Evaluación del uso del glifosato sobre la microbiota del suelo, en la zona de amortiguación del parque nacional natural paramillo, en Córdoba, Colombia.

El glifosato es un herbicida de amplio espectro utilizado para la erradicación de cultivos ilícitos y para el control de malezas en cultivos lícitos de importancia agrícola. En Colombia, en los últimos años, su uso ha tenido un gran auge, debido al incremento de cultivos de coca, marihuana y amapola...

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Autores:: Castañeda Neuta, Debbye Carolina
Contreras Garzon, Angelica Maria
Aguilar Lopez, Ingrid Daniela

Tipo de recurso:: Trabajo de grado de pregrado

Fecha de publicación:: 2019

Institución:: Colegio Mayor de Cundinamarca

Repositorio:: Repositorio Colegio Mayor de Cundinamarca

Idioma:: spa

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description	El glifosato es un herbicida de amplio espectro utilizado para la erradicación de cultivos ilícitos y para el control de malezas en cultivos lícitos de importancia agrícola. En Colombia, en los últimos años, su uso ha tenido un gran auge, debido al incremento de cultivos de coca, marihuana y amapola, ocasionando variaciones en la microbiota presente en el suelo, de acuerdo con investigaciones previas. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto del uso de glifosato sobre la diversidad de poblaciones microbianas presentes en el suelo de la zona de amortiguación del parque Nacional Natural Paramillo, Córdoba, Colombia. La metodología incluyó la recolección de muestras de suelo de dos zonas diferentes del parque: suelo impactado con glifosato y suelo sin contacto previo con glifosato, para esto se tuvo en cuenta el formato de concepto técnico sobre daño ambiental emitido por el Parque Nacional Natural Paramillo. Se realizó extracción de ADN mediante el kit comercial ZymoBIOMICSTM DNA Miniprep, el cual fue analizado mediante la plataforma de secuenciación de segunda generación Illumina Mi Seq, a partir de las región 16S del rRNA de procariotas. Para el suelo con glifosato se obtuvieron 55414 secuencias crudas y 219 OTU y para el suelo sin glifosato se obtuvieron 56656 secuencias crudas y 405 OTUs, respecto a los parámetros taxonómicos predominantes se encontró: Filo Proteobacterias (30.8% y 34.9%), Clase Alphaproteobacteria (18.27% y 24.56%), Orden Rhizobiales (12.2% y 15.2%), Familia Xanthomonadaceae (2.9% y 0.0%), Género Acidothermus (4.2% y 4.5%) y finalmente Especie defluvii-equi-niigatensis (2.0% y 0.9%).
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El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto del uso de glifosato sobre la diversidad de poblaciones microbianas presentes en el suelo de la zona de amortiguación del parque Nacional Natural Paramillo, Córdoba, Colombia. La metodología incluyó la recolección de muestras de suelo de dos zonas diferentes del parque: suelo impactado con glifosato y suelo sin contacto previo con glifosato, para esto se tuvo en cuenta el formato de concepto técnico sobre daño ambiental emitido por el Parque Nacional Natural Paramillo. Se realizó extracción de ADN mediante el kit comercial ZymoBIOMICSTM DNA Miniprep, el cual fue analizado mediante la plataforma de secuenciación de segunda generación Illumina Mi Seq, a partir de las región 16S del rRNA de procariotas. Para el suelo con glifosato se obtuvieron 55414 secuencias crudas y 219 OTU y para el suelo sin glifosato se obtuvieron 56656 secuencias crudas y 405 OTUs, respecto a los parámetros taxonómicos predominantes se encontró: Filo Proteobacterias (30.8% y 34.9%), Clase Alphaproteobacteria (18.27% y 24.56%), Orden Rhizobiales (12.2% y 15.2%), Familia Xanthomonadaceae (2.9% y 0.0%), Género Acidothermus (4.2% y 4.5%) y finalmente Especie defluvii-equi-niigatensis (2.0% y 0.9%).Glyphosate is a broad-spectrum herbicide used for the eradication of illicit crops and for the control of weeds in licit crops of agricultural importance. In Colombia, in recent years, its use has had a great boom, due to the increase in coca, marihuana and poppy crops, causing variations in the microbiota present in the soil, according to previous research. The objective of this work was to evaluate the effect of the use of glyphosate on the diversity of microbial populations present in the soil of the buffer zone of the Parque Nacional Natural Paramillo, Córdoba, Colombia. The methodology included the collection of soil samples from two different areas of the park: soil impacted with