Estudio metagenómico de la diversidad Procariota y Eucariota de agua y sedimento marino de la isla Livingston, Antártida

La Antártida el lugar más frío del planeta, ha sido catalogada por mucho tiempo como poco portador de microorganismos. Por sus características geológicas y por disputas territoriales el lugar había sido poco estudiado. Con la firma del Tratado Antártico en el año 1959 la Antártida se ha visitado y a...

Full description

Autores:
Macana Díaz, Natalia Alejandra
Muñoz Paladinez, Xilena Yulieth
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2019
Institución:
Colegio Mayor de Cundinamarca
Repositorio:
Repositorio Colegio Mayor de Cundinamarca
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unicolmayor.edu.co:unicolmayor/3565
Acceso en línea:
https://repositorio.unicolmayor.edu.co/handle/unicolmayor/3565
Palabra clave:
Microorganismos
ADN
Programas Bioinformáticos
Unidades Taxonómicas Operacionales
Metagenómica
RNA ribosomal (rRNA)
Secuenciación de próxima generación (SNG)
Unidades Taxonómicas Operacionales (OTUs)
Biorremediación
Bioprospección
Rights
closedAccess
License
Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2019
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description La Antártida el lugar más frío del planeta, ha sido catalogada por mucho tiempo como poco portador de microorganismos. Por sus características geológicas y por disputas territoriales el lugar había sido poco estudiado. Con la firma del Tratado Antártico en el año 1959 la Antártida se ha visitado y aprovechado únicamente con fines científicos. La “Expedición Almirante Padilla”, es la tercera expedición organizada por Colombia desde que se unió al tratado Antártico. Durante esta expedición en la isla Livingston, se recogieron las muestras de agua y sediento marino, que se estudiaron es este proyecto a través de técnicas de metagenómica. Se realizó extracción de ADN a las dos muestras por el kit comercial de extracción ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep, el cual fue analizado por la plataforma de secuenciación de próxima generación Illumina Mi Seq, a partir de las regiones 16S y 18S del rRNA de procariotas y eucariotas, respectivamente. Los datos se analizaron por los programas bioinformáticos DADA2 y QIIME, las secuencias obtenidas se compararon en el genebank por el algoritmo BLASTN. En análisis se obtuvieron 244390 secuencias crudas, de las cuales se clasificaron como OTU (Unidades Taxonómicas Operacionales) solo 405 secuencias. El 41% de estas se calificaron taxonómicamente desde phylum, clase, orden, familia, género y especie, tanto para procariotas como eucariotas, y el 59% restante correspondieron a secuencias no identificadas. Los filos Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes fueron predominantes en procariotas y los filos SAR y Opisthokonta en el caso de los eucariotas.
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spelling Posada Buitrago, Martha Lucía4d5afb0eea3b70008d7c115f3a7ee2c1Macana Díaz, Natalia Alejandra114b656b4264cb83cf259b2a24f1c0e0Muñoz Paladinez, Xilena Yulieth62dbf29ad51bb1d42708b8b1ee7633422021-10-27T19:47:24Z2021-10-27T19:47:24Z2019-01https://repositorio.unicolmayor.edu.co/handle/unicolmayor/356558683La Antártida el lugar más frío del planeta, ha sido catalogada por mucho tiempo como poco portador de microorganismos. Por sus características geológicas y por disputas territoriales el lugar había sido poco estudiado. Con la firma del Tratado Antártico en el año 1959 la Antártida se ha visitado y aprovechado únicamente con fines científicos. La “Expedición Almirante Padilla”, es la tercera expedición organizada por Colombia desde que se unió al tratado