Evaluación e identificación de nuevos inhibidores de la proteína MDM2 con su complejo P53 basado en docking molecular
La siguiente investigación tuvo como objetivo identificar y optimizar compuestos candidatos en la inhibición de la proteína MDM2 y el complejo que forma con p53, esto debido a que la proteína MDM2 es un regulador negativo de la p53 en la cual se unen moléculas de ubiquitina a la proteína (p53) para...
- Autores:
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2023
- Institución:
- Universidad Distrital Francisco José de Caldas
- Repositorio:
- RIUD: repositorio U. Distrital
- Idioma:
- OAI Identifier:
- oai:repository.udistrital.edu.co:11349/34485
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/11349/34485
- Palabra clave:
- Docking molecular
Inhibidores
MDM2
Cáncer
Licenciatura en Química -- Tesis y disertaciones académicas
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La siguiente investigación tuvo como objetivo identificar y optimizar compuestos candidatos en la inhibición de la proteína MDM2 y el complejo que forma con p53, esto debido a que la proteína MDM2 es un regulador negativo de la p53 en la cual se unen moléculas de ubiquitina a la proteína (p53) para su consecuente eliminación por el proteasoma, dicha p53 juega papel crucial en la detención del ciclo celular y estimulación de la apoptosis, por ende la inhibición de la proteína MDM2 se ha empleado recientemente como tratamiento anticancerígeno. Teniendo en cuenta lo anterior, se evaluaron las energías de afinidad de los fármacos ya existentes (Nutlin-3, AMG-232 y RG7388, entre otras) mediante el uso de Autodock Vina, cabe resaltar que la determinación del sitio activo se realizó a partir del software “ProteinPlus” en su apartado “DoGSiteScorer”, posteriormente se filtraron los fármacos existentes por medio de la comparación de las energías de afinidad desde un consenso establecido, y se realizaron los ensayos tanto farmacocinéticos como toxicocinéticos haciendo uso de los softwares SwissADME y PreADMET respectivamente, una vez terminados dichos filtros se realizó la identificación del farmacóforo para su posterior empleo en el diseño y evaluación de nuevos fármacos, para ello se utilizó el software “Discovery Studio Visualizarer” y se procedió a diseñar nuevos inhibidores teniendo como base dicho farmacóforo y las propiedades del sitio activo. Después de recopilados y analizados todos estos datos se pudo concluir que los compuestos que presentan una mayor viabilidad en la inhibición de la proteína MDM2 son Nutlin-3, AMG-232, C10, C16, GMP1, junto con las propuestas 17 y 26. |
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Teniendo en cuenta lo anterior, se evaluaron las energías de afinidad de los fármacos ya existentes (Nutlin-3, AMG-232 y RG7388, entre otras) mediante el uso de Autodock Vina, cabe resaltar que la determinación del sitio activo se realizó a partir del software “ProteinPlus” en su apartado “DoGSiteScorer”, posteriormente se filtraron los fármacos existentes por medio de la comparación de las energías de afinidad desde un consenso establecido, y se realizaron los ensayos tanto farmacocinéticos como toxicocinéticos haciendo uso de los softwares SwissADME y PreADMET respectivamente, una vez terminados dichos filtros se realizó la identificación del farmacóforo para su posterior empleo en el diseño y evaluación de nuevos fármacos, para ello se utilizó el software “Discovery Studio Visualizarer” y se procedió a diseñar nuevos inhibidores teniendo como base dicho farmacóforo y las propiedades del sitio activo. Después de recopilados y analizados todos estos datos se pudo concluir que los compuestos que presentan una mayor viabilidad en la inhibición de la proteína MDM2 son Nutlin-3, AMG-232, C10, C16, GMP1, junto con las propuestas 17 y 26.The following research aimed to identify and optimize candidate compounds in the inhibition of murine double minute protein (MDM2) and the complex it forms with p53, this because the MDM2 protein is a negative regulator of p53 in which ubiquitin molecules bind to the protein (p53) for its subsequent elimination by the proteasome, said p53 plays a crucial role in cell cycle arrest and stimulation of apoptosis, therefore the inhibition of the MDM2 protein has recently been used as an anticancer treatment. Taking into account the above, the affinity energies of existing drugs (Nutlin-3, AMG-232 and RG7388, among others) were evaluated using Autodock Vina, it should be noted that the determination of the active site was performed from the "ProteinPlus" software in its "DoGSiteScorer" section, then the existing drugs were filtered by comparing the affinity energies from an established consensus, Once these filters were completed, the pharmacokinetic and toxicokinetic assays were carried out using the SwissADME and PreADMET software respectively. Once these filters were completed, the pharmacophore was identified for subsequent use in the design and evaluation of new drugs using the "Discovery Studio Visualizarer" software, and new inhibitors were designed based on this pharmacophore and the properties of the active site. After compiling and analyzing all these data, it was possible to conclude that the compounds that present the greatest viability in the inhibition of the MDM2 protein are Nutlin-3, AMG-232, C10, C16, GMP1, together with proposals 17 and 26.pdfAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/Abierto (Texto Completo)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Docking molecularInhibidoresMDM2CáncerLicenciatura en Química -- Tesis y disertaciones académicasInhibidores de MDM2Proteína p53FarmacocinéticaFarmacóforoMolecular dockingInhibitorsMDM2CancerEvaluación e identificación de nuevos inhibidores de la proteína MDM2 con su complejo P53 basado en docking molecularEvaluation and identification of new inhibitors of the MDM2 protein with its P53 complex based on molecular dockingbachelorThesisMonografíahttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-87167http://repository.udistrital.edu.co/bitstream/11349/34485/4/license.txt997daf6c648c962d566d7b082dac908dMD54open accessORIGINALEVALUACIÓN E IDENTIFICACIÓN DE NUEVOS INHIBIDORES DE LA PROTEÍNA MDM2 CON SU COMPLEJO P53 BASADO EN DOCKING MOLECULAR (1).pdfEVALUACIÓN E IDENTIFICACIÓN DE NUEVOS INHIBIDORES DE LA PROTEÍNA MDM2 CON SU COMPLEJO P53 BASADO EN DOCKING MOLECULAR (1).pdfTrabajo de gradoapplication/pdf2684695http://repository.udistrital.edu.co/bitstream/11349/34485/1/EVALUACI%c3%93N%20E%20IDENTIFICACI%c3%93N%20DE%20NUEVOS%20INHIBIDORES%20DE%20LA%20PROTE%c3%8dNA%20MDM2%20CON%20SU%20COMPLEJO%20P53%20BASADO%20EN%20DOCKING%20MOLECULAR%20%281%29.pdfd815057df1f6c1a336ded9db857b4813MD51open accessLicencia de uso LUIS GUERREO Y DIEGO ARIZA.pdfLicencia de uso LUIS GUERREO Y DIEGO ARIZA.pdfLicencia de uso y 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