Análisis transcriptomico de larvas Rhipicephalus sanguineus sensu lato provenientes del norte, occidente y oriente de la República de Colombia - modalidad Investigación

Las garrapatas pertenecientes al complejo de Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l) incluye especies distribuidas a nivel mundial consideradas vectores de agentes importantes que afectan a los seres humanos y animales. Entre sus características ecológicas, estas especies de garrapatas presentan una gran capacidad de dispersión, lo que lleva a una mayor densidad de población. Pocos estudios se centran en identificar la expresión génica en relación con las condiciones ecológicas y los estadios de desarrollo. Por consiguiente, este estudio busco realizar perfiles de expresion transcriptomico de garrapatas de cuatro regiones ecológicas de Colombia. Para establecer las colonias en el laboratorio se recolectaron teleóginas de perros infestados que se ubicaban en las diferentes regiones. Posteriormente, las larvas colonizantes (QL) (Questing larvae) y las larvas ingurgitadas (LE) desprendidas de conejos desafiados se colectaron y conservaron a -80°C. De estos ejemplares se extrajo el ARN total que se cuantifico con Qubit y analizó LabChip. El perfil de expresión génica de los estadios se realizó empleando el ARN extraído para secuenciar la porción del extremo 3' del ARNm mediante MACE-seq (Massive Analysis of cDNA Ends), en la plataforma NextSeq empleando el kit Rapid MACE-Seq (GenXPro GmbH, Alemania) siguiendo las instrucciones del fabricante. Así, se produjeron ocho bibliotecas de transcriptoma de las cuales se eliminaron las regiones duplicadas de PCR y los datos sin procesar. Las lecturas restantes se recortaron con poli (A) y se descartaron las lecturas de baja calidad. Las lecturas limpias se alinearon con el genoma de R. sanguineus (ASM1333969v1), se anotaron y se predijeron las proteínas generando los hits de expresión. Las bibliotecas se normalizaron y compararon entre QL y EL por cada región utilizando DEseq2. El análisis de expresión diferencial con un padj <0,05 evidencio 233 transcriptos significativos. El Blastp contra proteínas no redundantes mostró la anotación de proteínas que estaban involucradas en la función mitocondrial, obtención de energía en forma de ATP, degradación de carbohidratos y función ribosomal. Se identificaron términos GO asociados con la transcripción y traducción a proteínas, procesos asociados al metabolismo del nitrógeno y biosíntesis celular. Este enfoque revela un nuevo grupo de transcritos que se expresan en los estadios QL y EL de diferentes regiones ecológicas de Colombia.

• Autores: Piñeros Avila, Marco Antonio
• Tipo de recurso: Trabajo de grado de pregrado
• Fecha de publicación: 2022
• Institución: Universidad de Ciencias Aplicadas y Ambientales U.D.C.A
• Repositorio: Repositorio Institucional UDCA
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repository.udca.edu.co:11158/4485
• Acceso en línea: https://repository.udca.edu.co/handle/11158/4485; https://repository.udca.edu.co
• Palabra clave: Rhipicephalus sanguineus; Transcriptomas; Recursos genéticos animales
• Rights: openAccess
• License: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/legalcode.es