Docking molecular en las proteínas PB1, PB2 y PA del virus de la Influenza A (H1N1) a partir de secuencias de aminoácidos reportadas en Suramérica durante el periodo 2000 a 2017.

La enfermedad por virus de la Influenza, es uno de los eventos epidemiológicos que año tras año, genera gran interés en salud pública debido a su fácil propagación entre los seres humanos. Es causada principalmente por el virus de la Influenza A (H1N1), un virus de la familia Orthomyxoviridae que ti...

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Autores:
Ayala García, Jairo Andrés
Malagón Osorio, Paula Andrea
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2019
Institución:
Colegio Mayor de Cundinamarca
Repositorio:
Repositorio Colegio Mayor de Cundinamarca
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unicolmayor.edu.co:unicolmayor/3635
Acceso en línea:
https://repositorio.unicolmayor.edu.co/handle/unicolmayor/3635
Palabra clave:
receptor
ligando
bioinformática
Influenza
virus
docking
Rights
closedAccess
License
Derechos Reservados - Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2019
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description La enfermedad por virus de la Influenza, es uno de los eventos epidemiológicos que año tras año, genera gran interés en salud pública debido a su fácil propagación entre los seres humanos. Es causada principalmente por el virus de la Influenza A (H1N1), un virus de la familia Orthomyxoviridae que tiene su material genético de tipo ARN segmentado de carga negativa, el cual está dividido en ocho segmentos que codifican las distintas proteínas que conforman la estructura y funcionamiento del virus. Es caracterizada por presentar sintomatología respiratoria común como tos, fiebre, adinamia, rinorrea y cefalea. Esta investigación tuvo como objetivo la generación de acoplamiento molecular entre una molécula ligando capaz de bloquear la acción de la enzima ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp) conformada por las proteínas PB1, PB2 y PA, para poder evitar la replicación del virus. Para esto fue necesario determinar las secuencias de aminoácidos conservadas de las proteínas PB1, PB2 y PA, obtenidas en bases de datos del Centro Nacional para la Información Biotecnológica-NCBI, las cuales se alinearon, analizaron y acoplaron con 5 ligandos por medio de herramientas bioinformáticas como Muscle, Unipro Ugene, AutoDock Vina, entre otros. Los resultados de este estudio arrojaron que la enzima RdRp, presenta una alta conservación en su conformación de aminoácidos, con porcentajes de 95,5%, 93,9% y 96,0%. Además de ello, se logró determinar que el derivado 5,6-difenil-N-piperidin-1-ilpirazina-2-carboxamida es un ligando óptimo para hacer el docking, con una afinidad de -8.0, -7,9 y -8,6 Kcal/mol 13 respectivamente con las proteínas PB1, PB2 y PA. Se logra concluir que es posible generar acoplamiento molecular en las proteínas que conforman la enzima RdRp del virus de la Influenza A (H1N1), con ligandos análogos del antiviral favipiravir; en miras de un futuro estudio experimental para lograr un fármaco para el tratamiento antiviral de la enfermedad por virus de la Influenza A (H1N1).
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spelling Rodríguez Panduro, Mauricio Humberto5a3aa353075aff39d48a3977c88cdb07600Ayala García, Jairo Andrésad382b473df6f621e3fbca21e54c8077Malagón Osorio, Paula Andrea57e208fda7bbe99281fd02bd602f9e262021-11-10T16:48:31Z2021-11-10T16:48:31Z2019https://repositorio.unicolmayor.edu.co/handle/unicolmayor/363560100La enfermedad por virus de la Influenza, es uno de los eventos epidemiológicos que año tras año, genera gran interés en salud pública debido a su fácil propagación entre los seres humanos. Es causada principalmente por el virus de la Influenza A (H1N1), un virus de la familia Orthomyxoviridae que tiene su material genético de tipo ARN segmentado de carga negativa, el cual está dividido en ocho segmentos que codifican las distintas proteínas que conforman la estructura y funcionamiento del virus. Es caracterizada por presentar