Detección de genes nifh y phod en bacterias endófitas y epífitas aisladas a partir de ricinus communis y plukenetia volubilis.
114 p.
- Autores:
-
Toledo Bustamante, Franck Giovanny
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad de Santander
- Repositorio:
- Repositorio Universidad de Santander
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.udes.edu.co:001/3746
- Acceso en línea:
- https://repositorio.udes.edu.co/handle/001/3746
- Palabra clave:
- PCR
nifH
PhoD
Plukenetia volubilis
Ricinus communis
Nitrogen fixing
Phosphate solubilitation
PGPB
Gene
- Rights
- openAccess
- License
- Derechos Reservados - Universidad de Santander, 2019
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Detección de genes nifh y phod en bacterias endófitas y epífitas aisladas a partir de ricinus communis y plukenetia volubilis. PCR nifH PhoD Plukenetia volubilis Ricinus communis Nitrogen fixing Phosphate solubilitation PGPB Gene |
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Valdivieso Quintero, Wilfredo869192ef-b635-464e-91ff-f62395e0944c-1Toledo Bustamante, Franck Giovanny74fb795c-9f5e-452a-9fe3-ddf5d5b0662b-12019-09-20T13:47:04Z2019-09-20T13:47:04Z2019-06-26114 p.La necesidad de la sociedad por buscar nuevas fuentes de farmanutrición y fuentes de combustibles ha fijado su atención en las plantas Plukenetia volubilis y Ricinus communis; dos plantas oleaginosas que producen semillas ricas en aceites de interés industrial, estas poseen la característica de crecer y desarrollarse en diversas condiciones medioambientales, esta peculiar característica puede verse influenciada por los microorganismos que se asocian a ella, quienes pueden aportar nitrógeno y/o fósforo a las plantas por medio de los ciclos biológicos “fijación de nitrógeno y solubilización de fosfatos”, para llevar a cabo estos procesos los microorganismos utilizan las enzimas fosfatasas y nitrogenasas respectivamente, codificadas en el genoma bacteriano por los genes phoD y nifH. El presente estudio busca identificar el potencial para fijar nitrógeno y solubilizar fosfatos en bacterias aisladas a partir de Ricinus communis y Plukenetia volubilis, por medio de la detección de los genes nifH y phoD. Para la detección de los genes se diseñaron 3 pares de oligonucleótidos puestos a prueba con 32 cepas aisladas a partir de Ricinus communis y Plukenetia volubilis de las cuales se encontraron 6 microorganismos con amplificados sugestivos del mismo tamaño de la banda esperada para los oligonucleótidos de nifH, 2 sugestivos con gen gln y 8 microorganismos con amplificados del mismo tamaño de la banda esperada para los oligonucleótidos de phoD.The need of the society to find new sources of farmnutrition and sources of fuels has focused its attention in the plants Plukenetia volubilis and Ricinus communis; two oil plants that produce seeds rich in oils of industrial interest, these two plants have the characteristic of growing and developing in diverse environmental conditions, this peculiar characteristic can be influenced by microorganisms that are associated with it, who can contribute nitrogen and/or phosphorus to the plants through the biological cycles "nitrogen fixation and solubilization of phosphates", to carry out these processes the microorganisms use the phosphatases and nitrogenous enzymes respectively, encoded in the bacterial genome by the nifH and phoD genes. The present study seeks to identify the potential to fix nitrogen and solubilize phosphates in bacteria isolated from Ricinus communis and Plukenetia volubilis, by means of the detection of the nifH and phoD genes. For the detection of genes, 3 pairs of oligonucleotides were designed with 32 strains isolated from Ricinus communis and Plukenetia volubilis, of which 6 microorganisms with suggestive amplifications of the same size of the expected band were found for the oligonucleoetides of nifH, 2 suggestive with gln gene and 8 microorganisms with suggestive amplifications of the same size as the expected band for phoD oligonucleotides.PregradoMicrobiólogo Industrial1. INTRODUCCIÓN ........................................................................................................ 15 2. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA ................................................................... 18 3. JUSTIFICACIÓN ........................................................................................................ 21 4. MARCO TEÓRICO .................................................................................................... 24 4.1 Plukenetia volubilis. .................................................................................................. 24 4.2 Ricinus communis. .................................................................................................... 26 4.3 Ricinus communis y Plukenetia volubilis en Colombia .......................................... 28 4.4 Metabolismo y requerimientos para la producción de aceite. .............................. 31 4.5 Factores medio ambientales. .................................................................................... 35 4.6 Factores microbiológicos. ......................................................................................... 36 4.7 Fijación de nitrógeno. ............................................................................................... 38 4.8 Solubilización de fosfatos ......................................................................................... 39 4.9 Pruebas para la identificación de la capacidad fijadora de nitrógeno ................ 41 4.10 Pruebas para la identificación de la capacidad de solubilizar fosfatos ............ 41 4.11 Identificación molecular de genes de nitrogenasa y fosfatasas. ........................ 42 5. MARCO REFERENCIAL .......................................................................................... 44 6. HIPÓTESIS .................................................................................................................. 46 7. OBJETIVOS ................................................................................................................. 47 7.1 Objetivo general ........................................................................................................ 47 7.2 Objetivos específicos ................................................................................................. 47 8. METODOLOGÍA ........................................................................................................ 48 8.1 Selección de microorganismos de referencia.......................................................... 48 8.2 Recopilación de secuencias ...................................................................................... 49 8.3 Identificación de regiones conservadas................................................................... 50 8.4 Diseño y evaluación de oligonucleótidos ................................................................. 50 8.5 Extracción de ADN microorganismos de referencia ............................................. 52 8.6 Estandarización de PCR .......................................................................................... 53 8.7 Amplificación de microorganismos potenciales a fijar nitrógeno y solubilizar fosfatos con los oligonucleótidos diseñados ........................................................................... 55 8.8 Secuenciación de amplificados ................................................................................ 55 9 RESULTADOS .................................................................................................................... 57 9.1 Selección de microorganismos de referencia.......................................................... 57 9.2 Recopilación de secuencias ...................................................................................... 59 9.3 Identificación de regiones conservadas................................................................... 59 9.4 Diseño y evaluación de oligonucleótidos ................................................................. 63 9.5 Extracción de ADN microorganismos de referencia ............................................. 66 9.6 Estandarización de PCR .......................................................................................... 66 9.7 Amplificación de genes nifH y phoD microorganismos potenciales a fijar nitrógeno y solubilizar fosfatos con los oligonucleótidos diseñados ................................... 70 9.8 Secuenciación de amplificados ................................................................................ 76 10 DISCUSIÓN .................................................................................................................. 77 11 CONCLUSIONES ........................................................................................................ 82 12 REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS ....................................................................... 83 13 ANEXOS ..................................................................................................................... 100Ej. 1application/pdfT 33.19 T652dhttps://repositorio.udes.edu.co/handle/001/3746spaFacultad de Ciencias Exactas, Naturales y AgropecuariasMicrobiología IndustrialEmmyrafedziawati, & Stella. 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