Análisis de balance de fluxes (FBA) de la producción de 1,3-propanodiol por clostridium butyricum a partir de glicerol
El Análisis de Balance de Flux (Flux Balance Analysis - FBA) busca predecir cuantitativamente el comportamiento de los fluxes en un microrganismo. La eficacia de los análisis en el comportamiento metabólico celular de la especie en estudio depende del modelo metabólico, de la función objetivo y de l...
- Autores:
-
Blanco Mantilla, Kevin Andres
Diaz Cañas, Edith Johana
- Tipo de recurso:
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- Fecha de publicación:
- 2017
- Institución:
- Universidad Industrial de Santander
- Repositorio:
- Repositorio UIS
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- OAI Identifier:
- oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/35751
- Palabra clave:
- Flux Metabólico
Modelamiento Estequiométrico
Fba
Función Objetivo
Clostridium Butyricum.
Metabolic Fluxes
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Clostridium Butyricum.
- Rights
- License
- Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
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Flux Metabólico Modelamiento Estequiométrico Fba Función Objetivo Clostridium Butyricum. Metabolic Fluxes Modeling Stoichiometric Fba Objective Function Clostridium Butyricum. |
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El Análisis de Balance de Flux (Flux Balance Analysis - FBA) busca predecir cuantitativamente el comportamiento de los fluxes en un microrganismo. La eficacia de los análisis en el comportamiento metabólico celular de la especie en estudio depende del modelo metabólico, de la función objetivo y de la calidad de los datos experimentales disponibles. En este trabajo, se evaluó la capacidad predictiva del FBA por medio de la selección de la mejor función objetivo, entre varias funciones objetivos propuestas, para Clostridium butyricum con glicerol como sustrato. Como dato de entrada para analizar la eficacia del FBA en este microorganismo se utilizó únicamente la ingesta de glicerol. Como base del análisis comparativo para el poder predictivo del FBA, se emplearon 23 experimentos reportados en la literatura, en los cuales se determinaron valores de ingesta y excreción de diversos metabolitos en el crecimiento de Clostridium butyricum. El resultado del estudio computacional de los fluxes metabólicos evaluados en este trabajo arrojó -. Este resultado se obtuvo por medio del análisis de las diferencias euclidianas entre los valores predichos por la técnica y una serie de datos experimentales reportados en la literatura, y usando un modelo de metabolismo central. Adicionalmente, se evaluó el efecto de varias modificaciones genéticas propuestas para incrementar la producción de 1,3-Propanodiol, usando -. Se evidenció que las deleciones propuestas conducían a idénticos resultados del FBA respecto al caso base (sin deleciones). |
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En este trabajo, se evaluó la capacidad predictiva del FBA por medio de la selección de la mejor función objetivo, entre varias funciones objetivos propuestas, para Clostridium butyricum con glicerol como sustrato. Como dato de entrada para analizar la eficacia del FBA en este microorganismo se utilizó únicamente la ingesta de glicerol. Como base del análisis comparativo para el poder predictivo del FBA, se emplearon 23 experimentos reportados en la literatura, en los cuales se determinaron valores de ingesta y excreción de diversos metabolitos en el crecimiento de Clostridium butyricum. El resultado del estudio computacional de los fluxes metabólicos evaluados en este trabajo arrojó -. Este resultado se obtuvo por medio del análisis de las diferencias euclidianas entre los valores predichos por la técnica y una serie de datos experimentales reportados en la literatura, y usando un modelo de metabolismo central. Adicionalmente, se evaluó el efecto de varias modificaciones genéticas propuestas para incrementar la producción de 1,3-Propanodiol, usando -. Se evidenció que las deleciones propuestas conducían a idénticos resultados del FBA respecto al caso base (sin deleciones).PregradoIngeniero QuímicoThe Flux Balance Analysis (FBA) seeks to quantitatively predict the behavior of fluxes in a microorganism. The efficacy of the analyzes on the cellular metabolic behavior of the species under study depends on the metabolic model, the objective function and the quality of the available experimental data. In this work, the predictive capacity of FBA was evaluated by selecting the best objective function, among several objective functions proposed, for Clostridium butyricum with glycerol as substrate. As input data to analyze the efficacy of FBA in this microorganism was used only the intake of glycerol. As a basis of the comparative analysis for the predictive power of the FBA, 23 experiments reported in the literature were used, in which values of ingestion and excretion of several metabolites in the growth of Clostridium butyricum were determined. The result of the computational study of the metabolic fluxes evaluated in this work showed that the best objective function is "optimization of 1,3-Propanediol". This result was obtained by analyzing the Euclidean differences between the values predicted by the technique and a series of experimental data reported in the literature, and using a central metabolism model. Additionally, the effect of several proposed genetic modifications to increase the production of 1,3-Propanediol was evaluated using the objective functions "optimize 1,3-propanediol" and "optimize biomass production". It was evidenced that the proposed deletions led to identical FBA results with respect to the base case (no deletions).application/pdfspaUniversidad Industrial de SantanderFacultad de Ingenierías FisicoquímicasIngeniería QuímicaEscuela de Ingeniería QuímicaFlux MetabólicoModelamiento EstequiométricoFbaFunción ObjetivoClostridium Butyricum.Metabolic FluxesModeling StoichiometricFbaObjective FunctionClostridium Butyricum.Análisis de balance de fluxes (FBA) de la producción de 1,3-propanodiol por clostridium butyricum a partir de glicerolFlux balance analisis (fba) of production of 1,3-propanediol by clostridium butyricum from glycerol.Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcceORIGINALCarta de autorización.pdfapplication/pdf188297https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/a16cad2a-07f7-4b32-bf90-db63ea48f39f/downloadcaf77e691f3e7a93279256d56756eb49MD51Documento.pdfapplication/pdf1666910https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/4d0063ff-555c-42eb-a6b7-9b885ad23a15/download7e55ed0f70f5df31deaf40eda8e37be7MD52Nota de proyecto.pdfapplication/pdf49023https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/03002d9a-e016-4944-902b-f89b10546306/downloadb5fd37b0d95992d3cdf4aacbc569a70dMD5320.500.14071/35751oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/357512024-03-03 18:14:30.93http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/open.accesshttps://noesis.uis.edu.coDSpace at UISnoesis@uis.edu.co |