Anotación del transcriptoma foliar de la uchuva (Physalis peruviana L.) : fruta promisoria de la familia solanaceae
La uchuva (Physalis peruvianaL.) es una Solanácea, consideradacomo frutal promisorio a nivel económico, nutricional y nutraceútico. Sin embargo, este cultivo presenta grandes limitantes de soporte tecnológico asociado a la poca información genómica de esta especie, como base para investigaciones rel...
- Autores:
- Tipo de recurso:
- masterThesis
- Fecha de publicación:
- 2012
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/3384
- Palabra clave:
- Physalis peruviana
Solanaceae
ESTS
Anotación funcional
Transcriptoma
Physalis peruviana
Solanaceae
ESTS
Functional annotation
Transcriptomic
Uchuvas
Transcripción genética
Genética vegetal
Solanáceas
Maestría en biología - Tesis y disertaciones académicas
- Rights
- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
| Summary: | La uchuva (Physalis peruvianaL.) es una Solanácea, consideradacomo frutal promisorio a nivel económico, nutricional y nutraceútico. Sin embargo, este cultivo presenta grandes limitantes de soporte tecnológico asociado a la poca información genómica de esta especie, como base para investigaciones relacionadas con problemas del cultivo.Este estudioreporta la secuenciación por 454 y anotaciónde una librería de ADNc normalizadagenerada a partir de tejidofoliar de un genotipo comercial de uchuva. Se obtuvo un total de 244Mpb a partir de 652.614 lecturas con un promedio de 375pb. El ensamblaje de novo, generó 24.014 isotigs y 110.921 singletons, con un promedio de 1.638pby 354pb, respectivamente. Con base en similaridad de secuencias con proteínas conocidas de lasbasesde datos Swissprot y RefSeq, se identificaron funciones putativas para 54.590 unigenes.Mediante Blast2GO, se asociaron 12.672 unigenes a términos ontológicos, relacionados con los principales procesos biológicos y funciones molecularesen plantas, además de familias de genes asociados a respuesta a estrés biótico y abiótico.Así mismo, a partir de los contigs ensamblados se identificaron 5.971 potenciales marcadores SSRs, dentro de los cuales se proponen 10posiblesmarcadoresrelacionados con la respuesta adefensa en plantas. Finalmente, los resultados obtenidos fueron depositados en una base de datospara su consulta.El primer catálogo de genes de uchuva será labase para la búsqueda de genes candidatos relacionados con característicasde interés que contribuyan a futuro al desarrollo de programas defitomejoramiento. |
|---|