Caracterización de la diversidad microbiana de suelos destinados a cultivos de Ananás comosus, tratados con distintos plaguicidas en el municipio de Lebrija, Santander
La presencia de microorganismos en el suelo permite un equilibrio en las propiedades físico-químicas de este, lo cual garantiza un óptimo desarrollo de cualquier cultivo. Ananás comosus es un cultivo de gran importancia para Santander, sin embargo, los estudios referentes a la caracterización biológ...
- Autores:
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Bravo Granados, Natalia Andrea
- Tipo de recurso:
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- Fecha de publicación:
- 2020
- Institución:
- Universidad Autónoma de Bucaramanga - UNAB
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- Repositorio UNAB
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- Acceso en línea:
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Applied statistics
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Pineapple
Metagenomics
Microbiota
Diversity
PCA
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Modelamiento matemático
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La presencia de microorganismos en el suelo permite un equilibrio en las propiedades físico-químicas de este, lo cual garantiza un óptimo desarrollo de cualquier cultivo. Ananás comosus es un cultivo de gran importancia para Santander, sin embargo, los estudios referentes a la caracterización biológica del suelo asociado, son escasas en la región y en el país. Considerando este escenario cualquier información que tienda a establecer la dinámica del suelo en presencia de este cultivo es relevante. En este sentido, este trabajo se centró en la obtención de ADN genómico total de suelo cultivado con Ananás comosus, para su previa secuenciación e identificación de las comunidades microbianas presentes en este suelo mediante la plataforma Illumina MiSeq; estableciendo la incidencia del uso de un plaguicida de origen químico y uno biológico en la diversidad y composición de estas comunidades. Se determinó la diversidad α y β, y mediante un análisis de componentes principales (PCA) se estableció si existe o no similitud en la composición de las comunidades microbianas de los diferentes tratamientos. |
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[1] Aguirre V. & Delgado, V. (2010) Pesticidas naturales y sintéticos. Centro de investigaciones Científicas Escuela Politécnica del Ejército. Sangolquí, Ecuador, pp. 43-53. [2] Alcaraz, L. (2016) Producción y comercialización de piña Gold. Asociación de productores, comercializadores y transformadores agropecuarios (AGROMUTUA), Valencia, España. [3] Becking, L. (1934) Geobiologie, of Inleiding Tot de Milieukunde: Met Literatuurlijst en Ind. Wetenschappelijke Serie. Van Stockum [4] Cole JR, Wang Q, Cardenas E, Fish J, Chai B, Farris RJ et al. (2009). The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis. Nucleic Acids Res 37: D141–D145. [5] De Wit, R., Bouvier, T. (2006) ‘Everything is everywhere, but, the environment selects’; what did Baas Becking and Beijerinck really say? Environmental Microbiology. 8(4): 755-758. [6] DOW (2018) Lorsban TM 4 EC. DowAgroScience: The Dow Chemical Company. [7] Edgar RC (2010) Search and clustering orders of magnitude faster than blast. Bioinformatics 26:2460–2461. [8] Fallows J. (2014) When will genomics cure cancer? The Atlantic. (www.theatlantic.com/magazine/archive/2014/01/whenwill-genomics-curecancer/355739/). [9] Hong, S., Bunge, J., Jeon, S., Epstein, S. (2006) Predicting microbial species richness. Proc Natl Acad Sci U S A 103: 117–122. [10] Ilin, A. & Raiko, T. (2010) Practical approaches to Principal Component Analysis in the presence of missing values. Journal of Machine Learning Research 11:1957-2000. [11] Kieser, T., Bibb, M.J., Buttner, M.J., Chater, K.F., Hopwood, D.A. (2000) Practical Streptomyces Genetics. JIF, Norwich. [12] Paull, R. E., Duarte, O. (2011) Tropical Fruits, CAB International, 2nd Ed., (1).pp. 327-365. [13] Polti, M., Aparicio, J., Benimeli, C., Amoroso, M. (2014) Simultaneous bioremediation of Cr(VI) and lindane in soil by actinobacteria. Int. Biodeterior. Biodegrad. (88) 48-55. [14] Oliveros, J.C. (2007-2015) Venny. An interactive tool for comparing lists with Venn's diagrams. https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html |