sintomatología respiratoria común como tos, fiebre, adinamia, rinorrea y cefalea. Esta investigación tuvo como objetivo la generación de acoplamiento molecular entre una molécula ligando capaz de bloquear la acción de la enzima ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp) conformada por las proteínas PB1, PB2 y PA, para poder evitar la replicación del virus. Para esto fue necesario determinar las secuencias de aminoácidos conservadas de las proteínas PB1, PB2 y PA, obtenidas en bases de datos del Centro Nacional para la Información Biotecnológica-NCBI, las cuales se alinearon, analizaron y acoplaron con 5 ligandos por medio de herramientas bioinformáticas como Muscle, Unipro Ugene, AutoDock Vina, entre otros. Los resultados de este estudio arrojaron que la enzima RdRp, presenta una alta conservación en su conformación de aminoácidos, con porcentajes de 95,5%, 93,9% y 96,0%. Además de ello, se logró determinar que el derivado 5,6-difenil-N-piperidin-1-ilpirazina-2-carboxamida es un ligando óptimo para hacer el docking, con una afinidad de -8.0, -7,9 y -8,6 Kcal/mol 13 respectivamente con las proteínas PB1, PB2 y PA. Se logra concluir que es posible generar acoplamiento molecular en las proteínas que conforman la enzima RdRp del virus de la Influenza A (H1N1), con ligandos análogos del antiviral favipiravir; en miras de un futuro estudio experimental para lograr un fármaco para el tratamiento antiviral de la enfermedad por virus de la Influenza A (H1N1).INTRODUCCIÓN 14 OBJETIVOS 16 1. ANTECEDENTES 17 2. MARCO REFERENCIAL 22 2.1. VIRUS DE LA INFLUENZA 22 2.2. HISTORIA DE LA INFLUENZA 24 2.3. BIOLOGÍA MOLECULAR DEL VIRUS DE LA INFLUENZA A (H1N1) 27 2.3.1. ENZIMA ARN POLIMERASA DEPENDIENTE DE ARN (RdRp) 27 2.3.2. HEMAGLUTININA 30 2.3.3. NUCLEOPROTEÍNA 31 2.3.4. NEURAMINIDASA 31 2.3.5. PROTEÍNAS M1 Y M2 32 2.3.6. PROTEÍNAS NS1 Y NS2 33 2.4. REPLICACIÓN DEL VIRUS 33 2.5. ASPECTOS CLÍNICOS 35 2.6. DIAGNÓSTICO 37 2.7. RESPUESTA INMUNE 40 2.8. VACUNAS 42 2.9. ANTIVIRALES 44 2.10. ACOPLAMIENTO O DOCKING MOLECULAR 45 3. DISEÑO METODOLÓGICO 46 3.1. UNIVERSO, POBLACIÓN Y MUESTRA 46 3.2. HIPÓTESIS Y VARIABLES 46 3.2.1. HIPÓTESIS 46 3.2.2. VARIABLES 47 3.3. TÉCNICAS Y PROCEDIMIENTOS 47 3.3.1. TÉCNICAS 47 3.3.2. PROCEDIMIENTOS 49 4. RESULTADOS 51 4.1. CONSERVACIÓN DE SECUENCIAS DE AMINOÁCIDOS DE LOS SEGMENTOS 1, 2 Y 3 DEL VIRUS DE LA INFLUENZA A (H1N1) 51 4.1.1. SEGMENTO 1 52 4.1.2. SEGMENTO 2 52 4.1.3. SEGMENTO 3 53 4.1.4. PROTEÍNAS PB1, PB2 Y PA 53 4.2. DOCKING MOLECULAR 54 4.2.1. ALINEACIÓN MÚLTIPLE DE PROTEÍNAS RECEPTORAS CRISTALIZADAS 54 4.2.2. MOLÉCULAS LIGANDO 56 5. DISCUSIÓN 65 6. CONCLUSIONES 69 REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS 70 ANEXOSPregradoBacteriólogo(a) y Laboratorista Clínico95p.application/pdfspaUniversidad Colegio Mayor de CundinamarcaFacultad de Ciencias de la SaludBogotáBacteriología y Laboratorio ClínicoDerechos Reservados - Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2019https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/closedAccessAtribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-NC-SA 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_14cbDocking molecular en las proteínas PB1, PB2 y PA del virus de la Influenza A (H1N1) a partir de secuencias de aminoácidos reportadas en Suramérica durante el periodo 2000 a 2017.Trabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Textinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttps://purl.org/redcol/resource_type/TPinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionHeather J. Chain B. 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Thumbnailimage/jpeg12987https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3635/10/Presentaci%c3%b3n%20Final%20Tesis.pdf.jpg8aa7be49078246dbc418f607f127f9c2MD510open accessunicolmayor/3635oai:repositorio.unicolmayor.edu.co:unicolmayor/36352021-11-11 03:00:35.299An error occurred on the license name.|||https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/open accessBiblioteca Digital 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