Estudio e implementación de algunas herramientas bioinformáticas para su posible integración en un sistema que permita la caracterización del Citocromo C de Kluyveromyces Fragilis
La Bioinformática como nueva área de interés en nuestra sociedad y como uno de los nuevos acontecimientos científicos que comprende la investigación y el desarrollo de herramientas bioinformáticas permiten entender el flujo de información biológica, partiendo desde los genes hasta las estructuras mo...
- Autores:
-
Amaya Cote, Laura Victoria
Moscote Gómez, Miguel José
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2004
- Institución:
- Universidad Autónoma de Bucaramanga - UNAB
- Repositorio:
- Repositorio UNAB
- Idioma:
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- OAI Identifier:
- oai:repository.unab.edu.co:20.500.12749/1340
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/20.500.12749/1340
- Palabra clave:
- Computational biology
Bioinformatics
Biology
Systems Engineering
Investigations
Data processing
Structural composition
Proteomics
Biological aspects
Biología computacional
Bioinformática
Biología
Ingeniería de sistemas
Investigaciones
Procesamiento de datos
Composición estructural
Proteómica
Aspectos biológicos
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Study and implementation of some bioinformatic tools for their possible integration in a system that allows the characterization of Cytochrome C of Kluyveromyces Fragilis |
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La Bioinformática como nueva área de interés en nuestra sociedad y como uno de los nuevos acontecimientos científicos que comprende la investigación y el desarrollo de herramientas bioinformáticas permiten entender el flujo de información biológica, partiendo desde los genes hasta las estructuras moleculares; por esta razón, hoy en día la Bioinformática se ha convertido en un instrumento necesario por medio del cual los investigadores logran profundizar en sus estudios científicos. Actualmente algunas instituciones interesadas en la investigación biológica e informática como la UNAB, requieren de herramientas que permitan un mejor estudio y entendimiento de la composición estructural y funcional de las proteínas en particular, así como el diseño de modelos que los expliquen. Para lograr realizar este tipo de investigaciones se necesita tener claro conocimiento sobre aspectos biológicos e informáticos, lo cual se logra tomando como punto de partida que la Bioinformática. Dado su carácter multidisciplinar, permite mayor comprensión sobre el significado biológico de una gran cantidad de datos que sin la ayuda de los sistemas de información no tendrían el desarrollo científico que han alcanzado. Por lo anterior esta investigación como proyecto de grado ha realizado un estudio biológico que busca comprender una serie de procesos biológicos básicos en las células y un estudio de diferentes herramientas bioinformáticas como son: Rasmol, Treeview, Fasta, Clustal X, SRS, YMGV, BLAST SERVER, KEGG, Entrez; las cuales de manera gráfica permiten visualizar, modificar y comprender la composición estructural de las proteínas. |
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Amaya Cote, Laura Victoria, Moscote Gómez, Miguel José, Chalela A., Graciela (2004). Estudio e implementación de algunas herramientas bioinformáticas para su posible integración en un sistema que permita la caracterización del Citocromo C de Kluyveromyces fragilis. Bucaramanga (Santander, Colombia) : Universidad Autónoma de Bucaramanga UNAB |
