.co:unal/806592024-08-01 23:09:47.339Repositorio Institucional Universidad Nacional de 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