Determinación de metabolitos secundarios de plantas como posibles inhibidores de la glucoproteína spike del SARS-CoV-2

El SARS-CoV-2 es un virus surgido a finales del año 2019 el cual genera una enfermedad en los humanos denominada COVID-19. A día de hoy, esta enfermedad ha causado más de 360 millones de contagios alrededor del mundo y continúa siendo un problema de salud global a medida que nuevas cepas del virus a...

Full description

Autores:
Ruiz Hernandez, Camilo Andrés
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2023
Institución:
Universidad Industrial de Santander
Repositorio:
Repositorio UIS
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/14459
Acceso en línea:
https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/14459
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Palabra clave:
Glucoproteína spike
SARS-CoV-2
Sesquipinsapol B
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Rights
openAccess
License
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description El SARS-CoV-2 es un virus surgido a finales del año 2019 el cual genera una enfermedad en los humanos denominada COVID-19. A día de hoy, esta enfermedad ha causado más de 360 millones de contagios alrededor del mundo y continúa siendo un problema de salud global a medida que nuevas cepas del virus aparecen con el paso del tiempo. A pesar del descubrimiento de las vacunas y algunos fármacos con respuesta frente al virus, aún no se ha establecido ningún tratamiento terapéutico para el manejo de la enfermedad. En consecuencia, se estableció este proyecto de investigación con el que se buscó la identificación de metabolitos secundarios como posibles inhibidores de la glucoproteína spike del virus del SARS-CoV-2. Para alcanzar este objetivo, se realizó un estudio de screening virtual a una base de datos de metabolitos para analizar sus interacciones aminoacídicas, docking score y cálculo de energía libre. Se seleccionaron los mejores resultados en base a los criterios previamente mencionados para evaluar su estabilidad y su perfil de interacción con aminoácidos relevantes mediante el uso de dinámica molecular en simulaciones de 200 nanosegundos. Los resultados obtenidos sugieren que el sesquipinsapol B contiene el mejor perfil de interacción aminoacídico en los sitios de unión propuestos. Además, interactúo con los residuos aminoacídicos críticos como E484, N487, Y489 en el sitio de unión propuesto entre la glucoproteína spike con la enzima ACE2. Finalmente, su análisis mediante dinámica molecular se puede concluir que el sesquipinsapol B se mantuvo dentro del sitio de unión generando cambios conformacionales en el ligando que contribuyen a la inhibición de la actividad del virus.
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A pesar del descubrimiento de las vacunas y algunos fármacos con respuesta frente al virus, aún no se ha establecido ningún tratamiento terapéutico para el manejo de la enfermedad. En consecuencia, se estableció este proyecto de investigación con el que se buscó la identificación de metabolitos secundarios como posibles inhibidores de la glucoproteína spike del virus del SARS-CoV-2. Para alcanzar este objetivo, se realizó un estudio de screening virtual a una base de datos de metabolitos para analizar sus interacciones aminoacídicas, docking score y cálculo de energía libre. Se seleccionaron los mejores resultados en base a los criterios previamente mencionados para evaluar su estabilidad y su perfil de interacción con aminoácidos relevantes mediante el uso de dinámica molecular en simulaciones de 200 nanosegundos. Los resultados obtenidos sugieren que el sesquipinsapol B contiene el mejor perfil de interacción aminoacídico en los sitios de unión propuestos. Además, interactúo con los residuos aminoacídicos críticos como E484, N487, Y489 en el sitio de unión propuesto entre la glucoproteína spike con la enzima ACE2. Finalmente, su análisis mediante dinámica molecular se puede concluir que el sesquipinsapol B se mantuvo dentro del sitio de unión generando cambios conformacionales en el ligando que contribuyen a la inhibición de la actividad del virus.PregradoQuímicoSARS-CoV-2 is a virus that appeared at the end of 2019 which generates a disease called COVID-19 which only affects humans. Nowadays, COVID-19 has caused more than 360 million of cases around the world and continues to be a global health concern due to the appearance of new mutations with the pass of the time. In consequence, our investigation project was established whose objective is to identify secondary metabolites as possible inhibitors of the spike glycoprotein of the SARS-CoV-2 virus. To reach the goal, a screening virtual process was made into a database full of metabolites to analyze their aminoacidic interactions, docking score and its free energy calculation. The best results were selected to evaluate their stability and their aminoacidic interaction profile using molecular dynamics in 200 nanoseconds simulations. The results obtained suggest the sesquipinsapol B contains the best interaction profile within the proposed sites into the interface protein ligand site. Besides, sesquipinsapol B interacts with critical amino acid residues such as E484, N487, Y489 in charge of the binding process with the ACE2 enzyme. Finally, its analysis using molecular dynamics concluded that sesquipinsapol B maintained itself inside the proposed site of interaction causing conformational changes on the ligand that massively contributes to the inhibition process of the virus activity.https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/EnRecursoHumano/inicio.dohttps://orcid.org/0000-0003-4943-8137application/pdfspaUniversidad Industrial de SantanderFacultad de CienciasQuímicaEscuela de QuímicaGlucoproteína spikeSARS-CoV-2Sesquipinsapol BVirusCOVID-19Spike glycoproteinSARS-CoV-2Sesquipinsapol BVirusCOVID-19Determinación de metabolitos secundarios de plantas como posibles inhibidores de la glucoproteína spike del SARS-CoV-2Determination of secondary metabolites from plants as possible inhibitors of SARS-CoV-2 spike glycoproteinTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bccehttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fORIGINALNota de proyecto.pdfNota de proyecto.pdfapplication/pdf95842https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/3c4209c4-47f3-4deb-8853-19a2175e734d/download87da8b807aefd3502842c12022096f93MD53Documento.pdfDocumento.pdfapplication/pdf2348501https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/fa1edc0e-34b6-4234-846d-8a90cfb93884/downloadde6fb8394ce1e80718a28e47c69ced45MD55Anexo 1.pdfAnexo 1.pdfapplication/pdf684138https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/3dfbb0c3-cd23-4be4-b82f-dcab7f18d4a4/downloadb92cfe91331536e1bcb863e021e3531bMD57Carta de autorización.pdfCarta de autorización.pdfapplication/pdf382950https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/724569b9-607a-4df7-9f37-40c7b6e650d3/downloada52e996d32649bc4b296a68c6996dd34MD58LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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