Análisis de transcriptoma y anotación funcional de genes relacionados con dormancia en papa criolla Solanum tuberosum vf.phureja irradiada con cobalto 60

La papa criolla presenta generalmente un periodo de dormancia, entre sus ventajas encontramos que es un proceso de vital importancia para la supervivencia en un periodo desfavorable y sin las condiciones óptimas, pero en periodo de postcosecha, se convierte en un factor negativo que afecta la viabilidad del producto a nivel comercial. En la papa, la dormancia da lugar a otros procesos como la tuberización, que se define como un período donde no se realiza ningún proceso de crecimiento visible de brotes, e implica una relación biológica correlacionada en el tubérculo. En este estudio se centró en analizar y caracterizar el transcriptoma de la papa criolla, y relacionarlo con los genes que afectan los procesos de dormancia en papa criolla solanum tuberosum vf. Phureja y que han sido objeto de estudio en el semillero de Biología molecular, se implementó un protocolo bioinformático, que consistió en un ensamble guiado por referencia del transcriptoma con el repertorio de Cufflinks, el análisis de expresión diferencial, el mapeo con el genoma reportado en Spud y por último, se realizó la anotacion y evaluación de calidad del ensamblaje con Busco, para revisar las bases de datos como TAIR y Swissprot (anotacion basada en homología). Todo el análisis bioinformático de las librerías de RNA-seq se desarrolló en el servidor de la Oficina de Informática de Investigación, generando un protocolo descriptivo para en lenguaje bash y ejecutable en un entorno Slurm, y todo el tratamiento que conlleva trabajar con estos datos

• Autores: Mendieta Ramírez, Jonathan Sebastián
• Fecha de publicación: 2023
• Institución: Universidad Distrital Francisco José de Caldas
• Repositorio: RIUD: repositorio U. Distrital
• OAI Identifier: oai:repository.udistrital.edu.co:11349/38331
• Acceso en línea: http://hdl.handle.net/11349/38331
• Palabra clave: Dormancia; Anotación funcional; Bioinformática; Transcriptoma; Papa criolla; Solanum tuberosum vf. phureja; Licenciatura en Química -- Tesis y disertaciones académicas; Dormancia en papa criolla; Biología molecular de solanum tuberosum; Bioinformática y transcriptómica; Genética y mejoramiento de cultivos; Dormancy; Functional annotation; Bioinformatics; Transcriptome; Criollo potato; Solanum Tuberosum vf. phureja
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