A3DEcol: Ambiente 3D para simulación de dinámicas de crecimiento E.Coli (2021)
Estudios recientes describen la división bacteriana como un proceso de salto que se desencadena cuando alcanza un número fijo de eventos estocásticos discretos a una tasa que depende del tamaño de la célula. Este enfoque teórico ha permitido el cálculo de la dinámica del tamaño celular con precisión arbitraria con múltiples aplicaciones en el modelado de sistemas biológicos. Las herramientas computacionales para modelar esta división bacteriana incluyen PyEcoLib, una biblioteca basada en lenguaje Python para calcular el tamaño de las células bacterianas. Esta biblioteca tiene una amplia aplicación ya que se puede acoplar a otros simuladores, pero está dirigida a un usuario con avanzados conocimientos de modelado matemático y los resultados que proporciona son cuantitativos y de difícil interpretación. A3dEcol es un ambiente creado en Unity como una extensión de PyEcoLib. Su principal objetivo es presentar animaciones de la dinámica de tamaño a través de una interfaz gráfica que permita una comparación entre teoría y experimentos. La interfaz tiene como objetivo proporcionar herramientas gráficas a los usuarios, especialmente a los biólogos y otros usuarios con poca experiencia en programación. Entre las propiedades de la herramienta gráfica, se pretende presentar las simulaciones en perspectiva 3D para brindar una interfaz visual que permita a los usuarios un monitoreo dinámico de bacterias con posibilidad de interactuar con cada célula, mejorando la comprensión del crecimiento y proliferación de bacterias.