Estudio de factores proteicos asociados a la regulación de los genes HSP70 en Leishmania braziliensis

La leishmaniasis constituye un grupo de enfermedades producidas por parásitos protozoos pertenecientes al género Leishmania. Durante su ciclo de vida, el parásito alterna entre un vector invertebrado y un hospedero vertebrado, lo que le exige desarrollar cambios morfológicos y bioquímicos que le per...

Full description

Autores:
Tipo de recurso:
doctoralThesis
Fecha de publicación:
2017
Institución:
Pontificia Universidad Javeriana
Repositorio:
Repositorio Universidad Javeriana
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repository.javeriana.edu.co:10554/34856
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/10554/34856
https://doi.org/10.11144/Javeriana.10554.34856
Palabra clave:
Regulación genica
Expresión génica
Leishmania
Gránulos ribonucleoproteícos
Proteína SCD6
Proteína RBP42
Gene regulation
Gene expression
Leishmania
Ribonucleoproteic granules
SCD6 protein
RBP42 protein
Doctorado en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas
Leishmaniasis
Rights
openAccess
License
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
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Nocua Martínez, Paola Andrea
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Requena Rolanía, José María
Marín, Marcel
Terán, Wilson
Barreto, Alfonso
Cuervo, Patricia
Echeverry, María Clara
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description La leishmaniasis constituye un grupo de enfermedades producidas por parásitos protozoos pertenecientes al género Leishmania. Durante su ciclo de vida, el parásito alterna entre un vector invertebrado y un hospedero vertebrado, lo que le exige desarrollar cambios morfológicos y bioquímicos que le permitan sobrevivir y adaptarse al estrés celular que debe enfrentar en ambos hospederos. Adaptación que depende de la regulación de la expresión de una amplia variedad de genes, dentro de los cuales se encuentran los genes HSP70. Se ha demostrado que estos parásitos, tanto del subgénero Leishmania como del subgénero Viannia, poseen dos tipos de genes HSP70 (HSP70-I y II), los cuales se diferencian en su región 3´ no traducida (3´ UTR); diferencias relacionadas con los mecanismos moleculares de adaptación del parásito para tolerar el estrés térmico al que es sometido durante su ciclo de vida. Ensayos recientes, en L. braziliensis, han identificado proteínas con afinidad a las regiones UTR de los ARNm de estos genes, hallazgo de gran importancia teniendo en cuenta que la regulación de su expresión génica ocurre principalmente a nivel postranscripcional, y está mediada por la interacción entre elementos reguladores cis y trans del parásito. Entre las proteínas identificadas en dicho estudio se encuentran las proteínas LbrM.25.2210 (SCD6) y LbrM.30.3080 (RBP42), para las cuales, en esta Tesis, se estudiaron sus características moleculares y funcionales como factores proteicos implicados en la regulación génica en Leishmania. Inicialmente, se confirmó la capacidad de estas proteínas para interactuar de forma directa con moléculas de ARN. Observándose que estas proteínas son capaces de interactuar con un motivo con características de elemento ARE. Por otra parte, la interacción de estas proteínas con moléculas de ARN también fue demostrada in vivo, encontrándose asociados varios transcritos codificantes para proteínas relacionadas con el metabolismo y degradación celular. De forma particularmente destacable, asociada a la proteína RBP42 se identificó el transcrito correspondiente al gen HSP70-II. Así mismo, se encontraron asociaciones de las proteínas de estudio con transcritos codificantes para proteínas involucradas en la diferenciación y sobrevivencia del parásito en condiciones de choque térmico. Con el propósito de dilucidar los posibles procesos biológicos en los cuales podrían estar involucradas estas proteínas se determinó el interactoma de cada una de ellas. Cabe destacar que los interactomas comparten una alta proporción de proteínas, lo que sugiere algún tipo de relación funcional; de hecho, las dos proteínas forman parte de los interactomas recíprocos. Ambos interactomas están enriquecidos en proteínas asociadas a los procesos de traducción, metabolismo de ARN y regulación de la expresión génica. Como apoyo a un posible papel de estas proteínas en la regulación postranscripcional, cabe indicar que se encontraron varias proteínas cuyos homólogos han sido reportados como constituyentes de gránulos de ARN, principalmente cuerpos de procesamiento y gránulos de estrés. Finalmente, para analizar la función de SCD6 y RBP42 se generaron líneas mutantes de parásitos que sobreexpresan las proteínas fusión SCD6-mCherry y RBP42-mCherry. La línea sobreexpresante control (expresión de la proteína mCherry) de L. braziliensis pudo ser establecida, pero, por el contrario, las líneas de sobreexpresión para cada una de estas proteínas, luego de una semana de crecimiento, perdieron viabilidad. Estos resultados, si bien no concluyentes, sugieren que la sobreexpresión de SCD6 y RBP42 en L. braziliensis afecta negativamente al desarrollo y sobrevivencia del parásito. Como alternativa, se logró, generar estas líneas de sobreexpresión utilizando la especie L. major, lo que permitió determinar importantes implicaciones de estas proteínas en el desarrollo de los parásitos; observándose alteraciones morfológicas significativas y el retardo del crecimiento de los parásitos en condiciones fisiológicas de crecimiento, siendo el efecto mucho más pronunciado en condiciones de estrés térmico. Por otra parte, la capacidad infectiva in vitro de estos parásitos mutantes resulta significativamente afectada en relación con la cepa silvestre. En conjunto, este estudio aporta la caracterización de las proteínas SCD6 y RBP42 como proteínas de unión a ARN que, junto al resto de análisis complementarios sugieren su relevante implicación en la regulación de la estabilidad o degradación de un amplio grupo de transcritos en Leishmania.
