Anotación del transcriptoma foliar de la uchuva (Physalis peruviana L.) : fruta promisoria de la familia solanaceae
La uchuva (Physalis peruvianaL.) es una Solanácea, consideradacomo frutal promisorio a nivel económico, nutricional y nutraceútico. Sin embargo, este cultivo presenta grandes limitantes de soporte tecnológico asociado a la poca información genómica de esta especie, como base para investigaciones rel...
- Autores:
- Tipo de recurso:
- masterThesis
- Fecha de publicación:
- 2012
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
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- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/3384
- Palabra clave:
- Physalis peruviana
Solanaceae
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Transcripción genética
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Maestría en biología - Tesis y disertaciones académicas
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La uchuva (Physalis peruvianaL.) es una Solanácea, consideradacomo frutal promisorio a nivel económico, nutricional y nutraceútico. Sin embargo, este cultivo presenta grandes limitantes de soporte tecnológico asociado a la poca información genómica de esta especie, como base para investigaciones relacionadas con problemas del cultivo.Este estudioreporta la secuenciación por 454 y anotaciónde una librería de ADNc normalizadagenerada a partir de tejidofoliar de un genotipo comercial de uchuva. Se obtuvo un total de 244Mpb a partir de 652.614 lecturas con un promedio de 375pb. El ensamblaje de novo, generó 24.014 isotigs y 110.921 singletons, con un promedio de 1.638pby 354pb, respectivamente. Con base en similaridad de secuencias con proteínas conocidas de lasbasesde datos Swissprot y RefSeq, se identificaron funciones putativas para 54.590 unigenes.Mediante Blast2GO, se asociaron 12.672 unigenes a términos ontológicos, relacionados con los principales procesos biológicos y funciones molecularesen plantas, además de familias de genes asociados a respuesta a estrés biótico y abiótico.Así mismo, a partir de los contigs ensamblados se identificaron 5.971 potenciales marcadores SSRs, dentro de los cuales se proponen 10posiblesmarcadoresrelacionados con la respuesta adefensa en plantas. Finalmente, los resultados obtenidos fueron depositados en una base de datospara su consulta.El primer catálogo de genes de uchuva será labase para la búsqueda de genes candidatos relacionados con característicasde interés que contribuyan a futuro al desarrollo de programas defitomejoramiento. |
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Anotación del transcriptoma foliar de la uchuva (Physalis peruviana L.) : fruta promisoria de la familia solanaceaeGarzón Martínez, Gina AlessandraPhysalis peruvianaSolanaceaeESTSAnotación funcionalTranscriptomaPhysalis peruvianaSolanaceaeESTSFunctional annotationTranscriptomicUchuvasTranscripción genéticaGenética vegetalSolanáceasMaestría en biología - Tesis y disertaciones académicasLa uchuva (Physalis peruvianaL.) es una Solanácea, consideradacomo frutal promisorio a nivel económico, nutricional y nutraceútico. Sin embargo, este cultivo presenta grandes limitantes de soporte tecnológico asociado a la poca información genómica de esta especie, como base para investigaciones relacionadas con problemas del cultivo.Este estudioreporta la secuenciación por 454 y anotaciónde una librería de ADNc normalizadagenerada a partir de tejidofoliar de un genotipo comercial de uchuva. Se obtuvo un total de 244Mpb a partir de 652.614 lecturas con un promedio de 375pb. El ensamblaje de novo, generó 24.014 isotigs y 110.921 singletons, con un promedio de 1.638pby 354pb, respectivamente. Con base en similaridad de secuencias con proteínas conocidas de lasbasesde datos Swissprot y RefSeq, se identificaron funciones putativas para 54.590 unigenes.Mediante Blast2GO, se asociaron 12.672 unigenes a términos ontológicos, relacionados con los principales procesos biológicos y funciones molecularesen plantas, además de familias de genes asociados a respuesta a estrés biótico y abiótico.Así mismo, a partir de los contigs ensamblados se identificaron 5.971 potenciales marcadores SSRs, dentro de los cuales se proponen 10posiblesmarcadoresrelacionados con la respuesta adefensa en plantas. Finalmente, los resultados obtenidos fueron depositados en una base de datospara su consulta.El primer catálogo de genes de uchuva será labase para la búsqueda de genes candidatos relacionados con característicasde interés que contribuyan a futuro al desarrollo de programas defitomejoramiento.Cape gooseberry (Physalis peruvianaL.) Is a Solanaceae, fruity consideradacomo promising in economic, nutritional and nutraceutical. However, this crop has great tech support constraints associated with little genomic information of this kind, as a basis for investigations into problems estudioreporta cultivo.Este by 454 sequencing and cDNA library anotaciónde normalizadagenerada tejidofoliar from a uchuva commercial genotype. There were a total of 652,614 244Mpb readings from an average of 375pb. The assembly novo generated isotigs 24,014 and 110,921 singletons, with an average of 354pb 1.638pby respectively. Based on sequence similarity with known proteins and RefSeq lasbasesde Swissprot data, we identified putative functions for Blast2GO unigenes.Mediante 54,590, 12,672 unigenes were associated to ontological terms, related to the main biological processes and functions molecularesen plants, plus families genes associated with response to biotic and abiótico.Así same, from the assembled contigs were identified potential 5,971 SSRs markers, within which the proposed 10posiblesmarcadoresrelacionados adefensa response in plants. Finally, the results obtained were deposited in a database consulta.El datospara its first catalog of genes Labase uchuva will search for candidate genes related to interest característicasde contribute to future program development defitomejoramiento.Magíster en Ciencias BiológicasMaestríaPontificia Universidad JaverianaMaestría en Ciencias BiológicasFacultad de CienciasMariño Ramírez, Leonardo2013-04-04T19:35:00Z2014-10-09T02:54:10Z2016-01-13T19:38:50Z2020-04-16T19:40:39Z2013-04-04T19:35:00Z2014-10-09T02:54:10Z2016-01-13T19:38:50Z2020-04-16T19:40:39Z2012http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aaTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestríahttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdccinfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionPDFapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10554/3384https://doi.org/10.11144/Javeriana.10554.3384instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.cospaAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, “Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores”, los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2reponame:Repositorio Universidad Javerianainstname:Pontificia Universidad Javerianainstacron:Pontificia Universidad Javeriana2022-04-29T17:25:33Z |