Contribución al protocolo de secuenciación del genoma de sars-cov-2 utilizando la tecnología genómica UIS

Entre los mecanismos de control y prevención de la pandemia ocasionada por la enfermedad infecciosa denominada COVID19, causada por el Betacoronavirus SARSCoV2, se encuentran el estudio del origen del virus, el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad. Todos estos estudios se basan principalmen...

Full description

Autores:
Torres Jiménez, Carolina Sofia
Tipo de recurso:
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Fecha de publicación:
2021
Institución:
Universidad Industrial de Santander
Repositorio:
Repositorio UIS
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OAI Identifier:
oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/41641
Acceso en línea:
https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/41641
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Palabra clave:
Secuenciación genómica
SARSCoV2
Genómica UIS
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Rights
License
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description Entre los mecanismos de control y prevención de la pandemia ocasionada por la enfermedad infecciosa denominada COVID19, causada por el Betacoronavirus SARSCoV2, se encuentran el estudio del origen del virus, el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad. Todos estos estudios se basan principalmente en el análisis del genoma viral, por lo que a nivel mundial se incentivó el desarrollo de tecnologías capaces de secuenciar el genoma completo de SARSCoV2, con el fin de mejorar los sistemas de diagnóstico y entender la naturaleza del virus. Por este motivo, en este trabajo se analizaron las características nucleotídicas de SARSCoV2, a partir de consensos mensuales generados de las secuencias del virus reportadas en la plataforma GISAID entre enero y octubre del año 2020. En función de estas, se diseñaron cebadores fundamentados en los criterios de la tecnología genómica UIS, que contribuyeron eficazmente en las reacciones de síntesis de ADNc. Además, se propone un protocolo con las concentraciones y condiciones de reacción para la síntesis de ADNc y un protocolo de secuenciación para el genoma completo de SARSCoV2, ambos con la inclusión de las mezclas COLUIS y COLUISdNTPs. Estas, junto con los cebadores diseñados, potenciaron la obtención del ADNc del virus SARSCoV2 demostrando su capacidad de aplicación en genomas virales ricos en AT. Finalmente, se concluye que la secuenciación del genoma completo del virus SARSCoV2 es posible al aplicar los principios de la tecnología genómica UIS, por lo tanto, al incluirla para el diseño de los cebadores, la síntesis de ADNc y en el protocolo de secuenciación propuesto, se favorece el proceso de secuenciación de genomas ricos en AT con la tecnología Ion Torrent.
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Todos estos estudios se basan principalmente en el análisis del genoma viral, por lo que a nivel mundial se incentivó el desarrollo de tecnologías capaces de secuenciar el genoma completo de SARSCoV2, con el fin de mejorar los sistemas de diagnóstico y entender la naturaleza del virus. Por este motivo, en este trabajo se analizaron las características nucleotídicas de SARSCoV2, a partir de consensos mensuales generados de las secuencias del virus reportadas en la plataforma GISAID entre enero y octubre del año 2020. En función de estas, se diseñaron cebadores fundamentados en los criterios de la tecnología genómica UIS, que contribuyeron eficazmente en las reacciones de síntesis de ADNc. Además, se propone un protocolo con las concentraciones y condiciones de reacción para la síntesis de ADNc y un protocolo de secuenciación para el genoma completo de SARSCoV2, ambos con la inclusión de las mezclas COLUIS y COLUISdNTPs. Estas, junto con los cebadores diseñados, potenciaron la obtención del ADNc del virus SARSCoV2 demostrando su capacidad de aplicación en genomas virales ricos en AT. Finalmente, se concluye que la secuenciación del genoma completo del virus SARSCoV2 es posible al aplicar los principios de la tecnología genómica UIS, por lo tanto, al incluirla para el diseño de los cebadores, la síntesis de ADNc y en el protocolo de secuenciación propuesto, se favorece el proceso de secuenciación de genomas ricos en AT con la tecnología Ion Torrent.PregradoBiólogoAmong the control and prevention mechanisms of the pandemic caused by the infectious disease termed COVID19, caused by Betacoronavirus SARSCoV2, are the study of the origin of the virus, the diagnosis and treatment of the disease. All these studies are mainly based on the analysis of the viral genome, for this reason the development of technologies capable of sequencing the complete SARSCoV2 genome was encouraged worldwide, in order to improve diagnostic systems and understand the nature of the virus. For this reason, in this work the nucleotide characteristics of SARSCoV2 were analyzed, based on monthly consensus generated from the virus sequences reported on the GISAID platform between January and October 2020. Based on these, primers were designed according to UIS genomic technology, which effectively contributed to cDNA synthesis reactions. In addition, a protocol is proposed with the concentrations and reaction conditions for the synthesis of cDNA and a sequencing protocol for the complete SARSCoV2 genome, both with the inclusion of the COLUIS and COLUISdNTPs mixtures. These, along with the designed primers, enhanced the obtaining of the SARSCoV2 virus cDNA, demonstrating its applicability in ATrich viral genomes. Finally, it is concluded that the sequencing of the complete genome of the SARSCoV2 virus is possible by applying the principles of UIS genomic technology, therefore, by including it for the design of the primers, the synthesis of cDNA and in the proposed sequencing protocol, the process of sequencing ATrich genomes with Ion Torrent technology is favored.application/pdfspaUniversidad Industrial de SantanderFacultad de CienciasBiologíaEscuela de BiologíaSecuenciación genómicaSARSCoV2Genómica UISCOVID19ADNc.Genomic sequencingSARSCoV2UIS genomicsCOVID19CDNA.Contribución al protocolo de secuenciación del genoma de sars-cov-2 utilizando la tecnología genómica UISContribution to the SARSCoV2 genome sequencing protocol using UIS genomic technology *Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcceORIGINALCarta de autorización.pdfapplication/pdf70268https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/4e4f81ca-807d-4693-a8bc-73be6e9138e8/download53d0ac515fc09fc54b31f5024c4b89c9MD51Documento.pdfapplication/pdf568956https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/c61b893f-a3c3-46e0-a66f-5c6ede21644b/download0c757ae2ca8dfdf1c1ad6c138a063bf2MD52Nota de proyecto.pdfapplication/pdf166709https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/ccda1c57-f8de-46e4-b1b2-3a1c3589e257/download6302fe9ee20ca94507f92b3a3a3d0f59MD5320.500.14071/41641oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/416412024-03-03 20:18:39.495http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/open.accesshttps://noesis.uis.edu.coDSpace at UISnoesis@uis.edu.co