Determinación de Cuatro Mutaciones de Interés de Sars-CoV-2 en Muestras Recibidas por el Laboratorio de Salud Pública Departamental de Norte de Santander Durante el 2021-2022
Digital
- Autores:
-
Jaimes-Arguello, Luis Antonio
Orozco-Castaño, Cristian Alberto
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2022
- Institución:
- Universidad de Santander
- Repositorio:
- Repositorio Universidad de Santander
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- Palabra clave:
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En esta investigación se centró en determinar cuatro mutaciones de interés de SARS-CoV-2, para conocer si estas se encontraban presentes en las muestras recibidas por el laboratorio de salud pública departamental de Norte de Santander, la correlación entre estas mutaciones y las variantes circulantes en el territorio anteriormente mencionado. De manera consecutiva con el fin de identificar la presencia de las mutaciones N501Y, V1176F, E484K y K417N mediante una detección de SNP en ensayos basados en curvas melting. El propósito de este estudio se basó en la determinación de las cuatro mutaciones de interés relacionadas al COVID 19 con el fin determinar cuatro mutaciones de interés de SARS-CoV-2. Implementando un nivel descriptivo, con un diseño de Investigación de campo donde la población consta de las muestras llevadas al Laboratorio de salud pública departamental. Por medio del análisis que se presentó se puedo observar cómo las mutaciones que tienen una mayor prevalencia son N501Y y la E484K, contrastando con los resultados de V1176F, cuya frecuencia a lo largo de los meses es inferior y con K417N la cual registra una ligera positividad finalizando el año 2021. Por consiguiente, de las 1668 muestras que se utilizaron, se resalta la selección de 1375 lo que equivale a un 82,43% las cuales cumplían con las condiciones óptimas establecidas. Un 33,67% a una posible DELTA, un 16,65% equivalente a una posible variante BETA.After the pandemic generated by the COVID 19 virus, scientifically known as Sars CoV-2, during the last years there have been many questions regarding its mutations and their dependent variants, as well as how these mutations develop over time. This research focused on determining four mutations of interest of SARS-CoV-2, to know if these were present in the samples received by the departmental public health laboratory of Norte de Santander, the correlation between these mutations and the circulating variants in the aforementioned territory. Consecutively in order to identify the presence of N501Y, V1176F, E484K and K417N mutations by SNP detection in melting curve based assays. The purpose of this study was based on the determination of the four COVID 19-related mutations of interest in order to determine four SARS-CoV-2 mutations of interest. Implementing a descriptive level, with a field research design where the population consists of samples taken to the departmental public health laboratory. Through the analysis presented, it was possible to observe how the mutations that have a higher prevalence are N501Y and E484K, contrasting with the results of V1176F, whose frequency over the months is lower and with K417N which registers a slight positivity at the end of the year 2021.Therefore, of the 1,668 samples that were used, the selection of 1,375 is highlighted, which is equivalent to 82.43%, which met the optimal conditions established. 33.67% to a possible DELTA, 16.65% equivalent to a possible BETA variant.PregradoBacteriólogo(a) y Laboratorista ClínicoTabla de Contenido Resumen 19 Summary 20 Introducción 23 El Problema 25 Planteamiento del Problema. 25 Formulación del Problema 28 Objetivos 28 Objetivo general 28 Objetivos específicos 28 Justificación 29 Marco Referencial 31 Antecedentes de la Investigación 31 Internacionales 31 Marco Teórico 38 Diagnóstico de SARS-CoV-2. 40 Variantes y mutaciones de SARS-CoV-2. 43 Marco Conceptual. 57 Marco Contextual 60 Sistema de Hipótesis 61 Operacionalización de la Variable 63 Tipo de Investigación 65 Nivel de la Investigación 65 Diseño de la Investigación 65 Métodos 66 Procedimiento de la RT-PCR y la identificación de las mutaciones 66 Población y Muestra 70 Población 70 Muestra 70 Instrumentos de Recolección de Datos 70 Técnicas de Procesamiento y Análisis de los Datos 71 Análisis e Interpretación de los Resultados 72 Resultados e Interpretación de los Resultados 72 Identificación de SARS-CoV-2 positivo en muestras recibidas por el laboratorio de salud pública departamental mediante detección de Gen E por RT-PCR. 72 Identificar la presencia de las mutaciones N501Y, V1176F, E484K y K417N mediante RT-PCR y análisis de curvas Melting. 