Influencia de Sistemas Buffer en la Interacción de Aptámeros y Células Salmonella enterica subsp. Enterica ser. Typhimurium (S. Typhi)

Introducción: Salmonella entérica subsp. Enterica ser. Typhimurium (S. Typhi) es uno de los agentes etiológicos de una de las enfermedades transmitidas por alimentos conocida como salmonelosis. Como estrategia en la búsqueda de nuevos sistemas diagnósticos se ha estudiado el uso de nucleótidos de ca...

Full description

Autores:: Gómez-Guarnizo, Sharon Sofía

Tipo de recurso:: Trabajo de grado de pregrado

Fecha de publicación:: 2023

Institución:: Universidad de Santander

Repositorio:: Repositorio Universidad de Santander

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description	Introducción: Salmonella entérica subsp. Enterica ser. Typhimurium (S. Typhi) es uno de los agentes etiológicos de una de las enfermedades transmitidas por alimentos conocida como salmonelosis. Como estrategia en la búsqueda de nuevos sistemas diagnósticos se ha estudiado el uso de nucleótidos de cadena sencilla (aptámeros) cuyo desarrollo se realiza por el procedimiento SELEX. Cada grupo de investigación cuenta con sus propios parámetros para el desarrollo del sistema SELEX variando las condiciones de reacción lo que puede influir en los resultados obtenidos. En este trabajo se estudió la influencia de tres diferentes buffers y cuatro concentraciones de cloruro de magnesio en la capacidad de unión de una biblioteca de secuencias aleatorias de ADN de cadena sencilla (SAACS) a las células de Salmonella enterica. Materiales y Métodos: las células de Salmonella Typhimurium fueron incubadas simultáneamente con una biblioteca de oligonucleótidos de cadena sencilla en presencia de PBS, TBS o buffer TK o en presencia de concentraciones crecientes de MgCl2. Luego de la exposición se realizó la separación las secuencias unidas a las bacterias de las no unidas (o unidas débilmente) mediante centrifugación para ser cuantificadas posteriormente por qPCR. Se estudiaron también la relación secuencias unidas por células de Salmonella y la significancia de las diferencias encontradas fueron evaluadas por ANOVA. Resultados: no se encontró una influencia significativa en la recuperación de secuencias unidas a las células de S. Typhimurium al utilizar de forma independiente cada uno de los sistemas buffer a una concentración constante de MgCl2, sin embargo, se identificó que una concentración de 2.5 mM de MgCl2 aumenta significativamente el número de secuencias unidas a S. Typhimurium. No obstante, este efecto es limitado puesto que en concentraciones superiores se observó menor recuperación de secuencias. Conclusiones: En este estudio se encontró que la interacción de la biblioteca de SAACS puede unirse de a las células de Salmonella en función de la concentración de MgCl2 más que de la composición del buffer de reacción.
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En este trabajo se estudió la influencia de tres diferentes buffers y cuatro concentraciones de cloruro de magnesio en la capacidad de unión de una biblioteca de secuencias aleatorias de ADN de cadena sencilla (SAACS) a las células de Salmonella enterica. Materiales y Métodos: las células de Salmonella Typhimurium fueron incubadas simultáneamente con una biblioteca de oligonucleótidos de cadena sencilla en presencia de PBS, TBS o buffer TK o en presencia de concentraciones crecientes de MgCl2. Luego de la exposición se realizó la separación las secuencias unidas a las bacterias de las no unidas (o unidas débilmente) mediante centrifugación para ser cuantificadas posteriormente por qPCR. Se estudiaron también la relación secuencias unidas por células de Salmonella y la significancia de las diferencias encontradas fueron evaluadas por ANOVA. Resultados: no se encontró una influencia significativa en la recuperación de secuencias unidas a las células de S. Typhimurium al utilizar de forma independiente cada uno de los sistemas buffer a una concentración constante de MgCl2, sin embargo, se identificó que una concentración de 2.5 mM de MgCl2 aumenta significativamente el número de secuencias unidas a S. Typhimurium. No obstante, este efecto es limitado puesto que en concentraciones superiores se observó menor recuperación de secuencias. Conclusiones: En este estudio se encontró que la interacción de la biblioteca de SAACS puede unirse de a las células de Salmonella en función de la concentración de MgCl2 más que de la