Linkage disequilibrium, population stratification and patterns of ancestry in simmental cattle

El uso masivo de pocos toros en programas de inseminación artificial afecta la composición y la estructura genética de una población. El objetivo de este estudio fue estimar la diversidad genética, estratificación genética, patrones de ancestría y el desequilibrio de ligamiento en ganado Simmental. Una muestra de 233 animales genotipados con 30106 marcadores tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP) fue usada. Los patrones de subdivisión genética y ancestría fueron estimados a través de análisis de componentes principales y probabilidades de asignación a grupos genéticos. El desequilibrio de ligamiento fue estimado como el cuadrado del coeficiente de correlación entre los SNP. El análisis por componentes principales no mostró patrones de subdivisión genética dentro de la población Simmental de Colombia. Sin embargo, el análisis de ancestría identificó una subdivisión genética de de tres grupos. Un valor de 0.3 para desequilibrio de ligamiento fue encontrado a una distancia de 33 kb. Los resultados permiten evidenciar el cambio en la estructura genética de una población debido al uso e importación de material genético proveniente de poblaciones que difieren en objetivos de cría y criterios de selección.

• Autores: Amaya, Alejandro; Burgos, W. O.; Martínez, Rodrigo Alfredo; Cerón Muñoz, Mario Fernando
• Tipo de recurso: Article of journal
• Fecha de publicación: 2020
• Institución: Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A
• Repositorio: Repositorio Institucional UDCA
• Idioma: eng
• OAI Identifier: oai:repository.udca.edu.co:11158/3226
• Acceso en línea: https://www.uco.es/ucopress/az/index.php/az/article/view/5109
• Palabra clave: Admixture; Crossbreeding; Genetic diversty; Genomics; Principal component analysis; Cruzamiento; Diversidad genética; Genómica; Análisis de componentes; Ligamiento genético
• Rights: openAccess
• License: Derechos Reservados - Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales