Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia

Euphonia laniirostris es una especie de ave de amplia distribución y menor preocupación según la IUCN, con diferentes estudios relacionados con su biología, pero ninguno con su diversidad genética y por ende con su conservación; motivada, por lo general, por el descenso en el tamaño poblacional. Poc...

Full description

Autores:
Garcia Barrios, Bianeth
Tipo de recurso:
http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
Fecha de publicación:
2018
Institución:
Universidad Industrial de Santander
Repositorio:
Repositorio UIS
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/37897
Acceso en línea:
https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/37897
https://noesis.uis.edu.co
Palabra clave:
Diversidad Genética
Adnmt
Haplotipos.
Genetic Diversity
Mtdna
Haplotypes.
Rights
License
Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
id UISANTADR2_0ebc3fca1879304a42b04f2b2bee7ef7
oai_identifier_str oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/37897
network_acronym_str UISANTADR2
network_name_str Repositorio UIS
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia
dc.title.english.none.fl_str_mv Analysis of genetic diversity from sequences of the gene nd2 of euphonia laniirostris in three locations in santander, colombia*
title Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia
spellingShingle Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia
Diversidad Genética
Adnmt
Haplotipos.
Genetic Diversity
Mtdna
Haplotypes.
title_short Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia
title_full Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia
title_fullStr Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia
title_full_unstemmed Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia
title_sort Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, Colombia
dc.creator.fl_str_mv Garcia Barrios, Bianeth
dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv Rondon Gonzalez, Fernando
dc.contributor.author.none.fl_str_mv Garcia Barrios, Bianeth
dc.subject.none.fl_str_mv Diversidad Genética
Adnmt
Haplotipos.
topic Diversidad Genética
Adnmt
Haplotipos.
Genetic Diversity
Mtdna
Haplotypes.
dc.subject.keyword.none.fl_str_mv Genetic Diversity
Mtdna
Haplotypes.
description Euphonia laniirostris es una especie de ave de amplia distribución y menor preocupación según la IUCN, con diferentes estudios relacionados con su biología, pero ninguno con su diversidad genética y por ende con su conservación; motivada, por lo general, por el descenso en el tamaño poblacional. Pocos estudios se centran en especies cosmopolitas, desconociendo sus dinámicas poblacionales y grado de amenaza, los cuales a futuro pueden ser importantes en la implementación de programas de conservación que involucren estas especies. Con base en lo anterior, el objetivo del presente trabajo fue estimar la diversidad y el grado de estructura genética de E. laniirostris a partir del uso de secuencias del gen ND2 del ADNmt. Para esto se amplificó y secuenció el gen ND2 en 39 muestras de E. laniirostris recolectadas en tres localidades del departamento de Santander, Colombia. Las secuencias fueron editadas con BioEdit v.7.0.5 (1999) y ensambladas en Mega v.7.0. (2016). Distintos parámetros genéticos poblacionales y de estructura genética fueron estimados con Arlequin v.3.5 (2010). Producto de esta investigación se caracterizaron 36 haplotipos en E. laniirostris entre las posiciones 17 a 964 del gen ND2, entre las que se encontraron 21,4% de sitios polimórficos. San Benito presentó mayor número de haplotipos (15), La Hacienda el Roble mayor diversidad nucleotídica 236) y menor flujo génico (Nm=26,295 Roble-Diviso y Nm=13,180 Roble-San Benito). Adicionalmente, se encontró poca diferenciación genética pero altamente significativa entre las localidades consideradas (=0,02909, p=0,00587), 9/947 sitios polimórficos estarían contribuyendo a la poca diferenciación. A partir de las secuencias ND2 analizadas en E. laniirostris se concluye que esta especie de jilguero constituye una metapoblación, con ligera diferenciación genética en las localidades estudiadas, debido a la falta de haplotipos compartidos, distintos sitios privados y nueve sitios polimórficos que aportan a la misma. Además, el presente estudio brinda evidencia que soporta la importancia de conservar los bosques asociados a cafetales de la Hacienda El Roble, dado que en estos se detectó el mayor número de haplotipos distintivos de esta especie de jilguero aparentemente cosmopolita.
