Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica

La lipasa B de Candida antarctica cataliza la O-acilación del (R,S) -propranolol usando tolueno como solvente. Esta lipasa muestra enantioselectividad moderada (E = 61-63) y quimioselectividad exclusiva que favorece la formación más rápida de R-O-acetil-propranolol. La reacción implica dos pasos. El...

Full description

Autores:
Barrera Valderrama, Daniel Iván
Tipo de recurso:
http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
Fecha de publicación:
2020
Institución:
Universidad Industrial de Santander
Repositorio:
Repositorio UIS
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/40827
Acceso en línea:
https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/40827
https://noesis.uis.edu.co
Palabra clave:
Entropía
Efectos de la temperatura finita
Enantioselectividad
Umbrella sampling
Entropy
Finite-temperature effects
Enantioselectivity
Umbrella sampling
Rights
License
Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
id UISANTADR2_3ebd3f92cd54a74751013ee1ddc3896f
oai_identifier_str oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/40827
network_acronym_str UISANTADR2
network_name_str Repositorio UIS
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica
dc.title.english.none.fl_str_mv Role of entropy in the enantioselectivity of acylation of propranolol catalyzed by lipase B of Candida antarctica
title Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica
spellingShingle Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica
Entropía
Efectos de la temperatura finita
Enantioselectividad
Umbrella sampling
Entropy
Finite-temperature effects
Enantioselectivity
Umbrella sampling
title_short Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica
title_full Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica
title_fullStr Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica
title_full_unstemmed Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica
title_sort Rol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárctica
dc.creator.fl_str_mv Barrera Valderrama, Daniel Iván
dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv Daza Espinosa, Martha Cecilia
Oliver Doerr, Markus Hans
dc.contributor.author.none.fl_str_mv Barrera Valderrama, Daniel Iván
dc.subject.none.fl_str_mv Entropía
Efectos de la temperatura finita
Enantioselectividad
Umbrella sampling
topic Entropía
Efectos de la temperatura finita
Enantioselectividad
Umbrella sampling
Entropy
Finite-temperature effects
Enantioselectivity
Umbrella sampling
dc.subject.keyword.none.fl_str_mv Entropy
Finite-temperature effects
Enantioselectivity
Umbrella sampling
description La lipasa B de Candida antarctica cataliza la O-acilación del (R,S) -propranolol usando tolueno como solvente. Esta lipasa muestra enantioselectividad moderada (E = 61-63) y quimioselectividad exclusiva que favorece la formación más rápida de R-O-acetil-propranolol. La reacción implica dos pasos. El primer paso conduce a la formación de una acil-enzima reactiva (acilación). El segundo paso (desacilación) conduce a la formación de (R,S) -acil-propranolol. La quimio y enantioselectividad se origina en el paso de desacilación. La comprensión de la enantioselectividad experimental se ha centrado en el paso de desacilación mediante protocolos combinados de acoplamiento y dinámica molecular. Los resultados mostraron que se favorece la transformación de (R)-propranolol. En esta tesis se estudió el papel de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por la lipasa B de Candida antarctica mediante un enfoque computacional. El espacio de configuración se analizó a lo largo de la reacción de desacilación (MCC → TI → EPC) utilizando métodos QM / MM y QM / MM-MD, incluyendo el enfoque de Conformación de Ataque Cercano (NAC). Los NAC es un subgrupo de los MCC que se asemejan al estado de transición. Los resultados muestran que el enfoque de NAC es una herramienta para comprender el espacio de configuración durante la conversión de MCC a TI; sin embargo, no permiten concluir sobre la enantioselectividad de la reacción en este caso. Los valores de la barrera de energía libre oscilan entre 9,7 y 13,4 kcal / mol para el (R) -propranolol y entre 9,3 y 14,9 kcal / mol para (S) -propranolol y confirma que el intermediario tetraédrico no es una buena representación de los estados de transición. La superposición del potencial de fuerza media (PMF) y la superficie de energía potencial (PES) dio información sobre el efecto de temperatura finita (f.t.e = PMF - PES). El papel de la entropía en la O-acilación del propranolol catalizado por CalB es aumentar la energía de la TI-2. Finalmente, los resultados computacionales obtenidos aquí contribuyen a una mejor comprensión del papel de la entropía en la enantioselectividad de la acilación de propranolol catalizada por la lipasa B de Candida antarctica.
