Relación evolutiva de los intrones con base en el Modelo de Pérdida de ADN para las familias de neuropéptidos LWamida, APGWamida, Hormona Concentradora de Pigmentos Rojos, Hormona Adipocinética, Corazonina y Hormona Liberadora de Gonadotropina

Los mecanismos celulares que regulan la pérdida y ganancia de intrones son ampliamente estudiados, ya que dan indicios de cómo se generó la diversidad de la vida. Así, diversos modelos evolutivos han planteado el origen de genes y sus posibles causas. Ejemplo de esto, son las hipótesis de intrones o...

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Autores:
Reyes Tarazona, María Alejandra
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2022
Institución:
Universidad Industrial de Santander
Repositorio:
Repositorio UIS
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/12043
Acceso en línea:
https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/12043
https://noesis.uis.edu.co
Palabra clave:
Intrones
Evolución de intrones
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Rights
openAccess
License
Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
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description Los mecanismos celulares que regulan la pérdida y ganancia de intrones son ampliamente estudiados, ya que dan indicios de cómo se generó la diversidad de la vida. Así, diversos modelos evolutivos han planteado el origen de genes y sus posibles causas. Ejemplo de esto, son las hipótesis de intrones o los supuestos formulados para la evolución de la Hormona Adipocinética (AKH), Corazonina (CRZ), Hormona Liberadora de Gonadotropina (GnRH) y precursores híbridos como la Hormona Adipocinética/Corazonina (ACP). Sin embargo, solo el Modelo de Pérdida de ADN (DNA-LM), describe el origen de genes neuroendocrinos a partir de perdida de nucleótidos y movimiento de intrones. Aquí determinamos in silico con los principios del DNA-LM, las posiciones, fases intrónicas y sitios de Proto-empalme (Protosplice) de los genes de las familias de neuropéptidos antes mencionadas junto con la LWamida (LW), APGWamida (APGW), Hormona Concentradora de Pigmentos Rojos (RPCH) y el precursor híbrido APGW/AKH, para establecer sus relaciones filogenéticas por medio de la conservación de intrones ortólogos y su evolución por pérdida y/o ganancia de intrones. Los resultados presentaron un intrón ortólogo en casi todas las secuencias, para la LW se cree que lo perdió en su desarrollo. Por otro lado, se encontró un patrón de distribución de las fases, los intrones fase 1 y 2 se ubican mayormente en el extremo 5’, donde se determinaron nuevos intrones, mientras los de fase 0 que fueron predominantes, se asentaban en el extremo 3’, en el intrón conservado; lo que sugirió que los nuevos intrones no se integran aleatoriamente. Finalmente, se logró establecer la relación ancestral de estas familias neuropéptidicas por medio del intrón ortólogo. Los intrones recientes y los sitios remanentes de proto-empalme en ORF que no poseen intrones, fueron evidencia de la evolución independiente de cada linaje, lo que contribuyó a corroborar el DNA-LM.