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Bravo Granados, Natalia Andrea85ea64c3-f21b-4f56-af26-cd4f78b2ba1bBravo Granados, Natalia Andrea [0001656786]Bravo Granados, Natalia Andrea [0000-0002-2049-500X]Semilleros de Investigación UNABLebrija (Santander, Colombia)2020UNAB Campus Bucaramanga2023-11-11T08:59:24Z2023-11-11T08:59:24Z2020-11ISSN 2344-7079http://hdl.handle.net/20.500.12749/22724instname:Universidad Autónoma de Bucaramanga - UNABreponame:Repositorio Institucional UNABrepourl:https://repository.unab.edu.coLa presencia de microorganismos en el suelo permite un equilibrio en las propiedades físico-químicas de este, lo cual garantiza un óptimo desarrollo de cualquier cultivo. Ananás comosus es un cultivo de gran importancia para Santander, sin embargo, los estudios referentes a la caracterización biológica del suelo asociado, son escasas en la región y en el país. Considerando este escenario cualquier información que tienda a establecer la dinámica del suelo en presencia de este cultivo es relevante. En este sentido, este trabajo se centró en la obtención de ADN genómico total de suelo cultivado con Ananás comosus, para su previa secuenciación e identificación de las comunidades microbianas presentes en este suelo mediante la plataforma Illumina MiSeq; estableciendo la incidencia del uso de un plaguicida de origen químico y uno biológico en la diversidad y composición de estas comunidades. Se determinó la diversidad α y β, y mediante un análisis de componentes principales (PCA) se estableció si existe o no similitud en la composición de las comunidades microbianas de los diferentes tratamientos.The presence of microorganisms in the soil allows a balance in its physical-chemical properties, which guarantee an optimal development of any crop. Ananás comosus is a crop of great importance for Santander, however, studies referring to the biological characterization of the associated soil are scarce in the region and in the country. Considering this scenario, any information tending to establish the dynamics of the soil in the presence of this crop is relevant. In this sense, this work focused on obtaining total genomic DNA from soil cultivated with Ananás comosus, for its prior sequencing and identification of the microbial communities present in this soil using the Illumina MiSeq platform; establishing the incidence of the use of pesticides of chemical and biological origin in the diversity and composition of these communities. The α and β diversity was determined, and by means of a principal component analysis (PCA) it was established whether or not there is similarity in the composition of the microbial communities of the different treatments.Modalidad Presencialapplication/pdfspaGeneración Creativa : Encuentro de Semilleros de Investigación UNABhttp://hdl.handle.net/20.500.12749/14245[1] Aguirre V. & Delgado, V. (2010) Pesticidas naturales y sintéticos. Centro de investigaciones Científicas Escuela Politécnica del Ejército. Sangolquí, Ecuador, pp. 43-53.[2] Alcaraz, L. (2016) Producción y comercialización de piña Gold. Asociación de productores, comercializadores y transformadores agropecuarios (AGROMUTUA), Valencia, España.