Análisis secuencial, estructural y antigénico de proteínas de virus de gripe aviar (2008)
Buscando en la literatura se escogieron diez cepas de virus de la gripe aviar que cumplieran con los siguientes requisitos: algunas muy virulentas (que hayan causado pandemia), otras con una gran probabilidad de amenaza y por ultima unas que no hubieran afectado en gran medida al hombre, para ser utilizadas como muestras blanco. Luego se escogió la proteína NS1, bajo el parámetro de que esta une RNA de doble cadena, modula la replicación viral y es esencial para bloquear la respuesta celular a la infección, la cual esta mediada por el interferón. Al tener ya las cepas de la proteína que reunía los requisitos se pasó a realizar una alineación múltiple con ClustalW2, con el fin de ser observadas las bases conservadas entre estas y se encontró que existe una alta conservación de dominios entre la base 1 80, pero de ahí en adelante se muestran diferentes variaciones de las secuencias esto lleva a concluir que posiblemente a partir de la base 85, se encuentran los índices más altos de exposición de la proteína. Luego se enviaron la secuencia de la proteína NS1 de gripe aviar al servidor Robetta que fue el encargado de la producción de modelos en 3D de la proteína a partir de una secuencia dada, ya que en las bases de datos como pdb y ncbi, no se encontraba ninguna registrada. Con las secuencias escogidas, se realizó un Blastp, con el fin de obtener el dato de que tan conservada era esta proteína a través de las cepas y frente a un ancestro común, el cual permitió inferenciar que la proteína es muy conservada en sus dominios y por ende no existe una diferencia significativa, a excepción de la cepa H7N2 que tuvo gran variabilidad en los últimos residuos (191-230.) Además se realizó un análisis antigénico utilizando el programa Antigenicity Plot, de distribución gratuita, el cual proporciona en una gráfica los puntos más cercanos de la proteína a la célula huésped de esta forma se evidencio que las variaciones entre secuencias se presentaban después del segmento 85 y teniendo la estructura 3D de la proteína NS1, la cual fue una herramienta de gran utilidad, se logró evidenciar en tercera dimensión los segmentos más expuestos de la proteína, además, estos pueden servir como posibles epítopes experimentales en un posterior trabajo.