Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana

ENKI-DB, es un sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana, accesible vía Internet. Mediante ENKI-DB se tiene acceso inmediato a toda la información taxonómica y molecular presente en las bases de datos SPICA®, SIB, EMBL y UNIPROT para especies pr...

Full description

Autores:
Barreto, Emiliano
Pinzón, Andrés M.
Reguero, María Teresa
Tipo de recurso:
Article of journal
Fecha de publicación:
2006
Institución:
Universidad Nacional de Colombia
Repositorio:
Universidad Nacional de Colombia
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/22113
Acceso en línea:
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/22113
http://bdigital.unal.edu.co/13147/
Palabra clave:
ENKI
molecular
taxonomía
biodiversidad colombiana
bioinformática
ENKI
molecular integration system
taxonomy
Colombian biodiversity
bioinformatics
Rights
openAccess
License
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
id UNACIONAL2_0389e96aa64da8455768449ca476159c
oai_identifier_str oai:repositorio.unal.edu.co:unal/22113
network_acronym_str UNACIONAL2
network_name_str Universidad Nacional de Colombia
repository_id_str
dc.title.spa.fl_str_mv Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana
title Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana
spellingShingle Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana
ENKI
molecular
taxonomía
biodiversidad colombiana
bioinformática
ENKI
molecular integration system
taxonomy
Colombian biodiversity
bioinformatics
title_short Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana
title_full Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana
title_fullStr Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana
title_full_unstemmed Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana
title_sort Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana
dc.creator.fl_str_mv Barreto, Emiliano
Pinzón, Andrés M.
Reguero, María Teresa
dc.contributor.author.spa.fl_str_mv Barreto, Emiliano
Pinzón, Andrés M.
Reguero, María Teresa
dc.subject.proposal.spa.fl_str_mv ENKI
molecular
taxonomía
biodiversidad colombiana
bioinformática
ENKI
molecular integration system
taxonomy
Colombian biodiversity
bioinformatics
topic ENKI
molecular
taxonomía
biodiversidad colombiana
bioinformática
ENKI
molecular integration system
taxonomy
Colombian biodiversity
bioinformatics
description ENKI-DB, es un sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana, accesible vía Internet. Mediante ENKI-DB se tiene acceso inmediato a toda la información taxonómica y molecular presente en las bases de datos SPICA®, SIB, EMBL y UNIPROT para especies propias de la biodiversidad colombiana exclusivamente. Hasta la fecha el sistema ha logrado enlazar 10 808 registros de especies propias de la biodiversidad colombiana (presentes en las bases de datos SIB y SPICA®), para las que han encontrado 1 976 751 registros molecula­res, 96 337 provenientes de las bases de datos de información proteica (UniprotKb, Uniref y Uniparc) y 1 880 414 de la base de datos EMBL de DNA. Aunque esta información se encuentra presente también, de manera independiente, en cada una de estas bases de datos, a través de ENKI- DB los datos son accesibles desde una sola interfase y de manera integrada y depurada. El sistema permite además realizar alineamientos locales utilizando la implementación del algoritmo BLAST del NCBI. ENKI- DB ha sido desarrollado en su totalidad en PHP y PERL, haciendo uso de las librerías Bio-PHP, Bio-PERL y utilizando la base de datos MySQL como repositorio central de información. ENKI-DB es accesible vía Internet, de manera completamente gratuita y pública en la siguiente dirección: http://bioinf.ibun.unal.edu.co/enkidb/ Contacto: cenbio_nal@unal.edu.co Palabras clave: ENKI, molecular, taxonomía, biodiversidad colombiana, bioinformática.
publishDate 2006
dc.date.issued.spa.fl_str_mv 2006
dc.date.accessioned.spa.fl_str_mv 2019-06-25T20:33:17Z
dc.date.available.spa.fl_str_mv 2019-06-25T20:33:17Z
dc.type.spa.fl_str_mv Artículo de revista
dc.type.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1
dc.type.driver.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
dc.type.version.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.coar.spa.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
dc.type.coarversion.spa.fl_str_mv http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85
dc.type.content.spa.fl_str_mv Text
dc.type.redcol.spa.fl_str_mv http://purl.org/redcol/resource_type/ART
format http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/22113
dc.identifier.eprints.spa.fl_str_mv http://bdigital.unal.edu.co/13147/
url https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/22113
http://bdigital.unal.edu.co/13147/
dc.language.iso.spa.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.spa.fl_str_mv http://revistas.unal.edu.co/index.php/biotecnologia/article/view/506
dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv Universidad Nacional de Colombia Revistas electrónicas UN Revista Colombiana de Biotecnología
Revista Colombiana de Biotecnología
dc.relation.ispartofseries.none.fl_str_mv Revista Colombiana de Biotecnología; Vol. 8, núm. 1 (2006); 65-75 1909-8758 0123-3475
