Análisis de un perfil de expresión génica común entre enfermedad pulmonar intersticial fibrosante y cáncer de pulmón de célula no pequeña
Introducción: El cáncer pulmonar de célula no pequeña (CPCNP) y las enfermedades pulmonares intersticiales fibrosantes (EPIF) son dos entidades que representan una alta morbimortalidad, de especial interés en los últimos años por los estudios fisiopatológicos y moleculares basados en sus similitudes...
- Autores:
- Tipo de recurso:
- masterThesis
- Fecha de publicación:
- 2023
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
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- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/66103
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10554/66103
- Palabra clave:
- Cáncer de pulmón de célula no pequeña
Enfermedad pulmonar intersticial fibrosante
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Análisis de un perfil de expresión génica común entre enfermedad pulmonar intersticial fibrosante y cáncer de pulmón de célula no pequeña Izquierdo Orozco, María Alejandra Cáncer de pulmón de célula no pequeña Enfermedad pulmonar intersticial fibrosante genes diferencialmente expresados patrón de conectividad biomarcador Non-small cell lung cancer fibrotic interstitial lung diseases Fibrotic ILD differentially expressed genes DEGs connectivity pattern biomarker Maestría en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas |
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Cáncer de pulmón de célula no pequeña Enfermedad pulmonar intersticial fibrosante genes diferencialmente expresados patrón de conectividad biomarcador Non-small cell lung cancer fibrotic interstitial lung diseases Fibrotic ILD differentially expressed genes DEGs connectivity pattern biomarker Maestría en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas |
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Cáncer de pulmón de célula no pequeña Enfermedad pulmonar intersticial fibrosante genes diferencialmente expresados patrón de conectividad biomarcador Non-small cell lung cancer fibrotic interstitial lung diseases Fibrotic ILD differentially expressed genes DEGs connectivity pattern biomarker Maestría en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas |
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Introducción: El cáncer pulmonar de célula no pequeña (CPCNP) y las enfermedades pulmonares intersticiales fibrosantes (EPIF) son dos entidades que representan una alta morbimortalidad, de especial interés en los últimos años por los estudios fisiopatológicos y moleculares basados en sus similitudes biológicas, la mayor incidencia de CPCNP en los pacientes con EPIF y la descripción de nuevos biomarcadores y tratamientos que permiten una mejoría en la sobrevida de los pacientes. Una aproximación al estudio de estas enfermedades es el análisis bioinformático de patrones de conectividad común de genes diferencialmente expresados (DEGs) entre ambas enfermedades. En este trabajo se plantea la verificación experimental de los hallazgos descritos previamente en muestras biológicas obtenidas a partir de pacientes con diagnóstico de EPIF y CPCNP. Objetivo General: Analizar los perfiles de expresión génica de IRF1, MET, CYP4F12, HEXA, RBPMS, FEZ2, PTGER2 y MATK en muestras de tejido pulmonar de pacientes con EPIF y CPCNP. Metodología: Se realizó la búsqueda y selección de muestras de tejido pulmonar de pacientes con diagnóstico anatomo-patológico de EPIF y cáncer pulmonar de célula no pequeña que se encuentran preservadas en bloques de parafina. Se documentaron datos clínicos y demográficos relevantes de los sujetos. Las muestras de tejido pulmonar fueron sometidas a un proceso de desparafinación para, posteriormente, realizar la extracción del ARN, la síntesis de ADN complementario y finalmente la realización de una qPCR que permitió cuantificar la expresión de los genes involucrados en el patrón de conectividad de interés. Se compararon los perfiles de expresión de ambas enfermedades a través de análisis estadístico y se contrastaron los resultados con algunas variables clínicas y demográficas de los pacientes. Resultados: Los resultados obtenidos en el presente trabajo muestran la presencia de genes diferencialmente expresados entre el CPCNP y la EPIF. Específicamente se identificó que los genes, IRF1, MET, HEXA y RBPMS se encuentran mayormente expresados en adenocarcinoma. Contrario a lo anterior, CYP4F12, MATK y PTEGR2 fueron identificados como predominantemente expresados en EPIF. De otra parte, el gen, FEZ2, mostró un comportamiento similar en cuanto a su expresión génica en las dos enfermedades. Estos hallazgos soportan la hipótesis de la existencia de un patrón de conectividad común de genes diferencialmente expresados entre ambas entidades. Conclusión: La existencia de un patrón de conectividad común de DEGs permite ampliar el conocimiento entre ambas enfermedades y propone un punto en común con la identificación de un gen similarmente expresado. Los hallazgos del presente trabajo podrían convertirse en una herramienta para avanzar en la investigación de estrategias de diagnóstico temprano y de precisión en el CPCNP y la EPIF. |
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Análisis de un perfil de expresión génica común entre enfermedad pulmonar intersticial fibrosante y cáncer de pulmón de célula no pequeñaAnalysis of a common gene expression profiling between fibrosing interstitial lung disease and non-small cell lung cancerIzquierdo Orozco, María AlejandraCáncer de pulmón de célula no pequeñaEnfermedad pulmonar intersticial fibrosantegenes diferencialmente expresadospatrón de conectividadbiomarcadorNon-small cell lung cancerfibrotic interstitial lung diseasesFibrotic ILDdifferentially expressed genesDEGsconnectivity patternbiomarkerMaestría en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicasIntroducción: El cáncer pulmonar de célula no pequeña (CPCNP) y las enfermedades pulmonares intersticiales fibrosantes (EPIF) son dos entidades que representan una alta morbimortalidad, de especial interés en los últimos años por los estudios fisiopatológicos y moleculares basados en sus similitudes biológicas, la mayor incidencia de CPCNP en los pacientes con EPIF y la descripción de nuevos biomarcadores