Estandarización de la técnica de electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE) para el análisis de poblaciones microbianas en bioreactores de cultivo mixto
En este trabajo se realizó la estandarización de DGGE a partir de diferentes biorreactores con cultivos mixtos de microorganismos, para los cuales se normalizó un método de extracción de ADN para la amplificación adicional del gen 16S rRNA de los cebadores 338F y 518R que generan un Amplicón de la r...
- Autores:
-
Mora Villalba, Claudia Yaneth
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2017
- Institución:
- Universidad Distrital Francisco José de Caldas
- Repositorio:
- RIUD: repositorio U. Distrital
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.udistrital.edu.co:11349/14442
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/11349/14442
- Palabra clave:
- DGGE
Extracción de ADN
Gen 16s rRNA
PCR
Electroforesis
Licenciatura en Química - Tesis y disertaciones académicas
Electroforesis
Electroforesis en gel con gradiente de desnaturalización
Extracción de ADN
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Electrophoresis
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- License
- Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
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En este trabajo se realizó la estandarización de DGGE a partir de diferentes biorreactores con cultivos mixtos de microorganismos, para los cuales se normalizó un método de extracción de ADN para la amplificación adicional del gen 16S rRNA de los cebadores 338F y 518R que generan un Amplicón de la región V3 del gen Por PCR, un método que también fue estandarizado en el laboratorio para el posterior análisis por la técnica DGGE. Se encontró que la temperatura de recocido es una parte fundamental para el desarrollo de la PCR ya que es el momento en el que se genera la hibridación entre los cebadores y la cadena de ADN, el protocolo TDown es una técnica importante, pero reduce significativamente la selectividad De los cebadores en el momento de la amplificación del gen de interés, para las muestras de cultivos mixtos que se obtuvieron el DMSO resultó ser el mejor reactivo para la optimización de la PCR, al realizar electroforesis en gel de poliacrilamida, el bromuro de etidio es un Pero no se puede añadir previamente en el gel, si no es que la tinción posterior es necesaria con la solución, la PCR es una técnica sensible a varios factores, pero es muy útil para la caracterización de microorganismos debido a su alta selectividad. En cuanto a la DGGE, para la estandarización completa del método, es necesario hacer un mayor número de repeticiones con diferentes muestras para validarlo completamente. |
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Se encontró que la temperatura de recocido es una parte fundamental para el desarrollo de la PCR ya que es el momento en el que se genera la hibridación entre los cebadores y la cadena de ADN, el protocolo TDown es una técnica importante, pero reduce significativamente la selectividad De los cebadores en el momento de la amplificación del gen de interés, para las muestras de cultivos mixtos que se obtuvieron el DMSO resultó ser el mejor reactivo para la optimización de la PCR, al realizar electroforesis en gel de poliacrilamida, el bromuro de etidio es un Pero no se puede añadir previamente en el gel, si no es que la tinción posterior es necesaria con la solución, la PCR es una técnica sensible a varios factores, pero es muy útil para la caracterización de microorganismos debido a su alta selectividad. En cuanto a la DGGE, para la estandarización completa del método, es necesario hacer un mayor número de repeticiones con diferentes muestras para validarlo completamente.This work was the standardization of DGGE from different bioreactors with mixed cultures of micro-organisms, for which a method of DNA extraction for the additional amplification of 16S rRNA gene of the primers 338F and 518R generated an Amplicon of the region V3 of the gene by PCR, a method that was also standardized at the laboratory for further analysis by the technique are normalized DGGE. Is found that the temperature of annealed is a part fundamental for the development of the PCR since is the time in which is generates it hybridization between them primers and the chain of DNA, the Protocol TDown is a technical important, but reduces significantly the selectivity of them primers in the time of the amplification of the gene of interest for samples of mixed cultures obtained DMSO proved to be the best reagent for the optimization of the PCR, electrophoresis in polyacrylamide gel, ethidium bromide is a but you cannot add previously in the gel, if it is not that the subsequent staining is required with the solution, the PCR is a sensitive technique to several factors , but is very useful for the characterization of microorganisms due to its high selectivity. In terms of the DGGE, for complete standardization of the method, it is necessary to do more repetitions with different samples to validate it fully.Universidad Antonio NariñopdfspaAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/Restringido (Solo Referencia)http://purl.org/coar/access_right/c_16ecDGGEExtracción de ADNGen 16s rRNAPCRElectroforesisLicenciatura en Química - Tesis y disertaciones académicasElectroforesisElectroforesis en gel con gradiente de desnaturalizaciónExtracción de ADNDGGEExtraction of DNAGen 16s rRNAPCRElectrophoresisEstandarización de la técnica de electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE) para el análisis de poblaciones microbianas en bioreactores de cultivo mixtoStandardization of the Gel Electrophoresis Technique with Denaturing Gradient (DGGE) for the Analysis of Microbial Populations in Mixed Culture BioreactorsCreación o Interpretacióninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTHUMBNAILMoraVillalbaClaudiaYaneth.2017.pdf.jpgMoraVillalbaClaudiaYaneth.2017.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg5251https://repository.udistrital.edu.co/bitstreams/9577de10-7524-45f1-b2db-4b9dc2ea6e0c/downloada1871930f16e537cd23da2c60fa49f3aMD57Licenciadepublicacion.pdf.jpgLicenciadepublicacion.pdf.jpgIM 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