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Se ha demostrado que estos parásitos, tanto del subgénero Leishmania como del subgénero Viannia, poseen dos tipos de genes HSP70 (HSP70-I y II), los cuales se diferencian en su región 3´ no traducida (3´ UTR); diferencias relacionadas con los mecanismos moleculares de adaptación del parásito para tolerar el estrés térmico al que es sometido durante su ciclo de vida. Ensayos recientes, en L. braziliensis, han identificado proteínas con afinidad a las regiones UTR de los ARNm de estos genes, hallazgo de gran importancia teniendo en cuenta que la regulación de su expresión génica ocurre principalmente a nivel postranscripcional, y está mediada por la interacción entre elementos reguladores cis y trans del parásito. Entre las proteínas identificadas en dicho estudio se encuentran las proteínas LbrM.25.2210 (SCD6) y LbrM.30.3080 (RBP42), para las cuales, en esta Tesis, se estudiaron sus características moleculares y funcionales como factores proteicos implicados en la regulación génica en Leishmania. Inicialmente, se confirmó la capacidad de estas proteínas para interactuar de forma directa con moléculas de ARN. Observándose que estas proteínas son capaces de interactuar con un motivo con características de elemento ARE. Por otra parte, la interacción de estas proteínas con moléculas de ARN también fue demostrada in vivo, encontrándose asociados varios transcritos codificantes para proteínas relacionadas con el metabolismo y degradación celular. De forma particularmente destacable, asociada a la proteína RBP42 se identificó el transcrito correspondiente al gen HSP70-II. Así mismo, se encontraron asociaciones de las proteínas de estudio con transcritos codificantes para proteínas involucradas en la diferenciación y sobrevivencia del parásito en condiciones de choque térmico. Con el propósito de dilucidar los posibles procesos biológicos en los cuales podrían estar involucradas estas proteínas se determinó el interactoma de cada una de ellas. Cabe destacar que los interactomas comparten una alta proporción de proteínas, lo que sugiere algún tipo de relación funcional; de hecho, las dos proteínas forman parte de los interactomas recíprocos. Ambos interactomas están enriquecidos en proteínas asociadas a los procesos de traducción, metabolismo de ARN y regulación de la expresión génica. Como apoyo a un posible papel de estas proteínas en la regulación postranscripcional, cabe indicar que se encontraron varias proteínas cuyos homólogos han sido reportados como constituyentes de gránulos de ARN, principalmente cuerpos de procesamiento y gránulos de estrés. Finalmente, para analizar la función de SCD6 y RBP42 se generaron líneas mutantes de parásitos que sobreexpresan las proteínas fusión SCD6-mCherry y RBP42-mCherry. La línea sobreexpresante control (expresión de la proteína mCherry) de L. braziliensis pudo ser establecida, pero, por el contrario, las líneas de sobreexpresión para cada una de estas proteínas, luego de una semana de crecimiento, perdieron viabilidad. Estos resultados, si bien no concluyentes, sugieren que la sobreexpresión de SCD6 y RBP42 en L. braziliensis afecta negativamente al desarrollo y sobrevivencia del parásito. Como alternativa, se logró, generar estas líneas de sobreexpresión utilizando la especie L. major, lo que permitió determinar importantes implicaciones de estas proteínas en el desarrollo de los parásitos; observándose alteraciones morfológicas significativas y el retardo del crecimiento de los parásitos en condiciones fisiológicas de crecimiento, siendo el efecto mucho más pronunciado en condiciones de estrés térmico. Por otra parte, la capacidad infectiva in vitro de estos parásitos mutantes resulta significativamente afectada en relación con la cepa silvestre. En conjunto, este estudio aporta la caracterización de las proteínas SCD6 y RBP42 como proteínas de unión a ARN que, junto al resto de análisis complementarios sugieren su relevante implicación en la regulación de la estabilidad o degradación de un amplio grupo de transcritos en Leishmania.Pontificia Universidad JaverianaLeishmaniasis is a disease caused by protozoan parasites of the Leishmania genus. These parasites present a complex digenetic life cycle alternating between invertebrate and vertebrate hosts. Therefore, these parasites must develop morphological and biochemical changes that allow them to survive the host defense mechanisms and adapt to the intracellular environment within the human phagocytic cells. This adaptation depends on the regulation of a wide variety of genes, and the HSP70 genes are found among them. Parasites of Leishmania and Viannia subgenera present two types of HSP70 (HSP70-I and