Análisis del genoma de influenza aviar H7N3 de la Epizootia 2012-2015 en México (2017)
El virus de la influenza aviar del tipo A H7N3 es una problemática que afecta con mayor impacto a las aves de corral donde pueden adquirir un fenotipo de influenza de alta patogenicidad -- La problemática se ve reflejada cuando estas aves de corral de muchas granjas se ven afectadas por este virus y mueren por la enfermedad o son sacrificadas por bioseguridad lo que se traduce a una pérdida económica y un riesgo en la seguridad alimentaria de muchas poblaciones, siendo los más vulnerables los pequeños productores que abastecen a mercados locales -- Para el caso del brote en México, se reportaron 4.9 millones de aves sacrificadas, donde 358 granjas estaban en riesgo de contagio de sus aves (Aproximadamente 17 millones de aves de corral), esto implicó una pérdida de US$750 millones que se destinaron para atender este caso en particular y los casos que se presentaron hasta el fin del año 2012 -- También hay importancia en el monitoreo a nivel genómico de las cepas H7N3 porque eventualmente pueden ocurrir mutaciones que favorezcan la infección a humanos -- El análisis bioinformático tiene el objetivo de estudiar las posibles mutaciones que desarrolla el virus y comprender bajo qué tipo de selección evolutiva está sometido, este estudio ayuda a entender cómo este agente patógeno desarrolla habilidades para escapar o tener un mayor éxito frente al sistema inmune de su hospedero, además de identificar las posibles diferencias que puedan existir a nivel de genoma entre cada una de los 10 aislamientos comparado con el genoma de referencia y el empleado para el desarrollo de la vacuna empleada durante el brote, adicionalmente se realiza análisis filogenético con estos 10 aislamientos -- Para el desarrollo de este trabajo de grado se emplearon herramientas como GS Mapper, clustal W, Swiss-Model, Pymol, Phypipe, RaxML y Mr Bayes, estas herramientas permiten el cumplimiento de los objetivos propuestos para cada uno de los aislamientos proporcionados por el Instituto de Salud pública de México -- Se obtuvo como resultado que existe una amplia diversificación de la cepa vacunal comparado con los genomas de este estudio, las mutaciones de hemaglutinina presentaron una selección positiva y hay indicios de que el brote del 2012 pudo provenir de los Estados Unidos