Mejoramiento del cepario de la universidad Colegio Mayor de Cundinamarca mediante la caracterización molecular de la colección de cepas gram negativas
Los métodos moleculares se han establecido como procedimientos que verifican la identificación fenotípica, cuando se necesita la identidad exacta de un microorganismo. La Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca cuenta con una colección de 97 bacterias, que reposan en el Laboratorio Central, todas...
- Autores:
-
Guzmán Arias, Laura Carolina
Moreno Muñoz, Diego Alejandro
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2018
- Institución:
- Colegio Mayor de Cundinamarca
- Repositorio:
- Repositorio Colegio Mayor de Cundinamarca
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.unicolmayor.edu.co:unicolmayor/4790
- Acceso en línea:
- https://repositorio.unicolmayor.edu.co/handle/unicolmayor/4790
- Palabra clave:
- Métodos moleculares
Microorganismo
Cepario
Bacterias Gram negativas
Fenotipificación
ADN
PCR
Secuenciación
- Rights
- closedAccess
- License
- Derechos Reservados - Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2018
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Los métodos moleculares se han establecido como procedimientos que verifican la identificación fenotípica, cuando se necesita la identidad exacta de un microorganismo. La Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca cuenta con una colección de 97 bacterias, que reposan en el Laboratorio Central, todas ellas, manejadas de acuerdo con los protocolos internacionales y niveles de bioseguridad descritos por el CDC de Atlanta. Su identificación actualmente está suministrada por fenotipificación con pruebas bioquímicas por medio del Sistema rápido BBL Crystal. El objetivo de este proyecto fue fortalecer la colección de 41 cepas bacterianas Gram negativas, mediante la identificación molecular de las bacterias. La metodología utilizada fue la obtención de ADN total con el Kit: Zymo Research Quick-DNA Universal, la amplificación del producto de la extracción mediante PCR con evaluación por electroforesis en gel de agarosa 2% con Buffer TAE 1X. El producto de PCR fue enviado al centro de investigación CorpoGen, donde fue secuenciado con los primers 16S8F y 16S-1492R y su edición se realizó con el programa Chromas Lite (versión 2.6.5). Las secuencias editadas, fueron comparadas con las bases de datos pertenecientes al GenBank del NCBI (USA) con el algoritmo BLASTn, asumiendo una identidad significativa superior o igual al 97%.Los resultados obtenidos permitieron identificar molecularmente 17 bacterias, 6 de ellas hasta género, y 11 hasta especie. Las 9 bacterias restantes, arrojaron resultados erráticos. A futuro, se espera establecer una nueva base de datos para posterior registro de la Colección. |
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Sánchez Leal, Sánchez Leal020250ba74076befd6f5c2d04506cbeb600Guzmán Arias, Laura Carolina3cf7d1df4c622960b86d10ff677d4eaeMoreno Muñoz, Diego Alejandrobf300eb2f588f1e25c20c21ae835e8812022-03-09T14:51:58Z2022-03-09T14:51:58Z2018https://repositorio.unicolmayor.edu.co/handle/unicolmayor/479058434Los métodos moleculares se han establecido como procedimientos que verifican la identificación fenotípica, cuando se necesita la identidad exacta de un microorganismo. La Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca cuenta con una colección de 97 bacterias, que reposan en el Laboratorio Central, todas ellas, manejadas de acuerdo con los protocolos internacionales y niveles de bioseguridad descritos por el CDC de Atlanta. Su identificación actualmente está suministrada por fenotipificación con pruebas bioquímicas por medio del Sistema rápido BBL Crystal. El objetivo de este proyecto fue fortalecer la colección de 41 cepas bacterianas Gram negativas, mediante la identificación molecular de las bacterias. La metodología utilizada fue la obtención de ADN total con el Kit: Zymo Research Quick-DNA Universal, la amplificación del producto de la extracción mediante PCR con evaluación por electroforesis en gel de agarosa 2% con Buffer TAE 1X. El producto de PCR fue enviado al centro de investigación CorpoGen, donde fue secuenciado con los primers 16S8F y 16S-1492R y su edición se realizó con el programa Chromas Lite (versión 2.6.5). Las secuencias editadas, fueron comparadas con las bases de datos pertenecientes al GenBank del NCBI (USA) con el algoritmo BLASTn, asumiendo una identidad significativa superior o igual al 97%.Los resultados obtenidos permitieron identificar molecularmente 17 bacterias, 6 de ellas hasta género, y 11 hasta especie. Las 9 bacterias restantes, arrojaron resultados erráticos. A futuro, se espera establecer una nueva base de datos para posterior registro de la Colección.CONTENIDO INTRODUCCIÓN 3 OBJETIVOS 5 OBJETIVO GENERAL 5 OBJETIVOS ESPECÍFICOS 5 1. ANTECEDENTES 6 2. MARCO REFERENCIAL 12 2.1 Generalidades de los bancos de cepas a nivel mundial 12 2.3. Historia, estructura, documentación y registro de la Colección de Microorganismos de la UCMC 17 2.4. Generalidades de las bacterias Gram negativas en estudio 21 2.4.1 Familia Enterobacteriaceae. 21 Escherichia coli 22 Shigella spp. 22 Salmonella spp. 22 Citrobacter spp. 23 Enterobacter spp. 24 Klebsiella spp. 24 Providencia y Morganella spp. 24 Pantoea spp. 25 Hafnia spp. 25 Proteus spp. 25 Yersinia spp. 26 2.4.2 Familia Pseudomonadaceae. 26 Pseudomona spp. 26 Burkholderia spp. 27 Xantomonas spp. 27 Stenotrophomona spp. 28 Acinetobacter spp. 28 2.4.3 Familia Vibrionaceae 29 Vibrio spp. 29 Aeromonas spp. 29 Plesiomonas spp. 30 2.3. Técnicas Fenotípicas de identificación de los microorganismos en estudio 30 2.3.1 Características microscópicas. 31 2.3.2 Características macroscópicas. 31 2.3.3. Identificación por pruebas bioquímicas. 33 2. 4 Técnicas de caracterización molecular, historia, avances y desarrollo. 38 2.4.1. Conformación molecular bacteriana. 38 2.4.2. Características del gen 16 S. 39 2.4.3. Reacción en Cadena de la Polimerasa - PCR. 40 Extracción de DNA. 41 Electroforesis. 42 Secuenciación. 43 Secuenciación mediante Sanger. 43 Aspectos de la identificación bacteriana mediante secuenciación del ADNr 16S. 44 Bases de datos y estrategias de análisis. 44 Bases de datos generales 45 3. DISEÑO METODOLÓGICO 47 3.1 Tipo de investigación 47 3.2 Universo, población, muestra 47 3.3. Hipótesis, variables, indicadores 47 3.4. Técnicas y procedimientos 48 4. RESULTADOS 56 5. DISCUSIÓN 78 6. CONCLUSIONES 84 BIBLIOGRAFIA 85 Anexos 101PregradoBacteriólogo(a) y Laboratorista Clínico114p.application/pdfspaUniversidad Colegio Mayor de CundinamarcaFacultad de Ciencias de la SaludBogotá D.CBacteriología y Laboratorio ClínicoDerechos Reservados - Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2018https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/closedAccessAtribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-NC-SA 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_14cbMejoramiento del cepario de la universidad Colegio Mayor de Cundinamarca mediante la caracterización molecular de la colección de cepas gram negativasTrabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Textinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttps://purl.org/redcol/resource_type/TPinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionJ. Mauricio, M. Herrera Cuadra. 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