y tratamientos que permiten una mejoría en la sobrevida de los pacientes. Una aproximación al estudio de estas enfermedades es el análisis bioinformático de patrones de conectividad común de genes diferencialmente expresados (DEGs) entre ambas enfermedades. En este trabajo se plantea la verificación experimental de los hallazgos descritos previamente en muestras biológicas obtenidas a partir de pacientes con diagnóstico de EPIF y CPCNP. Objetivo General: Analizar los perfiles de expresión génica de IRF1, MET, CYP4F12, HEXA, RBPMS, FEZ2, PTGER2 y MATK en muestras de tejido pulmonar de pacientes con EPIF y CPCNP. Metodología: Se realizó la búsqueda y selección de muestras de tejido pulmonar de pacientes con diagnóstico anatomo-patológico de EPIF y cáncer pulmonar de célula no pequeña que se encuentran preservadas en bloques de parafina. Se documentaron datos clínicos y demográficos relevantes de los sujetos. Las muestras de tejido pulmonar fueron sometidas a un proceso de desparafinación para, posteriormente, realizar la extracción del ARN, la síntesis de ADN complementario y finalmente la realización de una qPCR que permitió cuantificar la expresión de los genes involucrados en el patrón de conectividad de interés. Se compararon los perfiles de expresión de ambas enfermedades a través de análisis estadístico y se contrastaron los resultados con algunas variables clínicas y demográficas de los pacientes. Resultados: Los resultados obtenidos en el presente trabajo muestran la presencia de genes diferencialmente expresados entre el CPCNP y la EPIF. Específicamente se identificó que los genes, IRF1, MET, HEXA y RBPMS se encuentran mayormente expresados en adenocarcinoma. Contrario a lo anterior, CYP4F12, MATK y PTEGR2 fueron identificados como predominantemente expresados en EPIF. De otra parte, el gen, FEZ2, mostró un comportamiento similar en cuanto a su expresión génica en las dos enfermedades. Estos hallazgos soportan la hipótesis de la existencia de un patrón de conectividad común de genes diferencialmente expresados entre ambas entidades. Conclusión: La existencia de un patrón de conectividad común de DEGs permite ampliar el conocimiento entre ambas enfermedades y propone un punto en común con la identificación de un gen similarmente expresado. Los hallazgos del presente trabajo podrían convertirse en una herramienta para avanzar en la investigación de estrategias de diagnóstico temprano y de precisión en el CPCNP y la EPIF.Background: Non-small cell lung cancer (NSCLC) and fibrotic interstitial lung (ILD) diseases are two entities that cause higher morbidity and mortality in patients. This has generated special interest in recent years due to pathophysiological and molecular studies based on their biological similarities, the higher incidence of lung cancer in patients with fibrotic ILD and the description of new biomarkers and treatments that allow an improvement in patient survival. An approach to the study of these diseases is the bioinformatic analysis of common connectivity patterns of differentially expressed genes (DEGs) between both diseases. This study proposes the experimental verification of the findings previously described in biological samples obtained from patients diagnosed with fibrotic ILD and other than NSCLC. Aim: To analyse the gene expression profiles: IRF1, MET, CYP4F12, HEXA, RBPMS, FEZ2, PTGER2, and MATK in lung tissue samples from patients with fibrotic ILD and NSCLC. Methodology: The first step was the search and selection of lung tissue samples from patients with an anatomopathological diagnosis of fibrotic ILD and NSCLC. Relevant clinical and demographic data of the patients was documented. The lung tissue samples were subjected to a deparaffinization process to subsequently carry out RNA extraction, complementary DNA synthesis and lastly a qPCR that allowed quantifying the expression of the genes involved in the connectivity pattern of interest. The expression profiles of both diseases were compared through statistical analysis and the results were contrasted with some clinical and demographic variables of the patients. Findings: The results obtained in this study show the presence of differentially expressed genes NSCLC and fibrotic ILD. Explicitly, it was identified that the IRF1, MET, HEXA, and RBPMS genes are more frequently expressed in adenocarcinoma. Contrary to the above, CYP4F12, MATK and PTEGR2 were identified as predominantly expressed in fibrotic ILD. On the other hand, the gene, FEZ2, showed a similar behaviour in terms of its gene expression in the two diseases. These findings support the hypothesis of the existence of a common connectivity pattern of differentially expressed genes between both entities. Conclusion: The existence of a common connectivity pattern of DEGs allows to broaden the knowledge between both diseases and proposes a point in common with the identification of a similar expressed gene. The findings presented in this paper could become a tool to advance the investigation of early diagnostic strategies and precision in NSCLC and fibrotic ILD.Magíster en Ciencias BiológicasMaestríahttps://orcid.org/0000-0002-6655-7368https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0001744319Pontificia Universidad JaverianaMaestría en Ciencias BiológicasFacultad de CienciasFernandez Sanchez, María JoséRojas Moreno, Adriana PatriciaZarante Montoya, Ignacio ManuelTorres Gonzalez, July ViannethRojas Puentes, Juan Carlos2024-01-23T19:32:54Z2024-01-23T19:32:54Z2023-03-24http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aaTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestríahttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdccinfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionPDFapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10554/66103instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.cospaAlemaniaAmérica CentralAmérica del NorteAmérica del SurAmérica LatinaArgentinaAustraliaBélgicaBrasilChileCoreaDinamarcaEspañaEstados UnidosEuropaHemisferio NorteHemisferio OccidentalHemisferio OrientalHemisferio SurAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2reponame:Repositorio Universidad Javerianainstname:Pontificia Universidad Javerianainstacron:Pontificia Universidad Javeriana2024-04-12T08:08:18Z |