Diseño de cebadores y amplificación por PCR de los genes mitocondriales COI y Cyt b en Potamotrygon magdalenae (Duméril, 1865) a partir del modelo de pérdida de ADN
Los miembros de la familia Potamotrygonidae son los únicos dentro del grupo de los Elasmobranquios que se encuentran restringidos a ambientes dulceacuícolas y su distribución es exclusiva de Sudamérica. Comprenden 34 especies y para Colombia han sido reportadas 11 dentro de las que se destaca Potamo...
- Autores:
-
López Ardila, Iván Yesid
- Tipo de recurso:
- http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad Industrial de Santander
- Repositorio:
- Repositorio UIS
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/12709
- Palabra clave:
- Especie endémica
Pérdida de ADN
Potamotrygon magdalenae
Endemic Specie
DNA Loss
Potamotrygon magdalenae
- Rights
- embargoedAccess
- License
- Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
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Primer Design and Amplification by PCR of the Mitocondrial Genes COI and Cyt b in Potamotrygon magdalenae (Duméril, 1865) from the Model of DNA Loss |
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Los miembros de la familia Potamotrygonidae son los únicos dentro del grupo de los Elasmobranquios que se encuentran restringidos a ambientes dulceacuícolas y su distribución es exclusiva de Sudamérica. Comprenden 34 especies y para Colombia han sido reportadas 11 dentro de las que se destaca Potamotrygon magdalenae como el único representante de estos peces dulceacuícolas endémico para el país. De esta especie se cuenta con estudios que componen diversas áreas de su biología. No obstante, existe un vacío de información en áreas relacionadas con su genética molecular. Con el objetivo de proporcionar herramientas que permitan ampliar el conocimiento en diversas áreas tales como sistemática y genética poblacional, entre otras, se diseñaron cebadores para los genes mitocondriales COI y Cyt b siguiendo lo propuesto por el modelo de pérdida de ADN. Para esto se realizaron alineamientos siguiendo los parámetros: Gap open penalty (5), Gap extension penalti (0.2) y Terminal gap penalties (0.1), con los cuales se identificaron regiones conservadas en la superfamília Dayastoidea a objeto de determinar regiones que potencialmente sirvan como cebadores. Se diseñaron nueve secuencias de las cuales fwRyWFECOI531-75, R3RyWFECOI1432-56, f1RyWFECytb182-205 y RwRyWFECytb932-54 sirvieron en la obtención de amplicones de los genes COI y Cyt b de P. magdalenae, respectivamente, con los que se generaron secuencias >99% de similitud cuando fueron comparadas con las disponibles en las bases de datos para los genes indicados. Estos cebadores pueden proporcionar una herramienta útil al momento de profundizar en áreas que impliquen el análisis genético molecular de esta especie de raya de agua dulce endémica de Colombia. |
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De esta especie se cuenta con estudios que componen diversas áreas de su biología. No obstante, existe un vacío de información en áreas relacionadas con su genética molecular. Con el objetivo de proporcionar herramientas que permitan ampliar el conocimiento en diversas áreas tales como sistemática y genética poblacional, entre otras, se diseñaron cebadores para los genes mitocondriales COI y Cyt b siguiendo lo propuesto por el modelo de pérdida de ADN. Para esto se realizaron alineamientos siguiendo los parámetros: Gap open penalty (5), Gap extension penalti (0.2) y Terminal gap penalties (0.1), con los cuales se identificaron regiones conservadas en la superfamília Dayastoidea a objeto de determinar regiones que potencialmente sirvan como cebadores. Se diseñaron nueve secuencias de las cuales fwRyWFECOI531-75, R3RyWFECOI1432-56, f1RyWFECytb182-205 y RwRyWFECytb932-54 sirvieron en la obtención de amplicones de los genes COI y Cyt b de P. magdalenae, respectivamente, con los que se generaron secuencias >99% de similitud cuando fueron comparadas con las disponibles en las bases de datos para los genes indicados. Estos cebadores pueden proporcionar una herramienta útil al momento de profundizar en áreas que impliquen el análisis genético molecular de esta especie de raya de agua dulce endémica de Colombia.PregradoBiólogoThe members of the family Potamotrygonidae are the only ones within the group of Elasmobranchs that are restricted to freshwater environments and their distribution is exclusive to South America. They comprise 34 species and for Colombia 11 have been reported, among which stands out Potamotrygon magdalenae as the only representative of these freshwater fish endemic to the country. Of this specie has studies that make up various areas of its biology. However, there is a lack of information in areas related to its molecular genetics. With the aim of providing tools to broaden knowledge in diverse areas such as systematics and population genetics, among others, primers were designed for the mitochondrial genes COI and Cyt b following the proposal of the model DNA loss. For this, alignments were made following the parameters: Gap open penalty (5), Gap extension penalty (0.2) and Terminal gap penalties (0.1), with which regions conserved in the superfamily Dayastoidea were identified in order to determine regions that could potentially serve as primers Nine sequences were designed, of which fwRyWFECOI531-75, R3RyWFECOI1432-56, f1RyWFECytb182-205 and RwRyWFECytb932-54 were used to obtain amplicons of the genes COI and Cyt b of P. magdalenae, respectively, with which were generated sequences >99% similarity when compared to those available in the databases for the indicated genes. These primers can provide a useful tool to deepening in areas that involve the molecular genetic analysis of this species of stingrat freshwater endemic to Colombia.application/pdfspaUniversidad Industrial de SantanderFacultad de CienciasBiologíaEscuela de BiologíaEspecie endémicaPérdida de ADNPotamotrygon magdalenaeEndemic SpecieDNA LossPotamotrygon magdalenaeDiseño de cebadores y amplificación por PCR de los genes mitocondriales COI y Cyt b en Potamotrygon magdalenae (Duméril, 1865) a partir del modelo de pérdida de ADNPrimer Design and Amplification by PCR of the Mitocondrial Genes COI and Cyt b in Potamotrygon magdalenae (Duméril, 1865) from the Model of DNA LossTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcceORIGINALCarta de autorización.pdfapplication/pdf211545https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/d4b08e10-e67b-445e-a56c-ed20ba694a01/download0496919ebe4cd2c04e22e44b0124ed53MD51Documento.pdfapplication/pdf1576673https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/76252aac-8231-4de2-8202-72c9d6a2c76f/download091759c22f03df541aaed14827c838e6MD52Nota de proyecto.pdfapplication/pdf190912https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/4b8a99a6-50ac-489c-9e9d-530ccab0251d/download9363ab861534b983e566c9b045c2e6faMD5320.500.14071/12709oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/127092023-10-26 09:23:49.965http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessembargohttps://noesis.uis.edu.coDSpace at UISnoesis@uis.edu.co |