Evaluación de la microbiota fúngica y bacteriana del suelo en cultivo de palma de aceite, en Acacias, Meta (2019)
La extensión agrícola de la palma de aceite en Colombia, Elaeis guineensis, ha tenido un crecimiento exponencial y se ha demostrado el impacto ambiental en suelo por pérdida de nutrientes y cambios en la microbiota fúngica y bacteriana que la habita. El objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad y cantidad de la microbiota fúngica y bacteriana de los suelos de cultivo de palma, en Acacías, Meta en tres etapas del cultivo. La metodología incluyó el análisis metagenómico del suelo sin cultivar y en dos etapas fenológicas del cultivo; se hizo extracción de ADN con el kit comercial ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep, y a partir de las regiones 16S y 18S del rRNA de procariotas y eucariotas respectivamente. Se realizó identificación molecular por secuenciación NGS. Los datos fueron analizados por programas bioinformaticos DADA2 y QIIME. Las secuencias obtenidas se compararon en Genbank por el algoritmo BLASTN. Se obtuvieron 1.372 Unidades Taxonómicas operacionales OTU para el gen 16S. Los géneros más predominantes fueron Acidothermus, Bacillus, Pseudomonas, Streptadiciphilus, Acidibacter, Solibacter y Varibacter, Para el gen ARNr 18S se obtuvieron 594 secuencias OTU. Los géneros de mayor predominancia en hongos fueron Saccharomycetales, Malassezia, Archaeorhizomyces y Trichocomonaceae. La diversidad y cantidad de hongos y bacterias encontrada en las tres muestras devela la importancia de la comunicación entre microorganismos y rizosfera de las plantas de palma y las funciones que realizan para su crecimiento. El deterioro del suelo parece radicar en el manejo y sostenibilidad que el agricultor aplique al suelo, antes, durante y después del cultivo.