73 Mutación N501Y 74 Mutación E484K 75 Mutación V1176F 76 Mutación K417N 77 Discusión de Resultados 82 Conclusiones y Recomendaciones 87 Conclusiones 87 Recomendaciones 8985 papplication/pdfapplication/mswordUniversidad de SantanderT 17.22 J145dRepositorio Digital Universidad de Santanderhttps://repositorio.udes.edu.cohttps://repositorio.udes.edu.co/handle/001/9315spaUniversidad de SantanderCúcutaFacultad de Ciencias Médicas y de la SaludCúcuta, ColombiaBacteriología y Laboratorio Clínico1. 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Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/Sars-CoV-2N501YV1176FE484KK417NDeterminación de Cuatro Mutaciones de Interés de Sars-CoV-2 en Muestras Recibidas por el Laboratorio de Salud Pública Departamental de Norte de Santander Durante el 2021-2022Determination of Four SARS-CoV-2 Mutations of Interest in Samples Received by the Norte de Santander Departmental Public Health Laboratory During 2021-2022Trabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_71e4c1898caa6e32Textinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/redcol/resource_type/TPinfo:eu-repo/semantics/submittedVersionTodas las AudienciasPublicationLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-815543https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/6550e140-d13b-47d7-ba53-55ffce3e0a7f/download73a5432e0b76442b22b026844140d683MD56ORIGINALLabel.pdfLabel.pdfapplication/pdf3206325https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/9d02d665-13be-4656-8ba4-1df9bbd3da8c/download4069f8cf049096b8de9760a736d45debMD57Determinación_de_Cuatro_Mutaciones_de_Interés_de_SarsCoV2_en_Muestras_Recibidas_por_el_Laboratorio_de_Salu_ Pública_Departamental_de_Norte_de_Santander_Durante_el_2021_2022.pdfDeterminación_de_Cuatro_Mutaciones_de_Interés_de_SarsCoV2_en_Muestras_Recibidas_por_el_Laboratorio_de_Salu_ Pública_Departamental_de_Norte_de_Santander_Durante_el_2021_2022.pdfapplication/pdf2999188https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/ccb71527-f213-4bf6-a18e-cab0f59e9f61/download45cb997c6ee11674bcc1c50a61172cb3MD58Determinación_de_Cuatro_Mutaciones_de_Interés_de_SarsCoV2_en_Muestras_Recibidas_por_el_Laboratorio_de_Salu_ Pública_Departamental_de_Norte_de_Santander_Durante_el_2021_2022.docxDeterminación_de_Cuatro_Mutaciones_de_Interés_de_SarsCoV2_en_Muestras_Recibidas_por_el_Laboratorio_de_Salu_ Pública_Departamental_de_Norte_de_Santander_Durante_el_2021_2022.docxapplication/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document5771833https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/94f67369-0788-4026-b8c5-9847d3b864bf/download6e199c902d1180c63b2fdef5d86bc79aMD59Similitud de Texto.pdfSimilitud de Texto.pdfapplication/pdf2676771https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/a2f96064-4e97-4614-816d-90aa4907cde7/download6154c107642d96fdb18d86a387f06d44MD510TEXTLabel.pdf.txtLabel.pdf.txtExtracted texttext/plain917https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/e77ea121-b95e-4635-b838-75090b550b74/download443e4e372221b606e0404a5214a209b3MD511Determinación_de_Cuatro_Mutaciones_de_Interés_de_SarsCoV2_en_Muestras_Recibidas_por_el_Laboratorio_de_Salu_ Pública_Departamental_de_Norte_de_Santander_Durante_el_2021_2022.pdf.txtDeterminación_de_Cuatro_Mutaciones_de_Interés_de_SarsCoV2_en_Muestras_Recibidas_por_el_Laboratorio_de_Salu_ Pública_Departamental_de_Norte_de_Santander_Durante_el_2021_2022.pdf.txtExtracted texttext/plain101548https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/f595b019-517b-4eaf-a16e-68823a72cba2/downloadcfbc66d10814339908a821579bf807e5MD513Determinación_de_Cuatro_Mutaciones_de_Interés_de_SarsCoV2_en_Muestras_Recibidas_por_el_Laboratorio_de_Salu_ Pública_Departamental_de_Norte_de_Santander_Durante_el_2021_2022.docx.txtDeterminación_de_Cuatro_Mutaciones_de_Interés_de_SarsCoV2_en_Muestras_Recibidas_por_el_Laboratorio_de_Salu_ Pública_Departamental_de_Norte_de_Santander_Durante_el_2021_2022.docx.txtExtracted texttext/plain101790https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/dc3e2cb0-fd00-477c-81bd-078f65fc638e/downloadf0657e09ed3c37b3cececc0f8605e26bMD515Similitud de Texto.pdf.txtSimilitud de Texto.pdf.txtExtracted 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Thumbnailimage/jpeg9954https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/3fbcd7a1-287b-4ebd-b592-9f5f0e2e6926/downloadb55340d711ebf3fcf7db42a7df5a242cMD517001/9315oai:repositorio.udes.edu.co:001/93152023-11-03 18:14:44.619https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/Derechos Reservados - Universidad de Santander, 2022. Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.https://repositorio.udes.edu.coRepositorio Universidad de 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