Diseño de algoritmos de aprendizaje profundo para imágenes médicas en tareas de diagnóstico asistido por computador

Esta tesis doctoral examina la aplicación de la inteligencia artificial, específicamente modelos de aprendizaje profundo, en tareas de diagnóstico asistido por computadora (CAD) dentro de imágenes médicas. Si bien los modelos de aprendizaje profundo han revolucionado el campo médico, siguen dependie...

Full description

Autores:
Sánchez Quiroga, Karen Yaneth
Tipo de recurso:
Doctoral thesis
Fecha de publicación:
2023
Institución:
Universidad Industrial de Santander
Repositorio:
Repositorio UIS
Idioma:
eng
OAI Identifier:
oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/15552
Acceso en línea:
https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/15552
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Palabra clave:
Aprendizaje profundo
Imágenes médicas
Adaptación de dominio
Diagnóstico asistido por computador
Deep Learning
Medical Imaging
Domain Adaptation
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License
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description Esta tesis doctoral examina la aplicación de la inteligencia artificial, específicamente modelos de aprendizaje profundo, en tareas de diagnóstico asistido por computadora (CAD) dentro de imágenes médicas. Si bien los modelos de aprendizaje profundo han revolucionado el campo médico, siguen dependiendo de grandes volúmenes de datos etiquetados, a menudo escasos y privados, y que varían entre los centros médicos. Esta tesis explora los conceptos de "adaptación de dominio" y "aumento de datos generativos" para abordar el problema de sobreajuste que surge de la falta de datos disponibles y afecta la precisión y generalización de los modelos. El primero aprovecha el conocimiento de un dominio de origen etiquetado para mejorar el rendimiento del modelo en un dominio de destino con datos limitados o sin datos etiquetados. El último se centra en la creación de datos sintéticos para aumentar el conjunto de entrenamiento, mejorando la generalización y precisión del modelo. En una contribución doble, esta tesis presenta primero un método para la selección inteligente, transformación e incorporación de radiografías de tórax de un conjunto de datos públicos en una red neuronal para mejorar la precisión de la clasificación de la neumonía. Este método mitiga los desafíos de trabajar con conjuntos de datos pequeños y variables entre diferentes hospitales. En segundo lugar, esta tesis presenta un método novedoso para el aumento de datos generativos para mejorar la precisión de la segmentación de tumores hepáticos en imágenes de resonancia magnética de múltiples contrastes. Al crear datos sintéticos para aumentar el conjunto de entrenamiento, este método busca mejorar la precisión y confiabilidad de la segmentación de tumores, una tarea vital para un diagnóstico preciso y una planificación del tratamiento. La investigación, desarrollada en colaboración con múltiples instituciones académicas y de investigación, tiene como objetivo en última instancia superar los desafíos en el análisis de imágenes médicas presentados por la escasez de datos etiquetados y mejorar las tareas CAD en diversas aplicaciones médicas.
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Si bien los modelos de aprendizaje profundo han revolucionado el campo médico, siguen dependiendo de grandes volúmenes de datos etiquetados, a menudo escasos y privados, y que varían entre los centros médicos. Esta tesis explora los conceptos de "adaptación de dominio" y "aumento de datos generativos" para abordar el problema de sobreajuste que surge de la falta de datos disponibles y afecta la precisión y generalización de los modelos. El primero aprovecha el conocimiento de un dominio de origen etiquetado para mejorar el rendimiento del modelo en un dominio de destino con datos limitados o sin datos etiquetados. El último se centra en la creación de datos sintéticos para aumentar el conjunto de entrenamiento, mejorando la generalización y precisión del modelo. En una contribución doble, esta tesis presenta primero un método para la selección inteligente, transformación e incorporación de radiografías de tórax de un conjunto de datos públicos en una red neuronal para mejorar la precisión de la clasificación de la neumonía. Este método mitiga los desafíos de trabajar con conjuntos de datos pequeños y variables entre diferentes