composición del buffer de reacción.Introduction: Salmonella enterica subsp. Enterica ser. Typhimurium (S. Typhimurium) is one of the etiological agents of a foodborne illness known as salmonellosis. As a strategy in the search for new diagnostic systems, the use of single-stranded nucleotides (aptamers) developed through the SELEX procedure has been studied. Each research group has its own parameters for the development of the SELEX system, varying reaction conditions, which can influence the results obtained. This study investigated the influence of three different buffers and four concentrations of magnesium chloride on the binding capacity of a library of single-stranded random DNA sequences (SAACS) to Salmonella enterica cells. Materials and Methods: Salmonella Typhimurium cells were incubated simultaneously with a library of single-stranded oligonucleotides in the presence of PBS, TBS, or TK buffer, or in the presence of increasing concentrations of MgCl2. After exposure, the sequences bound to the bacteria were separated from the unbound (or weakly bound) sequences by centrifugation and subsequently quantified by qPCR. The ratio of sequences bound to Salmonella cells and the significance of the differences found were also evaluated by ANOVA. Results: No significant influence was found in the recovery of sequences bound to S. Typhimurium cells when each buffer system was used independently at a constant concentration of MgCl2. However, it was identified that a concentration of 2.5 mM of MgCl2 significantly increases the number of sequences bound to S. Typhimurium. Nevertheless, this effect is limited as higher concentrations were observed to result in lower sequence recovery. Conclusions: In this study, it was found that the interaction of the SAACS library can bind to Salmonella cells depending on the concentration of MgCl2 rather than the composition of the reaction buffer.PregradoMicrobiólogo IndustrialBiotecnología ambiental14 páginasapplication/pdfUniversidad de SantanderT 33.23 G652iRepositorio Digital Universidad de Santanderhttps://repositorio.udes.edu.cohttps://repositorio.udes.edu.co/handle/001/9837spaUniversidad de SantanderBucaramangaFacultad de Ciencias NaturalesBucaramanga, ColombiaMicrobiología IndustrialTombelli S, Minunni M, Mascini M. Analytical applications of aptamers. Biosens Bioelectron. 2005;20(12):2424–34.Byun J. Recent progress and opportunities for nucleic acid aptamers. Vol. 11, Life. MDPI AG; 2021. p. 1–18.Tuerk C, Gold L. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase. Science (1979). 1990;249(4968):505–10.Díaz-Fernández A, Miranda-Castro R, de-los-Santos-Álvarez N, Rodríguez EF, Lobo-Castañón MJ. Focusing aptamer selection on the glycan structure of prostate-specific antigen: Toward more specific detection of prostate cancer. Biosens Bioelectron. 2019;128(December 2018):83–90.Zhao J, Ma Z. Ultrasensitive detection of prostate specific antigen by electrochemical aptasensor using enzyme-free recycling amplification via target-induced catalytic hairpin assembly. Biosens Bioelectron. 2018;102(September 2017):316–20.Ropero-Vega JL, Albiares-Sánchez LJ, León-Sanchez WR, Valdivieso-Quintero W, Flórez-Castillo JM. Detection of Pathogenic E. 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Typhi)Influence of Buffer Systems on the Interaction of Aptamers and Cells Salmonella Enterica Subsp. Enterica ser. Typhimurium (S. Typhimurium)Trabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_71e4c1898caa6e32Textinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/redcol/resource_type/TPinfo:eu-repo/semantics/submittedVersionPublicationLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-815543https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/b765ada7-e1dd-47c3-94db-89674cd2ec6c/download73a5432e0b76442b22b026844140d683MD51ORIGINALLabel.jpgimage/jpeg401992https://repositorio.udes.edu.co/bitstreams/3372f25c-d121-4f01-b0c3-61029dc3fb97/downloada4378dd0b534d91e26d01a24f23f0f58MD518Influencia_de_Sistemas_Buffer_en_la_Interacción_de_Aptámeros_y_Células_Salmonella_enterica_subsp_Enterica_ser_Typhimurium (S. Typhi).pdfInfluencia_de_Sistemas_Buffer_en_la_Interacción_de_Aptámeros_y_Células_Salmonella_enterica_subsp_Enterica_ser_Typhimurium (S. 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Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.https://repositorio.udes.edu.coRepositorio Universidad de 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