II) genes, which differ in their 3’ untranslated regions (3’ UTR); these differences would be related to the molecular mechanisms regulating the adaptation to the thermal stress that the parasite suffers through its life cycle. Recent assays in L. braziliensis have identified different proteins with affinity to the UTRs of these genes, results of great importance considering that the regulation of gene expression in these parasites occurs mainly at the posttranscriptional level, mediated by the interaction between cis and trans regulatory elements. Among the proteins identified, the LbrM.25.2210 (SCD6) and LbrM.30.3080 (RBP42) were the focus of this Thesis, in which their molecular and functional characterization was undertaken, considering their putative function as protein factors involved in the gene regulation in Leishmania. Initially, we confirmed the capacity of SCD6 and RBP42 proteins to directly interact with RNA molecules, particularly, with a RNA motif related to the ARE elements. On the other hand, the binding capacity of these proteins in vivo was also demonstrated, finding several transcripts associated to SCD6 and RBP42 proteins. Transcripts involved mainly in metabolism pathways and cellular proteolysis. Remarkably, the transcript corresponds to the HSP70-II gene was identified associated with the RBP42 protein. Likewise, transcripts involved in the differentiation and survival of the parasites in thermal stress conditions, were found associated both to SCD6 and RBP42 proteins. In order to elucidate the possible biological processes in which these proteins could be involved, the interactome of each protein was determined. Notably, the interactomes share a high proportion of proteins, suggesting some type of functional relationship; in fact, both proteins were identified in the reciprocal interactomes. The interactomes are enriched in proteins associated with translation, RNA metabolism and regulation of gene expression processes. In support of a possible role of SCD6 and RBP42 proteins in the post-transcriptional regulation was the finding of several proteins, whose homologues have been reported as constituents of RNA granules, mainly processing bodies and stress granules. Finally, to analyze the SCD6 and RBP42 function, overexpressing lines of parasites were generated. Initially, transfection assays using constructions expressing either SCD6 or RBP42 proteins, fused to the mCherry protein, were done in L. braziliensis parasites. Whereas the control parasite line (parasites that express the mCherry protein) was obtained, the parasites overexpressing SCD6 or RBP42, however, after one week of growth, lost their viability. These results, while not conclusive, could indicate that SCD6 and RBP42 overexpression, negatively affects the development and survival of the parasites. As an alternative, it was tried, with successful results, to generate the overexpression lines in L. major parasites; these lines allowed us to determine important implications of these proteins in the developmental of the parasites. Significant morphological alterations were observed together with a lower rate of growth, whose more drastic effect was better observed when the parasites were grown at 37ºC. On the other hand, the infective in vitro capacity of these mutant parasites was significantly affected, as well as their intracellular proliferation rate, regarding the wild type strain. Overall, this study describes the structural features of SCD6 and RBP42 proteins, and their in vitro and in vivo capacities to bind RNA. Proteomics data and cellular analysis point to a relevant implication of SCD6 and RBP42 proteins as regulators for a wide group of transcripts in Leishmania.Doctor en Ciencias BiológicasDoctoradoPontificia Universidad JaverianaDoctorado en Ciencias BiológicasFacultad de CienciasPuerta Bula, Concepción JudithRequena Rolanía, José MaríaMarín, MarcelTerán, WilsonBarreto, AlfonsoCuervo, PatriciaEcheverry, María Clara2018-06-19T14:21:15Z2020-04-16T14:52:57Z2018-06-19T14:21:15Z2020-04-16T14:52:57Z2017-12-05http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aaTesis/Trabajo de grado - Monografía - Doctoradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionPDFapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10554/34856https://doi.org/10.11144/Javeriana.10554.34856instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.cospaAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, “Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores”, los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2reponame:Repositorio Universidad Javerianainstname:Pontificia Universidad Javerianainstacron:Pontificia Universidad Javeriana2022-04-29T17:36:06Z