Antártico. Durante esta expedición en la isla Livingston, se recogieron las muestras de agua y sediento marino, que se estudiaron es este proyecto a través de técnicas de metagenómica. Se realizó extracción de ADN a las dos muestras por el kit comercial de extracción ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep, el cual fue analizado por la plataforma de secuenciación de próxima generación Illumina Mi Seq, a partir de las regiones 16S y 18S del rRNA de procariotas y eucariotas, respectivamente. Los datos se analizaron por los programas bioinformáticos DADA2 y QIIME, las secuencias obtenidas se compararon en el genebank por el algoritmo BLASTN. En análisis se obtuvieron 244390 secuencias crudas, de las cuales se clasificaron como OTU (Unidades Taxonómicas Operacionales) solo 405 secuencias. El 41% de estas se calificaron taxonómicamente desde phylum, clase, orden, familia, género y especie, tanto para procariotas como eucariotas, y el 59% restante correspondieron a secuencias no identificadas. Los filos Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes fueron predominantes en procariotas y los filos SAR y Opisthokonta en el caso de los eucariotas.Lista de figuras Lista de tablas Resumen Introducción Objetivos 1. ANTECEDENTES 1 2.MARCO REFERENCIAL 4 2.1 LA ANTÁRTIDA 4 2.1.1 Historia 5 2.2 Isla Livingston 6 2.3 Tratado Antártico 7 2.3.1 Tratado Antártico Colombia 8 2.4 III Expedición Científica de Colombia a la Antártica “Almirante Padilla” Verano Austral 2016 – 2017 10 2.5 Microorganismos de la Antártida 11 2.6 Metagenómica 15 2.6.1 Historia de la metagenómica 16 2.7 Herramientas Bioinformáticas 17 2.7.1 Secuenciación de Próxima Generación (NGS 17 2.8 Región ARNr 16S 17 2.9 Región ARNr 18S 18 2.10 Unidades taxonómicas operacionales (OTU) 18 2.11 Software Para Análisis Bioinformático 18 2.11.1 QIIME 18 2.11.2 BLASTN 19 2.12 Herramientas Biotecnológicas 19 2.12.1 Bioprospección 19 2.12.2 Biorremediación. 20 3. DISEÑO MÉTODOLÓGICO 20 3.1 TIPO DE INVESTIGACIÓN 20 3.2 Universo, Población y Muestra 20 3.2.1 Universo 20 3.2.2 Población 20 3.2.3 Muestra 21 3.3 Hipótesis 21 3.4 Variables e indicadores 21 3.4.1 Variable independiente 21 3.4.2 Variable Dependiente 21 3.4.3 Indicadores 21 3.5 Técnicas y procedimientos 22 3.5.1 Fase 1. Muestreo de agua y sedimentos marinos tipo lodo 22 3.5.2 Fase 2. Filtración de la muestra de agua 24 3.5.3 Fase 3. Extracción de ADN 25 3.5.3.1 Reacción en cadena de la polimerasa 25 3.5.3.2 Electroforesis en Gel de Agarosa 27 3.5.3.3 Cuantificación de ADN 28 3.5.4 Fase 4. Secuenciación 28 3.5.5 Fase 5. Análisis Bioinformático 30 4. Resultados 32 4.1 A ANÁLISIS METAGENÓMICO DEL GEN ARN RIBOSOMAL 16S 32 4.2 ANÁLISIS METAGENÓMICO DEL GEN ARN RIBOSOMAL 18S 49 5. Discusión 61 6. Conclusiones 69 7. Referencias Bibliográficas 70 ANEXOSPregradoBacteriólogo(a) y Laboratorista Clínico106p.application/pdfspaUniversidad Colegio Mayor de CundinamarcaFacultad de Ciencias de la SaludBogotá D.CBacteriología y Laboratorio ClínicoUniversidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2019https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/closedAccessAtribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-NC-SA 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_14cbEstudio metagenómico de la diversidad Procariota y Eucariota de agua y sedimento marino de la isla Livingston, AntártidaTrabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Textinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttps://purl.org/redcol/resource_type/TPinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionde Menezes G, Godinho V, Porto B, Gonçalves V, Rosa L. Antarctomyces pellizariae sp. nov., a new, endemic, blue, snow resident psychrophilic ascomycete fungus from Antarctica. 