Estudio bioinformático de la presión de selección ejercida por células T CD8+ sobre epítopes de la proteína N de SARS-CoV-2 en secuencias de Medellín, Antioquia en los años 2020 a 2022 (2023)
RESUMEN: Los linfocitos T CD8+ se encargan de eliminar las células infectadas al reconocer los epítopes virales presentados por el HLA-I. Las mutaciones encontradas en el genoma del SARS-CoV-2 pueden disminuir la estabilidad de unión del péptido-HLA-I y podrían mediar la evasión inmunitaria, facilitando la persistencia viral y aumentando la severidad de la presentación clínica. En este estudio describimos la presencia de mutaciones en epítopos restringidos por HLA-I en la proteína N del SARS-CoV-2, en secuencias de Medellín, Antioquia. Los epítopes fueron definidos usando los algoritmos de predicción RankPep e IEDB. También realizamos un análisis de selección natural basado en tres modelos estadísticos (FUBAR, MEME y FEL) para la determinación de sitios en la proteína N que evolucionan bajo presión de selección positiva, con el fin de determinar qué cambios aminoacídicos podrían estar favoreciendo al virus en su supervivencia. El análisis de las secuencias nos permitió hallar doce sitios con evidencia de selección positiva, nueve de los cuales se encontraban en péptidos predichos con alta afinidad por los HLA de mayor frecuencia en Colombia con RankPep o IEDB. Dos posiciones con evidencia de selección positiva, 67 y 398, fueron encontrados en péptidos predichos por los dos programas usados (66-FPRGQGVPI-74 y 395-LPAADLDDF-403). La primera de ellas se ubicó en la segunda posición del péptido (sitio de anclaje al HLA) causando una evidente disminución de la afinidad de unión con su HLA-I específico frente a su contraparte no mutada.