publishDate 2018
dc.date.available.none.fl_str_mv 2018
2024-03-03T23:57:39Z
dc.date.created.none.fl_str_mv 2018
dc.date.issued.none.fl_str_mv 2018
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv 2024-03-03T23:57:39Z
dc.type.local.none.fl_str_mv Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado
dc.type.hasversion.none.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.coar.none.fl_str_mv http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
format http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/37897
dc.identifier.instname.none.fl_str_mv Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.reponame.none.fl_str_mv Universidad Industrial de Santander
dc.identifier.repourl.none.fl_str_mv https://noesis.uis.edu.co
url https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/37897
https://noesis.uis.edu.co
identifier_str_mv Universidad Industrial de Santander
dc.language.iso.none.fl_str_mv spa
language spa
dc.rights.none.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.license.none.fl_str_mv Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
dc.rights.uri.none.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
dc.rights.creativecommons.none.fl_str_mv Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
rights_invalid_str_mv Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.format.mimetype.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidad Industrial de Santander
dc.publisher.faculty.none.fl_str_mv Facultad de Ciencias
dc.publisher.program.none.fl_str_mv Biología
dc.publisher.school.none.fl_str_mv Escuela de Biología
publisher.none.fl_str_mv Universidad Industrial de Santander
institution Universidad Industrial de Santander
bitstream.url.fl_str_mv https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/a0fd8236-ad25-4d30-b1c5-28e305f5c24a/download
https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/0cd8e4ff-a126-4284-954e-6a34826347ef/download
https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/13c54b6c-f4d1-4a21-a93c-5ce870c9f91d/download
bitstream.checksum.fl_str_mv be08d30a891e80664bde25704962f757
eb403a3445d4066146d506fd22566f9e
c62a9d62c2ef660e68f1c1b8e560a3ab
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv DSpace at UIS
repository.mail.fl_str_mv noesis@uis.edu.co
_version_ 1814095206058819584
spelling Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0)http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Rondon Gonzalez, FernandoGarcia Barrios, Bianeth2024-03-03T23:57:39Z20182024-03-03T23:57:39Z20182018https://noesis.uis.edu.co/handle/20.500.14071/37897Universidad Industrial de SantanderUniversidad Industrial de Santanderhttps://noesis.uis.edu.coEuphonia laniirostris es una especie de ave de amplia distribución y menor preocupación según la IUCN, con diferentes estudios relacionados con su biología, pero ninguno con su diversidad genética y por ende con su conservación; motivada, por lo general, por el descenso en el tamaño poblacional. Pocos estudios se centran en especies cosmopolitas, desconociendo sus dinámicas poblacionales y grado de amenaza, los cuales a futuro pueden ser importantes en la implementación de programas de conservación que involucren estas especies. Con base en lo anterior, el objetivo del presente trabajo fue estimar la diversidad y el grado de estructura genética de E. laniirostris a partir del uso de secuencias del gen ND2 del ADNmt. Para esto se amplificó y secuenció el gen ND2 en 39 muestras de E. laniirostris recolectadas en tres localidades del departamento de Santander, Colombia. Las secuencias fueron editadas con BioEdit v.7.0.5 (1999) y ensambladas en Mega v.7.0. (2016). Distintos parámetros genéticos poblacionales y de estructura genética fueron estimados con Arlequin v.3.5 (2010). Producto de esta investigación se caracterizaron 36 haplotipos en E. laniirostris entre las posiciones 17 a 964 del gen ND2, entre las que se encontraron 21,4% de sitios polimórficos. San Benito presentó mayor número de haplotipos (15), La Hacienda el Roble mayor diversidad nucleotídica 236) y menor flujo génico (Nm=26,295 Roble-Diviso y Nm=13,180 Roble-San Benito). Adicionalmente, se encontró poca diferenciación genética pero altamente significativa entre las localidades consideradas (=0,02909, p=0,00587), 9/947 sitios polimórficos estarían contribuyendo a la poca diferenciación. A partir de las secuencias ND2 analizadas en E. laniirostris se concluye que esta especie de jilguero constituye una metapoblación, con ligera diferenciación genética en las localidades estudiadas, debido a la falta de haplotipos compartidos, distintos sitios privados y nueve sitios polimórficos que aportan a la misma. Además, el presente estudio brinda evidencia que soporta la importancia de conservar los bosques asociados a cafetales de la Hacienda El Roble, dado que en estos se detectó el mayor número de haplotipos distintivos de esta especie de jilguero aparentemente cosmopolita.PregradoBiólogoEuphonia laniirostris is a species of bird of wide distribution and less concern according to the IUCN, has different studies of its biology, but none of genetic diversity. Few studies focus on cosmopolitan species, ignoring their population dynamics and degree of threat, which in the future may be important in the implementation of conservation programs involving these species. On that basis, the objective consisted in estimating the diversity and the degree of genetic structure of E. Laniirostris from sequences present in MtDNA. For this amplified and sequenced the gene ND2 in 39 samples collected in three locations in the Department of Santander, Colombia. The sequences were edited with BioEdit v. 7.0.5 and assembled in Mega v. 7.0. Different population genetic parameters and genetic structure were estimated with Arlequin v. 3.5. 36 haplotypes were typified between the positions 17 to 964 of the ND2 gene, detecting 21.4% of polymorphic sites among them. San Benito presented a greater number of haplotypes (15), while the Hacienda El Roble greater diversity nucleotide ( = 0,0236) and lower gene flow (Nm=26,295 Roble-Diviso y Nm=13,180 Roble-San Benito). In addition, little genetic differentiation was found but highly significant among the locations considered ( = 0,02909, p = 0,00587), where 9 polymorphic sites would be contributing to this differentiation. From the sequences ND2 analyzed in E. laniirostris concludes that this goldfinch species constitutes a metapopulation, with light genetic differentiation in the studied localities, due to the absence of shared haplotipos, different private places and nine polymorphic sites that contribute the same one. In addition, the present study provides evidence that supports the importance of preserving the forests associated with coffee plantation of the Hacienda El Roble, since this locality detected the largest number of distinctive haplotypes of this species of goldfinch apparently cosmopolitan.application/pdfspaUniversidad Industrial de SantanderFacultad de CienciasBiologíaEscuela de BiologíaDiversidad GenéticaAdnmtHaplotipos.Genetic DiversityMtdnaHaplotypes.Análisis de la diversidad genética a partir de secuencias del gen ND2 de euphonia laniirostris en tres localidades de Santander, ColombiaAnalysis of genetic diversity from sequences of the gene nd2 of euphonia laniirostris in three locations in santander, colombia*Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcceORIGINALCarta de autorización.pdfapplication/pdf86080https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/a0fd8236-ad25-4d30-b1c5-28e305f5c24a/downloadbe08d30a891e80664bde25704962f757MD51Documento.pdfapplication/pdf1293737https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/0cd8e4ff-a126-4284-954e-6a34826347ef/downloadeb403a3445d4066146d506fd22566f9eMD52Nota de proyecto.pdfapplication/pdf66191https://noesis.uis.edu.co/bitstreams/13c54b6c-f4d1-4a21-a93c-5ce870c9f91d/downloadc62a9d62c2ef660e68f1c1b8e560a3abMD5320.500.14071/37897oai:noesis.uis.edu.co:20.500.14071/378972024-03-03 18:57:39.795http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/open.accesshttps://noesis.uis.edu.coDSpace at UISnoesis@uis.edu.co