Emparejamiento de patrones con huecos acotados en secuencias genómicas

Recientemente, se introdujeron algunos algoritmos de coincidencia de patrones que permitían espacios en Crochemore et al. [Coincidencia aproximada de cadenas con espacios. Nordic Journal of Computing, 9(2002):54–65, 2002], donde se consideraron las brechas con límites superiores, límites estrictos y...

Full description

Autores:
Pinzón Ardila, Yoan José
Wang, Shu
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2009
Institución:
Universidad Autónoma de Bucaramanga - UNAB
Repositorio:
Repositorio UNAB
Idioma:
spa
OAI Identifier:
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Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/20.500.12749/8970
Palabra clave:
Coincidencia de patrones de cadena
Brechas
Secuencias genómicas
String pattern matching
Gaps
Genomic sequences
Research
Systems engineer
Computer's science
Technological development
Algorithms
Investigación
Ingeniería de sistemas
Ciencias de la computación
Desarrollo tecnológico
Algoritmos
Coincidencia de patrones de cuerdas
Brechas
Secuencia genómica
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Derechos de autor 2009 Revista Colombiana de Computación
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description Recientemente, se introdujeron algunos algoritmos de coincidencia de patrones que permitían espacios en Crochemore et al. [Coincidencia aproximada de cadenas con espacios. Nordic Journal of Computing, 9(2002):54–65, 2002], donde se consideraron las brechas con límites superiores, límites estrictos y sin límites. En este documento, ampliamos aún más estas restricciones sobre las brechas para permitir brechas con límites inferiores y (inferior-superior) a las que simplemente nos referimos como brechas con límites (a,b). Damos definiciones formales para estos problemas así como sus respectivas soluciones algorítmicas.
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D. S. Hirschberg. Alinear space algorithm for computing maximal common subsequences. Communication of ACM, 18(6):341–343, 1975.
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