hospitales. En segundo lugar, esta tesis presenta un método novedoso para el aumento de datos generativos para mejorar la precisión de la segmentación de tumores hepáticos en imágenes de resonancia magnética de múltiples contrastes. Al crear datos sintéticos para aumentar el conjunto de entrenamiento, este método busca mejorar la precisión y confiabilidad de la segmentación de tumores, una tarea vital para un diagnóstico preciso y una planificación del tratamiento. La investigación, desarrollada en colaboración con múltiples instituciones académicas y de investigación, tiene como objetivo en última instancia superar los desafíos en el análisis de imágenes médicas presentados por la escasez de datos etiquetados y mejorar las tareas CAD en diversas aplicaciones médicas.DoctoradoDoctor en IngenieríaThis Ph.D. thesis examines the application of artificial intelligence, specifically deep learning models, in computer-aided diagnostic (CAD) tasks within medical imaging. While deep learning models have revolutionized the medical field, they remain dependent on large volumes of labeled data, often scarce and private, and that vary among medical centers. This thesis explores the concepts of ``domain adaptation'' and ``generative data augmentation'' to tackle the overfitting problem that arises from the lack of available data and affects the accuracy and generalization of models. The former leverages knowledge from a labeled source domain to improve the model's performance in a target domain with limited or no labeled data. The latter focuses on creating synthetic data to augment the training set, enhancing the model's generalizability and accuracy. In a two-pronged contribution, this thesis first presents a method for smart selection, transformation, and incorporation of chest X-rays from a public dataset into a neural network to improve the accuracy of pneumonia classification. This method mitigates the challenges of working with small, varying data sets across different hospitals. Secondly, this thesis introduces a novel method for generative data augmentation to enhance the accuracy of liver tumor segmentation in multi-contrast magnetic resonance images. By creating synthetic data to augment the training set, this method seeks to improve the precision and reliability of tumor segmentation, a vital task for accurate diagnosis and treatment planning. The research, developed in collaboration with multiple academic and research institutions, ultimately aims to overcome the challenges in medical imaging analysis presented by the scarcity of labeled data and enhance CAD tasks in various medical applications.application/pdfengUniversidad Industrial de SantanderFacultad de Ingeníerias FisicomecánicasDoctorado en Ingeniería: Área Ingeniería ElectrónicaEscuela de Ingenierías Eléctrica, Electrónica y TelecomunicacionesAprendizaje profundoImágenes médicasAdaptación de dominioDiagnóstico asistido por computadorDeep LearningMedical ImagingDomain AdaptationComputer-Aided DiagnosisDiseño de algoritmos de aprendizaje profundo para imágenes médicas en tareas de diagnóstico asistido por computadorDeep Learning Algorithms Design for Medical Imaging in Computer-Aided Diagnosis TasksTesis/Trabajo de grado - Monografía - Doctoradohttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bccehttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06ORIGINALDocumento.pdfDocumento.pdfapplication/pdf51878653https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/c544f00e-eb37-4d90-9027-20ac7d0faf4b/download46675109e7d93c76f2f0c1eb4cd432ccMD52Carta de autorización.pdfCarta de autorización.pdfapplication/pdf140814https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/944915fd-b92b-47c3-b943-8fb6cc4730d4/download211a111a409bdb93ed0b53bc37751671MD53Nota de proyecto.pdfNota de proyecto.pdfapplication/pdf485174https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/5f8676b6-8a0e-49a0-b4ec-2046b10eebe9/download2ff65cc761a6a2a554f462947947b5adMD55LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82237https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/ccfcbd90-9228-44c1-977d-0d2a9ca4c305/downloadd6298274a8378d319ac744759540b71bMD5420.500.14071/15552oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/155522023-11-27 15:37:48.345http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessopen.accesshttps://noesis.uis.edu.coDSpace at UISnoesis@uis.edu.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