glyphosate and soil without previous contact with glyphosate, for this the format of the technical concept on environmental damage emitted by the Parque Nacional Natural Paramillo was taken into account. DNA extraction was carried out using the commercial kit ZymoBIOMICS TM DNA Miniprep, which was analyzed using the second generation sequencing platform Illumina Mi Seq, from the 16S region of prokaryotic rRNA. For the soil with glyphosate 55414 crude sequences and 219 OTU were obtained and for the soil without glyphosate 56656 crude sequences and 405 OTUs were obtained, with respect to the predominant taxonomic parameters found: Phylum Proteobacteria (30.8% and 34.9%), Class Alphaproteobacteria ( 18.27% and 24.56%), Order Rhizobiales (12.2% and 15.2%), Family Xanthomonadaceae (2.9% and 0.0%), Genus Acidothermus (4.2% and 4.5%) and finally Species defluvii-equi-niigatensis (2.0% and 0.9% ).INDICE DE FIGURAS 11 INDICE DE TABLAS 12 RESUMEN 13 INTRODUCCIÓN 16 OBJETIVOS 19 OBJETIVO GENERAL 19 OBJETIVOS ESPECIFICOS 19 1. ANTECEDENTES 20 2. MARCO REFERENCIAL 25 2.1 Municipio de Tierralta 25 2.1.1 Parque Nacional Natural Paramillo 26 2.1.2 Vereda Tuis Tuis, finca Tuti Fruti 27 2.1.3 Zona de amortiguación Parque Nacional Natural Paramillo 28 2.2 Generalidades de Glifosato 29 2.2.1 Mecanismo de acción 31 2.2.2 Toxicidad 32 2.3 Historia en Colombia 33 2.4 Generalidades del suelo 35 2.4.1 Propiedades físicas del suelo 36 2.4.2 Propiedades químicas del suelo 36 2.4.3 Microorganismos del suelo 37 2.4.3.1 Bacterias 38 - Bacterias promotoras del crecimiento vegetal (PGPB) 38 2.4.3.2 Actinomicetos 39 2.4.4 Grupos funcionales presentes en el suelo 39 2.4.4.1 Microorganismos fijadores de nitrógeno 39 2.4.4.2 Microorganismos celulolíticos 40 2.4.4.3 Microorganismos amilolíticos 41 2.4.4.4 Microorganismos proteolíticos 41 2.4.4.5 Microorganismos solubilizadores de fosfato 42 2.4.5 Vía del shikimato 42 2.5 Metagenómica como alternativa para conocer el microbioma de un ambiente 44 2.5.1 Pasos de la metagenómica 45 2.5.1.1 Extracción de ADN metagenómico 45 2.5.1.2 PCR 46 2.5.1.3 Electroforesis 47 2.5.1.4 Secuenciación de próxima generación 48 - Illumina 48 - Ilumina Miseq 49 2.6 Identificación Procariota por ARNr 16S 49 2.7 Bioinformática 51 2.7.1 BLAST 51 2.7.2 QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) 52 2.7.3 DADA2 52 3. DISEÑO METODOLÓGICO 54 3.1 Tipo de investigación 54 3.2 Universo, población, muestra 54 3.2.1 Universo 54 3.2.2 Población 54 3.2.3 Muestra 54 3.3 Variables, indicadores 54 3.3.1 Variable independiente 54 3.3.2 Variable dependiente 55 3.3.3. Indicadores 55 3.4 Hipótesis 56 3.5 Técnicas y procedimientos 56 3.5.1 Ubicación de la zona de muestreo 56 3.5.2 Recolección de muestras 57 3.5.3 Conservación de muestras 59 3.5.4 Análisis físico químico 59 3.5.5 Extracción de DNA genómico 60 3.5.6 PCR 61 3.5.7 Electroforesis 61 3.5.8 Cuantificación 62 3.5.9 Secuenciación 62 3.5.9.1 Preparación de la biblioteca 16S 62 3.5.9.2 Secuenciación 63 3.5.10 Análisis bioinformático 63 4 RESULTADOS 64 4.1 PCR y electroforesis 64 4.2 Análisis físico químico 65 4.3 Análisis metagenómico 67 4.3.1 Secuencias obtenidas 68 4.3.2 Análisis metagenómico del gen ARNr 16S 68 5 DISCUSIÓN 75 6 CONCLUSIONES 100 7. RECOMENDACIONES 101 REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS 102 ANEXOS 117PregradoBacteriólogo(a) y Laboratorista Clínico135p.application/pdfspaUniversidad Colegio Mayor de CundinamarcaFacultad de Ciencias de la SaludBogotá DCBacteriología y Laboratorio ClínicoDerechos Reservados - Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2019https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/closedAccessAtribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-NC-SA 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_14cbEvaluación del uso del glifosato sobre la microbiota del suelo, en la zona de amortiguación del parque nacional natural paramillo, en Córdoba, Colombia.Trabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Textinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttps://purl.org/redcol/resource_type/TPinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionCórdobaSalazar Lopez NJ, Aldana Madrid ML. Herbicida Glifosato: Usos, Toxicidad Y Regulacion. 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Evaluación del uso del glifosato sobre la microbiota del suelo, en la zona de amortiguación del parque nacional natural paramillo, en Córdoba, Colombia.

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