Linkage disequilibrium, population stratification and patterns of ancestry in simmental cattle
El uso masivo de pocos toros en programas de inseminación artificial afecta la composición y la estructura genética de una población. El objetivo de este estudio fue estimar la diversidad genética, estratificación genética, patrones de ancestría y el desequilibrio de ligamiento en ganado Simmental....
- Autores:
-
Amaya, Alejandro
Burgos, W. O.
Martínez, Rodrigo Alfredo
Cerón Muñoz, Mario Fernando
- Tipo de recurso:
- Article of journal
- Fecha de publicación:
- 2020
- Institución:
- Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A
- Repositorio:
- Repositorio Institucional UDCA
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- Acceso en línea:
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- Palabra clave:
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El uso masivo de pocos toros en programas de inseminación artificial afecta la composición y la estructura genética de una población. El objetivo de este estudio fue estimar la diversidad genética, estratificación genética, patrones de ancestría y el desequilibrio de ligamiento en ganado Simmental. Una muestra de 233 animales genotipados con 30106 marcadores tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP) fue usada. Los patrones de subdivisión genética y ancestría fueron estimados a través de análisis de componentes principales y probabilidades de asignación a grupos genéticos. El desequilibrio de ligamiento fue estimado como el cuadrado del coeficiente de correlación entre los SNP. El análisis por componentes principales no mostró patrones de subdivisión genética dentro de la población Simmental de Colombia. Sin embargo, el análisis de ancestría identificó una subdivisión genética de de tres grupos. Un valor de 0.3 para desequilibrio de ligamiento fue encontrado a una distancia de 33 kb. Los resultados permiten evidenciar el cambio en la estructura genética de una población debido al uso e importación de material genético proveniente de poblaciones que difieren en objetivos de cría y criterios de selección. |
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Amaya, AlejandroBurgos, W. O.Martínez, Rodrigo AlfredoCerón Muñoz, Mario Fernando2020-05-05T21:01:45Z2020-05-05T21:01:45Z2020Amaya, A., Burgos, W., Martínez, R., Cerón-Muñoz, M. Linkage disequilibrium, population stratification and patterns of ancestry in simmental cattle [Article@Desequilibrio de ligamiento, estratificación y patrones de ancestría en ganado simmental] (2020) Archivos de Zootecnia, 69 (266), pp. 148-154.https://www.uco.es/ucopress/az/index.php/az/article/view/510910.21071/az.v69i266.5109El uso masivo de pocos toros en programas de inseminación artificial afecta la composición y la estructura genética de una población. El objetivo de este estudio fue estimar la diversidad genética, estratificación genética, patrones de ancestría y el desequilibrio de ligamiento en ganado Simmental. Una muestra de 233 animales genotipados con 30106 marcadores tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP) fue usada. Los patrones de subdivisión genética y ancestría fueron estimados a través de análisis de componentes principales y probabilidades de asignación a grupos genéticos. El desequilibrio de ligamiento fue estimado como el cuadrado del coeficiente de correlación entre los SNP. El análisis por componentes principales no mostró patrones de subdivisión genética dentro de la población Simmental de Colombia. Sin embargo, el análisis de ancestría identificó una subdivisión genética de de tres grupos. Un valor de 0.3 para desequilibrio de ligamiento fue encontrado a una distancia de 33 kb. Los resultados permiten evidenciar el cambio en la estructura genética de una población debido al uso e importación de material genético proveniente de poblaciones que difieren en objetivos de cría y criterios de selección.The massive use of a few bulls in artificial insemination programs affects the structure and genetic composition of a population. The aim of this study was to estimate the genetic diversity, population stratifi-cation, patterns of ancestry and linkage disequilibrium in Simmental cattle. A sample of 233 genotyped animals with 30.106 single nucleotide polymorphism (SNP) was used. Principal components analysis and probabilistic assignments were performed to estimate patterns of genetic subdivision and ancestry. Linkage disequilibrium was estimated as the square of the genetic correlation coefficient between SNP´s. The principal components analysis did not show genetic subdivision patterns within the population. However, the analysis of ancestry showed a genetic subdivision of three groups. A value of 0.3 for linkage disequilibrium was found at a distance of 33 kb. Results indicate that imported genetic material from populations with different breeding goals and selection criteria could contribute to changes on genetic structure.application/pdfengArchivos de Zootecnia;Vol.69, No.266, 2020, Páginas 148-154AgriculturaDerechos Reservados - Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientaleshttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessAtribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-NC-SA 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2https://www.uco.es/ucopress/az/index.php/az/article/view/5109https://www.scopus.com/search/form.uri?display=basicLinkage disequilibrium, population stratification and patterns of ancestry in simmental cattleDesequilibrio de ligamiento, estratificación y patrones de ancestría en ganado simmentalArtículo de revistahttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/ARThttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85AdmixtureCrossbreedingGenetic diverstyGenomicsPrincipal component analysisCruzamientoDiversidad genéticaGenómicaAnálisis de componentesLigamiento genéticoPublicationORIGINAL5109-12406-1-PB.pdf5109-12406-1-PB.pdfapplication/pdf438197https://repository.udca.edu.co/bitstreams/b126e188-e51b-499b-b46b-2b5e776549a5/downloadefd18838b66b86ef25be2fe30ef16ebeMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-814775https://repository.udca.edu.co/bitstreams/0345bb9d-be01-400b-981e-44825c8b3b6a/downloadf661acf14bedbf9f5d13897a0387e751MD52TEXT5109-12406-1-PB.pdf.txt5109-12406-1-PB.pdf.txtExtracted 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