dc.relation.references.spa.fl_str_mv Barreto, Emiliano and Pinzón, Andrés M. and Reguero, María Teresa (2006) Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana. Revista Colombiana de Biotecnología; Vol. 8, núm. 1 (2006); 65-75 1909-8758 0123-3475 .
dc.rights.spa.fl_str_mv Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.license.spa.fl_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
dc.rights.uri.spa.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.spa.fl_str_mv Universidad Nacional de Colombia
institution Universidad Nacional de Colombia
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/22113/1/506-3373-1-PB.pdf
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/22113/2/506-3373-1-PB.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 98f2002eb57700b14fe9ebb4ea0cffdf
e93a8d0330e086d3151f407cdc9050da
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia
repository.mail.fl_str_mv repositorio_nal@unal.edu.co
_version_ 1814089313643659264
spelling Atribución-NoComercial 4.0 InternacionalDerechos reservados - Universidad Nacional de Colombiahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Barreto, Emilianoa5a096b9-8ad7-499c-a7cb-6d0b2c4d8614300Pinzón, Andrés M.f272ad87-557d-4c5a-8ee1-f62151058809300Reguero, María Teresa021901a3-5728-4a12-a21b-7691f28ba1563002019-06-25T20:33:17Z2019-06-25T20:33:17Z2006https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/22113http://bdigital.unal.edu.co/13147/ENKI-DB, es un sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana, accesible vía Internet. Mediante ENKI-DB se tiene acceso inmediato a toda la información taxonómica y molecular presente en las bases de datos SPICA®, SIB, EMBL y UNIPROT para especies propias de la biodiversidad colombiana exclusivamente. Hasta la fecha el sistema ha logrado enlazar 10 808 registros de especies propias de la biodiversidad colombiana (presentes en las bases de datos SIB y SPICA®), para las que han encontrado 1 976 751 registros molecula­res, 96 337 provenientes de las bases de datos de información proteica (UniprotKb, Uniref y Uniparc) y 1 880 414 de la base de datos EMBL de DNA. Aunque esta información se encuentra presente también, de manera independiente, en cada una de estas bases de datos, a través de ENKI- DB los datos son accesibles desde una sola interfase y de manera integrada y depurada. El sistema permite además realizar alineamientos locales utilizando la implementación del algoritmo BLAST del NCBI. ENKI- DB ha sido desarrollado en su totalidad en PHP y PERL, haciendo uso de las librerías Bio-PHP, Bio-PERL y utilizando la base de datos MySQL como repositorio central de información. ENKI-DB es accesible vía Internet, de manera completamente gratuita y pública en la siguiente dirección: http://bioinf.ibun.unal.edu.co/enkidb/ Contacto: cenbio_nal@unal.edu.co Palabras clave: ENKI, molecular, taxonomía, biodiversidad colombiana, bioinformática.ENKI-DB is a taxonomic and molecular integration system for Colombian species which is available on the internet. This system provides users with immediate access to all taxonomic and molecular data present in SPICA®, SIB, EMBL and UNIPROT databases for all Colombian species. To date, our system has been able to link 10,808 Colombian species (SIB and SPICA® databases) to 1 976 751 molecular entries, 96 337 from UniprotKb, Uniref and Uniparc and 1,880,414 from the EMBL DNA datábase. Although this information is also available on each datábase independently, ENKI-DB allows users to reach all that integrated information through one interface. We have also integrated the NCBI-BLAST programme with the ENKI-DB system which allows users to run pair-wise comparisons on the same ENKI-DB web interface. ENKI-DB has been developed with Bio-PHP and Bio-PERL and uses MySQL RDBMS as backup. Availability: http://bioinf.ibun.unal.edu.co/enkidb/ Contact: cenbio_nal@unal.edu.co Key words: ENKI, molecular integration system, taxonomy, Colombian biodiversity, bioinformatics.application/pdfspaUniversidad Nacional de Colombiahttp://revistas.unal.edu.co/index.php/biotecnologia/article/view/506Universidad Nacional de Colombia Revistas electrónicas UN Revista Colombiana de BiotecnologíaRevista Colombiana de BiotecnologíaRevista Colombiana de Biotecnología; Vol. 8, núm. 1 (2006); 65-75 1909-8758 0123-3475Barreto, Emiliano and Pinzón, Andrés M. and Reguero, María Teresa (2006) Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombiana. Revista Colombiana de Biotecnología; Vol. 8, núm. 1 (2006); 65-75 1909-8758 0123-3475 .Enki-db: sistema de información taxonómica y molecular de especies propias de la biodiversidad colombianaArtículo de revistainfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/ARTENKImoleculartaxonomíabiodiversidad colombianabioinformáticaENKImolecular integration systemtaxonomyColombian biodiversitybioinformaticsORIGINAL506-3373-1-PB.pdfapplication/pdf281809https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/22113/1/506-3373-1-PB.pdf98f2002eb57700b14fe9ebb4ea0cffdfMD51THUMBNAIL506-3373-1-PB.pdf.jpg506-3373-1-PB.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg8334https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/22113/2/506-3373-1-PB.pdf.jpge93a8d0330e086d3151f407cdc9050daMD52unal/22113oai:repositorio.unal.edu.co:unal/221132022-10-13 23:02:17.621Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co

Publicaciones similares