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Pagina Web. VSNS BioComputing Division [Citado 13 de Abril 2004].<http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/ForAll/welcome.html> C Giulivi, JJ Poderoso, A Boveris Production of nitric oxide by mitochondria. J. Biol. Chem. 1998; 273: 11038-11043. GIBAS, C.; Jambeck P.2001. Developing Bioinformatics computer skills. O’Really & Associates, Inc., United Status of America. CHALELA A, Graciela. 2000. Introducción a la bioinformática. Cuadernos de Ciencias. UIS. Revista Colombia: Ciencia y Tecnología, vol. 20, num. 3, pág 36, Julio del 2.002 CHALELA A, Graciela. 2003. Funciones Probióticas de Kluyveromyces fragilis. Revista Colombiana de Biotecnología. UNAL (En prensa) LEHNINGER L, Albert. 1990. Bioquímica, Segunda edición. Ediciones Omega. Barcelona. PEÑA DIAZ, Antonio et all. 1990. Bioquímica, Segunda edición. Editorial Limusa. Mexico. Alberts B, Bray D, Lewis J, Raff M, Roberts K, Watson J: The mitochondrion. In Molecular Biology of the Cell, 2nd edition (Robertson M. 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Actualmente algunas instituciones interesadas en la investigación biológica e informática como la UNAB, requieren de herramientas que permitan un mejor estudio y entendimiento de la composición estructural y funcional de las proteínas en particular, así como el diseño de modelos que los expliquen. Para lograr realizar este tipo de investigaciones se necesita tener claro conocimiento sobre aspectos biológicos e informáticos, lo cual se logra tomando como punto de partida que la Bioinformática. Dado su carácter multidisciplinar, permite mayor comprensión sobre el significado biológico de una gran cantidad de datos que sin la ayuda de los sistemas de información no tendrían el desarrollo científico que han alcanzado. Por lo anterior esta investigación como proyecto de grado ha realizado un estudio biológico que busca comprender una serie de procesos biológicos básicos en las células y un estudio de diferentes herramientas bioinformáticas como son: Rasmol, Treeview, Fasta, Clustal X, SRS, YMGV, BLAST SERVER, KEGG, Entrez; las cuales de manera gráfica permiten visualizar, modificar y comprender la composición estructural de las proteínas.GLOSARIO 14 RESUMEN 21 INTRODUCCIÓN 24 1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA Y JUSTIFICACION 27 2. ANTECEDENTES 29 3. OBJETIVOS 33 3.1 OBJETIVO GENERAL 33 3.2 OBJETIVOS ESPECIFICOS 33 4. ESTADO DEL ARTE 34 5. MARCO TEORICO 36 5.1 CONCEPTOS BIOLÓGICOS 36 5.1.1 Levaduras 36 5.1.2 Transporte de Electrones y Fosforilación Oxidativa 37 5.1.3 Sistema Citocromo 40 5.1.4 Mitocondrias 40 5.1.5 Ribosomas 44 5.1.6 Proteínas 44 5.1.7 Métodos y determinación de crecimiento de los microorganismos 52 5.1.8 Métodos de secuenciación 54 5.2 CONCEPTOS INFORMÁTICOS 57 5.2.1 Sistema 57 5.2.2 Sistema de Información 57 5.2.3 Lenguaje UML 58 5.2.4 Plataforma de Desarrollo Windows 61 5.2.5 Lenguajes e Interfaces de Desarrollo 62 5.2.6 Microsoft Access. 64 5.3 HERRAMIENTAS BIOINFORMATICAS 66 5.3.1 Rasmol 66 5.3.2 Treeview 67 5.3.3 Fasta 69 5.3.4 Clustal X 70 5.3.5 Kegg 72 5.3.6 Yeast Microarray Global Viewer 72 5.3.7 SRS (Embl/Ebi 74 5.3.8 Entrez 75 5.3.9 NCBI Blast Server 76 6. DISEÑO METODOLÓGICO 78 6.1 ETAPA 1: METODOLOGÍA PARA EL ESTUDIO BIOLÓGICO DEL KLUYVEROMYCES FRAGILIS. 79 6.1.1 Fases 79 6.2 ETAPA 2: METODOLOGÍA PARA EL DESARROLLO DEL SOFTWARE 80 6.2.1 Fases 82 7. RESULTADOS 84 7.1 MODELAMIENTO DE LAS HERRAMIENTAS BIOINFORMATICAS LOCALES EXISTENTES 84 7.1.1 Rasmol 84 7.1.2 Clustal X 86 7.1.3 Fasta 87 7.1.4 Treeview 88 7.2 SISTEMA INTEGRADO DE INFORMACION BIOINFORMÁTICA 89 7.3 MODELAMIENTO DEL SISTEMA DE INFORMACION BIOINFORMATICO 90 7.3.1 Diagramas de casos de usos 90 7.3.2 Diagramas de secuencias. 