publishDate 2020
dc.date.available.none.fl_str_mv 2020
2024-03-04T00:55:23Z
dc.date.created.none.fl_str_mv 2020
dc.date.issued.none.fl_str_mv 2020
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv 2024-03-04T00:55:23Z
dc.type.local.none.fl_str_mv Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Doctorado
dc.type.hasversion.none.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_db06
dc.type.coar.none.fl_str_mv http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
format http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/40827
dc.identifier.instname.none.fl_str_mv Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame.none.fl_str_mv Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl.none.fl_str_mv https://noesis.uis.edu.co
url https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/40827
https://noesis.uis.edu.co
identifier_str_mv Universidad Industrial de Santander
dc.language.iso.none.fl_str_mv spa
language spa
dc.rights.none.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.license.none.fl_str_mv Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.uri.none.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.rights.creativecommons.none.fl_str_mv Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
rights_invalid_str_mv Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.format.mimetype.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty.none.fl_str_mv Facultad de Ciencias
dc.publisher.program.none.fl_str_mv Doctorado en Química
dc.publisher.school.none.fl_str_mv Escuela de Química
publisher.none.fl_str_mv Universidad Industrial de Santander
institution Universidad Industrial de Santander
bitstream.url.fl_str_mv https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/5adccad3-e5e2-4a82-a23d-5ff5f401fc2b/download
https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/75c1deb7-8c3b-4b45-810c-bfd60004a577/download
https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/a1152b81-5501-4af7-b8d0-eaa75f41537a/download
bitstream.checksum.fl_str_mv bba570dd410c68779476b6ec9a7f6f72
44d8a8ab1d69b84853790b954fdd3b25
3529109757dd56594fb5b3582b277aef
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv DSpace at UIS
repository.mail.fl_str_mv noesis@uis.edu.co
_version_ 1814095236485349376
spelling Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Daza Espinosa, Martha CeciliaOliver Doerr, Markus HansBarrera Valderrama, Daniel Iván2024-03-04T00:55:23Z20202024-03-04T00:55:23Z20202020https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/40827Universidad Industrial de SantanderUniversidad Industrial de Santanderhttps://noesis.uis.edu.coLa lipasa B de Candida antarctica cataliza la O-acilación del (R,S) -propranolol usando tolueno como solvente. Esta lipasa muestra enantioselectividad moderada (E = 61-63) y quimioselectividad exclusiva que favorece la formación más rápida de R-O-acetil-propranolol. La reacción implica dos pasos. El primer paso conduce a la formación de una acil-enzima reactiva (acilación). El segundo paso (desacilación) conduce a la formación de (R,S) -acil-propranolol. La quimio y enantioselectividad se origina en el paso de desacilación. La comprensión de la enantioselectividad experimental se ha centrado en el paso de desacilación mediante protocolos combinados de acoplamiento y dinámica molecular. Los resultados mostraron que se favorece la transformación de (R)-propranolol. En esta tesis se estudió el papel de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por la lipasa B de Candida antarctica mediante un enfoque computacional. El espacio de configuración se analizó a lo largo de la reacción de desacilación (MCC → TI → EPC) utilizando métodos QM / MM y QM / MM-MD, incluyendo el enfoque de Conformación de Ataque Cercano (NAC). Los NAC es un subgrupo de los MCC que se asemejan al estado de transición. Los resultados muestran que el enfoque de NAC es una herramienta para comprender el espacio de configuración durante la conversión de MCC a TI; sin embargo, no permiten concluir sobre la enantioselectividad de la reacción en este caso. Los valores de la barrera de energía libre oscilan entre 9,7 y 13,4 kcal / mol para el (R) -propranolol y entre 9,3 y 14,9 kcal / mol para (S) -propranolol y confirma que el intermediario tetraédrico no es una buena representación de los estados de transición. La superposición del potencial de fuerza media (PMF) y la superficie de energía potencial (PES) dio información sobre el efecto de temperatura finita (f.t.e = PMF - PES). El papel de la entropía en la O-acilación del propranolol catalizado por CalB es aumentar la energía de la TI-2. Finalmente, los resultados computacionales obtenidos aquí contribuyen a una mejor comprensión del papel de la entropía en la enantioselectividad de la acilación de propranolol catalizada por la lipasa B de Candida antarctica.DoctoradoDoctor en QuímicaCandida antarctica Lipase B catalyzes the O-acylation of the (R,S)-propranolol using toluene as solvent. This lipase displays moderate enantioselectivity (E = 61-63) and exclusive chemoselectivity favoring the faster formation of R-O-acetyl-propranolol. The reaction involves two steps. The first step leads to the formation of a reactive acyl-enzyme (acylation). The second step (deacylation) leads to the formation of (R,S)-acyl-propranolol. The chemo- and enantioselectivity originates from the deacylation step. The rationalization of the experimental enantioselectivity has been focused on the deacylation step by combined docking and molecular dynamics protocols. Additionally, the energetic barriers for the O-acetylation of (R)- and (S)- propranolol were calculated using the Quantum Mechanics/Molecular Mechanics (QM/MM) approach. The results showed that the transformation of R-propranolol is favored. In this dissertation, the role of the entropy in the enantioselectivity of the acylation of propranolol catalyzed by lipase B of Candida antarctica was studied through a computational approach. The configurational space was analyzed throughout all deacylation step of the reaction (MCC→TI→EPC) using several QM/MM and QM/MM-MD methods, including the Near Attack Conformation (NAC) approach. NACs are a subgroup of the Michaelis complexes MCCs which closely resembles the transition state. Besides, the effect of the modification of the initial velocities of QM / MM-MD in enantioselective reactions is reported. The results show that the NAC approach is a tool for understanding the configurational space during the conversion from MCC to TI; nevertheless, no conclusion respect to the enantioselectivity can be drawn here. Free energy calculations show that the values of the free energy barrier ranged from 9,7 to 13,4 kcal/mol for (R)-propranolol and between 9,3 to 14,9 kcal/mol for (S)-propranolol. The free energy barriers confirm that the TI is not a good representation of the transition states, in contrast to what is commonly suggested for lipase-catalyzed reactions. The entropy was calculated as the difference between free energy profile (PMF) and minimal energy pathway calculated by QM/MM relaxed scans (PES). The superposition of PMF and PES gave us information about the finite-temperature effect (f.t.e =PMF – PES). The role of the entropy in the O-acylation of the propranolol catalyzed by CalB is to increase the energy of the TI-2. In general, the effect of the entropy can reach values of ~8kcal/mol. Finally, the computational results obtained here contribute to a better understanding of the role of entropy in the enantioselectivity of acylation of propranolol catalyzed by lipase B from Candida antarctica.application/pdfspaUniversidad Industrial de SantanderFacultad de CienciasDoctorado en QuímicaEscuela de QuímicaEntropíaEfectos de la temperatura finitaEnantioselectividadUmbrella samplingEntropyFinite-temperature effectsEnantioselectivityUmbrella samplingRol de la entropía en la enantioselectividad de la acilación del propranolol catalizada por lipasa b de cándida antárcticaRole of entropy in the enantioselectivity of acylation of propranolol catalyzed by lipase B of Candida antarcticaTesis/Trabajo de grado - Monografía - Doctoradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcceORIGINALCarta de autorización.pdfapplication/pdf106554https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/5adccad3-e5e2-4a82-a23d-5ff5f401fc2b/downloadbba570dd410c68779476b6ec9a7f6f72MD51Documento.pdfapplication/pdf5621350https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/75c1deb7-8c3b-4b45-810c-bfd60004a577/download44d8a8ab1d69b84853790b954fdd3b25MD52Nota de proyecto.pdfapplication/pdf1382994https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/a1152b81-5501-4af7-b8d0-eaa75f41537a/download3529109757dd56594fb5b3582b277aefMD5320.500.14071/40827oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/408272024-03-03 19:55:24.0http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/open.accesshttps://noesis.uis.edu.coDSpace at UISnoesis@uis.edu.co