Panorama de los transcriptomas de cannabis sativa por medio de métodos bioinformáticos

La Cannabis sativa ha sido utilizada como fuente de fibra, aceite y es obteniendo una gran importancia médica para tratamiento de algunas enfermedades y síntomas como nauseas, ansiedad, analgésico, anorexia, trastornos gastrointestinales, convulsiones, Parkinson, migraña etc. Estos compuestos se encuentran en los cannabinoides como el THC y el CBD. El estudio de datos genómicos del cannabis ha sido entorpecido por leyes federales de los Estados Unidos con la Marihuana Tax Act del año 1937 criminalizando la posesión o transferencia de cannabis. En 1953 Francis Crick y James Watson realizaron un gran avance para la biología molecular, El descubrimiento de la doble hélice del ADN. Esto genero estudios sobre la caracterización y función de los genes en tejidos y expresión de proteínas como también en estudios filogenéticos e historia evolutiva de un organismo. La Cannabis sativa es una de las plantas domesticas con menores estudios y desarrollos genómicos a comparación del arroz, el trigo y la soya. Por el interés en sus propiedades psicoactivas. El cultivo selectivo de esta ha producido plantas de cannabis para usos específicos, incluyendo cepas de marihuana y cultivos de cáñamo de alta potencia para la producción de semillas y fibras. Se realizó una minería de data sets para descargar el genoma de referencia de la Cannabis sativa, acudiendo a las bases de datos públicas del FTP de NCBI para el genoma de referencia de cannabis. Para los genomas de cannabis como Cannatonic, LA Confidential, Chemdawg 91, Purple Kush, Pineaple Banana Buba Kush se recurrió al SRA de NCBI y para la variedad de Finola se recurrió a la base de datos The Cannabis Genome Browser del grupo the Open Cannabis Proyect. Se realizo un control de calidad del genoma de referencia de Cannabis sativa y luego se realizó un filtrado de las lecturas, para eliminar posibles, adaptadores que se generan en la secuenciacion de las lecturas, El mapeo que se realizó de estos genomas con la secuenciación de referencia, mostro que la variedad Chemdawg91 presenta un porcentaje mayor de mapeo comparado con los otros genomas. Definiendo así nuestro genoma de referencia. Luego se realizó un ensamble de los transcritos de cada muestra contra el genoma de Chemdawg91 con cufflinks del cual saldrán transcriptomas finales en un archivo merged.gft los cuales fueron cuantificados para poder calcular la expresión de cada transcrito construido. Se identificaron los RNAs codificantes y lncRNAs, en el transcriptoma, el cual evidencio una menos dispersión de lncRNAs en los cuales se puede realizar un énfasis para realizar estudios sobre ellos. Se realizó una identificación de la co-expresión de RNAs codificantes y lncRNAs mostrando una relación con genes involucrados en la ruta de la Biosíntesis de Cannabinoides. Este trabajo de investigación permite el estudio y análisis funcional del genoma de Cannabis sativa y poder realizar posteriores avances investigativos en el área terapéutica y medicinal, ya que la expresión relativa, debido a las distintas funciones metabólicas, la síntesis de las rutas metabólicas en los transcritos de Cannabis sativa es diferente. Debido a la diferenciación celular de tejidos

• Tipo de recurso: Trabajo de grado de pregrado
• Fecha de publicación: 2017
• Institución: Universidad Distrital Francisco José de Caldas
• Repositorio: RIUD: repositorio U. Distrital
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repository.udistrital.edu.co:11349/6589
• Acceso en línea: http://hdl.handle.net/11349/6589
• Palabra clave: Transcriptomas; RNA no codificante; Cannabis; Datasets; Licenciatura en Biología - Tesis y disertaciones académicas; Cannabis - Genética; Genomas de plantas; Minería de datos; Transcriptomes; Non-coding RNA; Cannabis; Datasets
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