95 7.3.3 Diagrama de clases 103 7.4 CARACTERIZACIÓN DEL CITOCROMO C DE KLUYVEROMYCES FRAGILIS 106 7.4.1 Secuencia genética del Citocromo C de Kluyveromyces fragilis 106 7.4.2 Secuencia de aminoácidos del Citocromo C de Kluyveromyces fragilis 107 7.5 ANÁLISIS DE RESULTADOS EN EL SISTEMA DE INFORMACION BIOINFORMÁTICO 108 7.5.1 Análisis en Fasta 108 7.5.2 Análisis en Clustal X 109 7.5.3 Análisis en Rasmol 115 7.5.4 Análisis en TreeView 117 7.5.5 Análisis en KEGG 117 7.5.6 Análisis en Blast 118 8. CONCLUSIONES 120 9. RECOMENDACIONES 122 BIBLIOGRAFIA 123 ANEXO A. 128PregradoBioinformatics as a new area of interest in our society and as one of the new scientific events that includes the research and development of bioinformatics tools allow us to understand the flow of biological information, starting from genes to molecular structures; For this reason, today Bioinformatics has become a necessary instrument through which researchers are able to deepen their scientific studies. Currently, some institutions interested in biological and informatics research, such as the UNAB, require tools that allow a better study and understanding of the structural and functional composition of proteins in particular, as well as the design of models that explain them. In order to carry out this type of research, it is necessary to have a clear knowledge of biological and computer aspects, which is achieved by taking Bioinformatics as a starting point. Given its multidisciplinary nature, it allows greater understanding of the biological meaning of a large amount of data that without the help of information systems would not have the scientific development that they have achieved. Therefore, this research as a degree project has carried out a biological study that seeks to understand a series of basic biological processes in cells and a study of different bioinformatics tools such as: Rasmol, Treeview, Fasta, Clustal X, SRS, YMGV, BLAST SERVER, KEGG, Entrez; which graphically allow to visualize, modify and understand the structural composition of proteins.application/pdfspahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/co/Abierto (Texto Completo)info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Atribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 ColombiaEstudio e implementación de algunas herramientas bioinformáticas para su posible integración en un sistema que permita la caracterización del Citocromo C de Kluyveromyces FragilisStudy and implementation of some bioinformatic tools for their possible integration in a system that allows the characterization of Cytochrome C of Kluyveromyces FragilisIngeniero de SistemasBucaramanga (Colombia)Universidad Autónoma de Bucaramanga UNABFacultad IngenieríaPregrado Ingeniería de Sistemasinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisTrabajo de Gradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/redcol/resource_type/TPComputational biologyBioinformaticsBiologySystems EngineeringInvestigationsData processingStructural compositionProteomicsBiological aspectsBiología computacionalBioinformáticaBiologíaIngeniería de sistemasInvestigacionesProcesamiento de datosComposición estructuralProteómicaAspectos biológicosAmaya Cote, Laura Victoria, Moscote Gómez, Miguel José, Chalela A., Graciela (2004). Estudio e implementación de algunas herramientas bioinformáticas para su posible integración en un sistema que permita la caracterización del Citocromo C de Kluyveromyces fragilis. Bucaramanga (Santander, Colombia) : Universidad Autónoma de Bucaramanga UNABPagina Web. VSNS BioComputing Division [Citado 13 de Abril 2004].<http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/ForAll/welcome.html>C Giulivi, JJ Poderoso, A Boveris Production of nitric oxide by mitochondria. J. Biol. Chem. 1998; 273: 11038-11043.GIBAS, C.; Jambeck P.2001. Developing Bioinformatics computer skills. O’Really & Associates, Inc., United Status of America.CHALELA A, Graciela. 2000. Introducción a la bioinformática. Cuadernos de Ciencias. UIS.Revista Colombia: Ciencia y Tecnología, vol. 20, num. 3, pág 36, Julio del 2.002CHALELA A, Graciela. 2003. Funciones Probióticas de Kluyveromyces fragilis. Revista Colombiana de Biotecnología. UNAL (En prensa)LEHNINGER L, Albert. 1990. Bioquímica, Segunda edición. Ediciones Omega. 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