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ESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MA.pdfapplication/pdf2212240https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/2/Munoz%20X%2c%20Macana%20N.%20ESTUDIO%20METAGEN%c3%93MICO%20DE%20LA%20DIVERSIDAD%20PROCARIOTA%20Y%20EUCARIOTA%20DE%20AGUA%20Y%20SEDIMENTO%20MA.pdfc36ca29c2277124f8163d9e3fddfa7ddMD52open accessESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MARINO DE LA ISLA LIVI.pdfESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MARINO DE LA ISLA LIVI.pdfapplication/pdf4539539https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/3/ESTUDIO%20METAGEN%c3%93MICO%20DE%20LA%20DIVERSIDAD%20PROCARIOTA%20Y%20EUCARIOTA%20DE%20AGUA%20Y%20SEDIMENTO%20MARINO%20DE%20LA%20ISLA%20LIVI.pdf8baa02ae3845a6e654d0664aef59f63dMD53open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-814828https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/4/license.txt2f9959eaf5b71fae44bbf9ec84150c7aMD54open accessTEXTCartas derechos de autor.pdf.txtCartas derechos de autor.pdf.txtExtracted texttext/plain2https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/5/Cartas%20derechos%20de%20autor.pdf.txte1c06d85ae7b8b032bef47e42e4c08f9MD55metadata only accessMunoz X, Macana N. 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ESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MA.pdf.txtExtracted texttext/plain174690https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/7/Munoz%20X%2c%20Macana%20N.%20ESTUDIO%20METAGEN%c3%93MICO%20DE%20LA%20DIVERSIDAD%20PROCARIOTA%20Y%20EUCARIOTA%20DE%20AGUA%20Y%20SEDIMENTO%20MA.pdf.txta049a9e28c8844343e92e5a12fcd3234MD57open accessESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MARINO DE LA ISLA LIVI.pdf.txtESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MARINO DE LA ISLA LIVI.pdf.txtExtracted texttext/plain26704https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/9/ESTUDIO%20METAGEN%c3%93MICO%20DE%20LA%20DIVERSIDAD%20PROCARIOTA%20Y%20EUCARIOTA%20DE%20AGUA%20Y%20SEDIMENTO%20MARINO%20DE%20LA%20ISLA%20LIVI.pdf.txte36ca317e82447508e0c129ee8244692MD59open accessTHUMBNAILCartas derechos de autor.pdf.jpgCartas derechos de autor.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg6984https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/6/Cartas%20derechos%20de%20autor.pdf.jpgee1bb1e420220ed317d65540acf5c897MD56metadata only accessMunoz X, Macana N. 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ESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MA.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg7073https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/8/Munoz%20X%2c%20Macana%20N.%20ESTUDIO%20METAGEN%c3%93MICO%20DE%20LA%20DIVERSIDAD%20PROCARIOTA%20Y%20EUCARIOTA%20DE%20AGUA%20Y%20SEDIMENTO%20MA.pdf.jpg8b214d84d7c60412159299a69a1690d7MD58open accessESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MARINO DE LA ISLA LIVI.pdf.jpgESTUDIO METAGENÓMICO DE LA DIVERSIDAD PROCARIOTA Y EUCARIOTA DE AGUA Y SEDIMENTO MARINO DE LA ISLA LIVI.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg5975https://repositorio.unicolmayor.edu.co/bitstream/unicolmayor/3565/10/ESTUDIO%20METAGEN%c3%93MICO%20DE%20LA%20DIVERSIDAD%20PROCARIOTA%20Y%20EUCARIOTA%20DE%20AGUA%20Y%20SEDIMENTO%20MARINO%20DE%20LA%20ISLA%20LIVI.pdf.jpg1993fecf246cf861c2689a9f4b3abeacMD510open accessunicolmayor/3565oai:repositorio.unicolmayor.edu.co:unicolmayor/35652021-10-28 03:00:56.714An error occurred on the license name.|||https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/metadata only accessBiblioteca Digital 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