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Ejemplo de esto, son las hipótesis de intrones o los supuestos formulados para la evolución de la Hormona Adipocinética (AKH), Corazonina (CRZ), Hormona Liberadora de Gonadotropina (GnRH) y precursores híbridos como la Hormona Adipocinética/Corazonina (ACP). Sin embargo, solo el Modelo de Pérdida de ADN (DNA-LM), describe el origen de genes neuroendocrinos a partir de perdida de nucleótidos y movimiento de intrones. Aquí determinamos in silico con los principios del DNA-LM, las posiciones, fases intrónicas y sitios de Proto-empalme (Protosplice) de los genes de las familias de neuropéptidos antes mencionadas junto con la LWamida (LW), APGWamida (APGW), Hormona Concentradora de Pigmentos Rojos (RPCH) y el precursor híbrido APGW/AKH, para establecer sus relaciones filogenéticas por medio de la conservación de intrones ortólogos y su evolución por pérdida y/o ganancia de intrones. Los resultados presentaron un intrón ortólogo en casi todas las secuencias, para la LW se cree que lo perdió en su desarrollo. Por otro lado, se encontró un patrón de distribución de las fases, los intrones fase 1 y 2 se ubican mayormente en el extremo 5’, donde se determinaron nuevos intrones, mientras los de fase 0 que fueron predominantes, se asentaban en el extremo 3’, en el intrón conservado; lo que sugirió que los nuevos intrones no se integran aleatoriamente. Finalmente, se logró establecer la relación ancestral de estas familias neuropéptidicas por medio del intrón ortólogo. Los intrones recientes y los sitios remanentes de proto-empalme en ORF que no poseen intrones, fueron evidencia de la evolución independiente de cada linaje, lo que contribuyó a corroborar el DNA-LM.PregradoBiólogoThe cellular mechanisms that regulate the loss and gain of introns are widely studied, since they provide clues about how the diversity of life. Thus, various evolutionary models have been proposed on the origin of genes and their possible causes. An example of the above are the different hypotheses of introns or the assumptions made for the evolution of Adipokinetic Hormone (AKH), Corazonin (CRZ), Gonadotropin-Releasing Hormone (GnRH) and hybrid precursors such as Adipokinetic Hormone/Corazonin (ACP). However, only the DNA Loss Model (DNA-LM) describes the origin of neuroendocrine genes from nucleotide loss and intron movement. By in silico analysis with the principles of DNA-LM, we determined the positions, intronic phases and protosplices sites of the genes encoding the neuropeptide families together with LWamide (LW), APGWamide (APGW), Red Pigment Concentrating Hormone (RPCH) and the hybrid precursor APGW/AKH, to establish their phylogenetic relationships through the conservation of orthologous introns and their evolution by loss and/or gain of introns. The results presented an orthologous intron in almost all the sequences, for LW it was considered that it was lost in its development. On the other hand, a distribution pattern of the phases was displayed; phase 1 and 2 introns were located mostly at the 5' end, where new introns were observed. Meanwhile the predominant phase 0 introns were found at the 3’ end in the conserved intron, which suggested that new introns do not integrate randomly. Finally, it is possible to establish the ancestral relationship of these neuropeptide families through the orthologous intron. The recent introns and the remnant sites of proto splicing in ORFs that did not possess introns, was evidence of the independent evolution of each lineage, which contributed to the DNA-LM corroboration.https://orcid.org/0000-0001-9677-3371application/pdfspaUniversidad Industrial de SantanderFacultad de CienciasBiologíaEscuela de BiologíaIntronesEvolución de intronesFase intrónSitios proto-empalmeEvolución de neuropéptidosDNA-LMIntronsIntron EvolutionIntronic PhaseProtosplice SitesNeuropeptide EvolutionDNA-LMRelación evolutiva de los intrones con base en el Modelo de Pérdida de ADN para las familias de neuropéptidos LWamida, APGWamida, Hormona Concentradora de Pigmentos Rojos, Hormona Adipocinética, Corazonina y Hormona Liberadora de GonadotropinaEvolutionary relationship of introns based on the DNA Loss Model for the neuropeptide families LWamide, APGWamide, Red Pigment Concentrating Hormone, Adipokinetic Hormone, Corazonin and Gonadotropin Releasing HormoneTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bccehttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fORIGINALDocumento.pdfDocumento.pdfapplication/pdf441939https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/4737b768-f495-432c-a931-937aed81311c/download6c52485f6ccd3f7797c704e0f3c4e314MD51Carta de autorización.pdfCarta de autorización.pdfapplication/pdf54181https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/988de80a-85ea-49dc-ba5a-22491406a7ef/download222d942c273c4d827d87c3b7721847eaMD52Nota de proyecto.pdfNota de proyecto.pdfapplication/pdf244085https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/e56b7c62-01ea-4476-8fc8-8eea8c5ff1c7/downloadaaaeb9f290ef87c9f266ee63fdc0255aMD53Apendices.rarApendices.rarapplication/octet-stream3969042https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/14864901-4ede-4724-981e-82c1341706b9/downloadd7d24b2ff95ddb4c41ca444a66f4c745MD55LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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