[3] Becking, L. (1934) Geobiologie, of Inleiding Tot de Milieukunde: Met Literatuurlijst en Ind. Wetenschappelijke Serie. Van Stockum[4] Cole JR, Wang Q, Cardenas E, Fish J, Chai B, Farris RJ et al. (2009). The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis. Nucleic Acids Res 37: D141–D145.[5] De Wit, R., Bouvier, T. (2006) ‘Everything is everywhere, but, the environment selects’; what did Baas Becking and Beijerinck really say? Environmental Microbiology. 8(4): 755-758.[6] DOW (2018) Lorsban TM 4 EC. DowAgroScience: The Dow Chemical Company.[7] Edgar RC (2010) Search and clustering orders of magnitude faster than blast. Bioinformatics 26:2460–2461.[8] Fallows J. (2014) When will genomics cure cancer? The Atlantic. (www.theatlantic.com/magazine/archive/2014/01/whenwill-genomics-curecancer/355739/).[9] Hong, S., Bunge, J., Jeon, S., Epstein, S. (2006) Predicting microbial species richness. Proc Natl Acad Sci U S A 103: 117–122.[10] Ilin, A. & Raiko, T. (2010) Practical approaches to Principal Component Analysis in the presence of missing values. Journal of Machine Learning Research 11:1957-2000.[11] Kieser, T., Bibb, M.J., Buttner, M.J., Chater, K.F., Hopwood, D.A. (2000) Practical Streptomyces Genetics. JIF, Norwich.[12] Paull, R. E., Duarte, O. (2011) Tropical Fruits, CAB International, 2nd Ed., (1).pp. 327-365.[13] Polti, M., Aparicio, J., Benimeli, C., Amoroso, M. (2014) Simultaneous bioremediation of Cr(VI) and lindane in soil by actinobacteria. Int. Biodeterior. Biodegrad. (88) 48-55.[14] Oliveros, J.C. (2007-2015) Venny. An interactive tool for comparing lists with Venn's diagrams. https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.htmlhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/co/Abierto (Texto Completo)Atribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 Colombiahttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Bravo, N. A. (2020). Caracterización de la diversidad microbiana de suelos destinados a cultivos de Ananás comosus, tratados con distintos plaguicidas en el municipio de Lebrija, Santander. Recuperado de: http://hdl.handle.net/20.500.12749/22724Caracterización de la diversidad microbiana de suelos destinados a cultivos de Ananás comosus, tratados con distintos plaguicidas en el municipio de Lebrija, SantanderCharacterization of soil microbial diversity intended for crops of Pineapple comosus, treated with different pesticides in the municipality of Lebrija, SantanderConferenceinfo:eu-repo/semantics/conferenceProceedingsMemoria de eventoshttp://purl.org/coar/resource_type/c_f744info:eu-repo/semantics/acceptedVersionhttp://purl.org/redcol/resource_type/EC_ACUniversidad Autónoma de Bucaramanga UNABFacultad IngenieríaSistema de Investigación SIUNABScience educationMathematical modelingApplied statisticsInvestigationPineappleMetagenomicsMicrobiotaDiversityPCAEnseñanza en cienciasModelamiento matemáticoEstadística aplicadaInvestigaciónPiñaMetagenómicaMicrobiotaDiversidadPCATHUMBNAIL2020_Articulo_Bravo_Granados_Natalia_Andrea.pdf.jpg2020_Articulo_Bravo_Granados_Natalia_Andrea.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg9655https://repository.unab.edu.co/bitstream/20.500.12749/22724/3/2020_Articulo_Bravo_Granados_Natalia_Andrea.pdf.jpg3d3494c89e81b2f1e14aac89dcdfecfcMD53open accessORIGINAL2020_Articulo_Bravo_Granados_Natalia_Andrea.pdf2020_Articulo_Bravo_Granados_Natalia_Andrea.pdfArtículoapplication/pdf388629https://repository.unab.edu.co/bitstream/20.500.12749/22724/1/2020_Articulo_Bravo_Granados_Natalia_Andrea.pdfebc8213967bb6394854dcc98f18b3e08MD51open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8829https://repository.unab.edu.co/bitstream/20.500.12749/22724/2/license.txt3755c0cfdb77e29f2b9125d7a45dd316MD52open access20.500.12749/22724oai:repository.unab.edu.co:20.500.12749/227242023-11-11 22:00:29.116open accessRepositorio Institucional | Universidad Autónoma de Bucaramanga - UNABrepositorio@unab.edu.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 |