Caracterización de la respuesta hepática y búsqueda de biomarcadores en el pez neotropical Aequidens metae expuesto a hidrocarburos aromáticos policíclicos

Los hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAP) son contaminantes ambientales omnipresentes. Están catalogados como contaminantes prioritarios por su toxicidad. En Colombia, la región de la Orinoquia genera la mayor parte del petróleo del país, y cada día esta actividad minera produce miles de litro...

Full description

Autores:
Tipo de recurso:
doctoralThesis
Fecha de publicación:
2021
Institución:
Pontificia Universidad Javeriana
Repositorio:
Repositorio Universidad Javeriana
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repository.javeriana.edu.co:10554/62119
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/10554/62119
Palabra clave:
Aequidens metae
Biomarcador
Ecotoxicología
Genes candidatos
Pez cíclido
Hidrocarburos aromáticos policíclicos
Aequidens metae
Biomarker
Candidate genes
Liver
Cichlid fish
Polycyclic aromatic hydrocarbons
Doctorado en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas
Genes
Marcadores bioquímicos - Acacías (Meta, Colombia)
Peces - Acacías (Meta, Colombia)
Hidrocarburos aromáticos policiclicos
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Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
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description Los hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAP) son contaminantes ambientales omnipresentes. Están catalogados como contaminantes prioritarios por su toxicidad. En Colombia, la región de la Orinoquia genera la mayor parte del petróleo del país, y cada día esta actividad minera produce miles de litros de aguas residuales, conocidas como aguas de producción, ricas en HAP que se vierten en los cuerpos de agua naturales como el Rio Acacias. Para evaluar el impacto de los aguas de producción, sobre los organismos acuáticos, se realizaron monitoreos en el río Acacias, fueron capturados ejemplares silvestres de acará amarilla Aequidens metae (Pisces: Cichlidae), (n = 12) en tres sitios del río y en un cuerpo de agua de referencia en diferentes temporadas de precipitación. También, se evaluó el efecto de la exposición vía inyección intraperitoneal de concentraciones subletales de 4 HAP en el pez cíclido acara amarilla (Aequidens metae). Se utilizaron seis tratamientos con cinco réplicas: T1 control: sin inyección, T2 control solvente: (aceite de canola), T3 β-naftoflavona: (BNF) 50 µg g-1, T4 naftaleno: (NAP) 100 µg g-1, T5 fenantreno: (PHE) 50 µg g-1 y T6 benzo[a]pireno: (BaP) 10 µg g-1 de peso corporal, diluidos en aceite de canola como solvente. Todos los peces fueron inyectados en un volumen final de 5 µL g-1 de peso corporal. Tras la administración del HAP, los peces de cada tratamiento se distribuyeron aleatoriamente en acuarios. Después del periodo de exposición (72 horas), los peces fueron sacrificados, se extrajo sangre periférica y el hígado de cada pez. El hígado se dividió en 3 porciones para los procedimientos de extracción de RNA, procesamiento histológico y determinación de la actividad 7-etoxirresorufina-o-detilasa (EROD) y se almacenó a -80°C. Los procedimientos se realizaron tanto en las muestras de campo como de laboratorio, a excepción de la extracción de sangre que se efectuó solo en el experimento de laboratorio. Se extrajo el ARN de cada muestra de hígado y se comprobó su integridad y concentración. Las muestras de ARN fueron secuenciadas (RNA-Seq) y las secuencias generadas se ensamblaron en un transcriptoma de novo. Las lecturas se mapearon al ensamblaje y se cuantificó su abundancia. El análisis de genes expresados diferencialmente (GED) mostró modificaciones en la respuesta a cada HAP. Fueron identificados 150, 124, 217, 190, y 165 GED para el control sin inyección, BNF, BaP, NAP, Y PHE, respectivamente. A su vez, el análisis de enriquecimiento identificó 35, 31, 23, y 21 vías KEGG para BaP, NAP, PHE, y BNF, respectivamente. Las cuales se enriquecieron en vías del sistema endocrino; crecimiento y muerte celular, procesos de metabolismo de los lípidos y de carbohidratos; transporte y catabolismo; plegado, clasificación y degradación, transducción de señales; metabolismo de xenobióticos y metabolismo de nucleótidos, entre otros. En general el análisis bioinformático mostró evidencia de efectos tóxicos como proliferación celular anormal y deterioro de la homeóstasis de la glucosa en el tejido hepático en los peces expuestos a los HAP. Con base en los resultados del análisis bioinformático, fueron propuestos genes candidatos de respuesta a la exposición a BaP (tiam2a, kat2a, dtx3lb.2, numb, slc39a14, ctbp2a, y camk2g1), NAP (tiam2a, fthl27, herc3, slc39a14, y cdkn1a), PHE (tiam2a, chka, mboat7, plpp3, aco2, y camk2g1) y BNF (tiam2a, col6a3, hspg2, vwf, psmd4a, y mtor). Los efectos de BaP evidenciados en la respuesta génica incluyeron respuesta inflamatoria, funciones del sistema inmunológico, de degradación de proteínas, relacionados con vías del metabolismo de los aminoácidos, metabolismo de los lípidos, metabolismo de nucleótidos y degradación, y vías metabólicas de cisteína y metionina, degradación de lisina, metabolismo de xenobióticos por citocromo P450, vías procesos de plegado, clasificación y degradación y vías asociadas a procesos de crecimiento y muerte celular. La exposición a NAP indujo la expresión de genes relacionados a la inducción de proliferación celular anormal-carcinogénesis, la señalización celular, la adhesión y conexión célula-célula. Así como a procesos relacionados con ubiquitinación y desubiquitinación de proteínas y degradación proteasomal. Así mismo, se relacionó con los mecanismos de reparación del ADN, organización de la cromatina, ferroptosis y apoptosis. La respuesta transcriptómica a PHE incluyó la actividad de señalización celular, procesos de ubiquitinación, procesos asociados a reparación de daño al material genético. También, se evidenció posible efecto inflamatorio, con participación en procesos celulares como la proliferación, diferenciación y regulación de la transcripción. Además, se relacionó con respuesta inmune y muerte celular por apoptosis. Asimismo, con regulación del ciclo celular y tumorogénesis. Por otro lado, los tejidos hepáticos procedentes de los grupos expuestos a los HAP presentaron alteraciones histológicas reversibles. El grupo expuesto a BaP mostró diferencias estadísticas en la actividad EROD y se hallaron alteraciones genotóxicas en eritrocitos de los grupos expuestos a los 4 HAP. Con respecto a los monitoreos de campo, el sitio de descarga de las aguas de producción y el sitio aguas abajo de la descarga en temporada seca indujeron las mayores alteraciones histológicas y la mayor actividad EROD en los peces del estudio. Los HAP alteraron negativamente la función hepática, por lo tanto, la respuesta génica indujo modificaciones en las principales vías metabólicas con evidencia en las lesiones moderadas y reversibles en el tejido hepático y la presencia de alteraciones nucleares en sangre periférica. Los cambios observados en los niveles de EROD y en la arquitectura hepática encontrados en las muestras de campo fueron corroborados en los ensayos de laboratorio, que a su vez fueron apoyados por la respuesta transcripcional hepática de juveniles de A. metae expuestos a los HAP.
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En Colombia, la región de la Orinoquia genera la mayor parte del petróleo del país, y cada día esta actividad minera produce miles de litros de aguas residuales, conocidas como aguas de producción, ricas en HAP que se vierten en los cuerpos de agua naturales como el Rio Acacias. Para evaluar el impacto de los aguas de producción, sobre los organismos acuáticos, se realizaron monitoreos en el río Acacias, fueron capturados ejemplares silvestres de acará amarilla Aequidens metae (Pisces: Cichlidae), (n = 12) en tres sitios del río y en un cuerpo de agua de referencia en diferentes temporadas de precipitación. También, se evaluó el efecto de la exposición vía inyección intraperitoneal de concentraciones subletales de 4 HAP en el pez cíclido acara amarilla (Aequidens metae). Se utilizaron seis tratamientos con cinco réplicas: T1 control: sin inyección, T2 control solvente: (aceite de canola), T3 β-naftoflavona: (BNF) 50 µg g-1, T4 naftaleno: (NAP) 100 µg g-1, T5 fenantreno: (PHE) 50 µg g-1 y T6 benzo[a]pireno: (BaP) 10 µg g-1 de peso corporal, diluidos en aceite de canola como solvente. Todos los peces fueron inyectados en un volumen final de 5 µL g-1 de peso corporal. Tras la administración del HAP, los peces de cada tratamiento se distribuyeron aleatoriamente en acuarios. Después del periodo de exposición (72 horas), los peces fueron sacrificados, se extrajo sangre periférica y el hígado de cada pez. El hígado se dividió en 3 porciones para los procedimientos de extracción de RNA, procesamiento histológico y determinación de la actividad 7-etoxirresorufina-o-detilasa (EROD) y se almacenó a -80°C. Los procedimientos se realizaron tanto en las muestras de campo como de laboratorio, a excepción de la extracción de sangre que se efectuó solo en el experimento de laboratorio. Se extrajo el ARN de cada muestra de hígado y se comprobó su integridad y concentración. Las muestras de ARN fueron secuenciadas (RNA-Seq) y las secuencias generadas se ensamblaron en un transcriptoma de novo. Las lecturas se mapearon al ensamblaje y se cuantificó su abundancia. El análisis de genes expresados diferencialmente (GED) mostró modificaciones en la respuesta a cada HAP. Fueron identificados 150, 124, 217, 190, y 165 GED para el control sin inyección, BNF, BaP, NAP, Y PHE, respectivamente. A su vez, el análisis de enriquecimiento identificó 35, 31, 23, y 21 vías KEGG para BaP, NAP, PHE, y BNF, respectivamente. Las cuales se enriquecieron en vías del sistema endocrino; crecimiento y muerte celular, procesos de metabolismo de los lípidos y de carbohidratos; transporte y catabolismo; plegado, clasificación y degradación, transducción de señales; metabolismo de xenobióticos y metabolismo de nucleótidos, entre otros. En general el análisis bioinformático mostró evidencia de efectos tóxicos como proliferación celular anormal y deterioro de la homeóstasis de la glucosa en el tejido hepático en los peces expuestos a los HAP. Con base en los resultados del análisis bioinformático, fueron propuestos genes candidatos de respuesta a la exposición a BaP (tiam2a, kat2a, dtx3lb.2, numb, slc39a14, ctbp2a, y camk2g1), NAP (tiam2a, fthl27, herc3, slc39a14, y cdkn1a), PHE (tiam2a, chka, mboat7, plpp3, aco2, y camk2g1) y BNF (tiam2a, col6a3, hspg2, vwf, psmd4a, y mtor). Los efectos de BaP evidenciados en la respuesta génica incluyeron respuesta inflamatoria, funciones del sistema inmunológico, de degradación de proteínas, relacionados con vías del metabolismo de los aminoácidos, metabolismo de los lípidos, metabolismo de nucleótidos y degradación, y vías metabólicas de cisteína y metionina, degradación de lisina, metabolismo de xenobióticos por citocromo P450, vías procesos de plegado, clasificación y degradación y vías asociadas a procesos de crecimiento y muerte celular. La exposición a NAP indujo la expresión de genes relacionados a la inducción de proliferación celular anormal-carcinogénesis, la señalización celular, la adhesión y conexión célula-célula. Así como a procesos relacionados con ubiquitinación y desubiquitinación de proteínas y degradación proteasomal. Así mismo, se relacionó con los mecanismos de reparación del ADN, organización de la cromatina, ferroptosis y apoptosis. La respuesta transcriptómica a PHE incluyó la actividad de señalización celular, procesos de ubiquitinación, procesos asociados a reparación de daño al material genético. También, se evidenció posible efecto inflamatorio, con participación en procesos celulares como la proliferación, diferenciación y regulación de la transcripción. Además, se relacionó con respuesta inmune y muerte celular por apoptosis. Asimismo, con regulación del ciclo celular y tumorogénesis. Por otro lado, los tejidos hepáticos procedentes de los grupos expuestos a los HAP presentaron alteraciones histológicas reversibles. El grupo expuesto a BaP mostró diferencias estadísticas en la actividad EROD y se hallaron alteraciones genotóxicas en eritrocitos de los grupos expuestos a los 4 HAP. Con respecto a los monitoreos de campo, el sitio de descarga de las aguas de producción y el sitio aguas abajo de la descarga en temporada seca indujeron las mayores alteraciones histológicas y la mayor actividad EROD en los peces del estudio. Los HAP alteraron negativamente la función hepática, por lo tanto, la respuesta génica indujo modificaciones en las principales vías metabólicas con evidencia en las lesiones moderadas y reversibles en el tejido hepático y la presencia de alteraciones nucleares en sangre periférica. Los cambios observados en los niveles de EROD y en la arquitectura hepática encontrados en las muestras de campo fueron corroborados en los ensayos de laboratorio, que a su vez fueron apoyados por la respuesta transcripcional hepática de juveniles de A. metae expuestos a los HAP.ColcienciasAgencia Nacional de HidrocarburosUniversidad de los LlanosPontificia Universidad JaverianaPolycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) are ubiquitous environmental pollutants. They are listed as priority pollutants because of their toxicity. In Colombia, the Orinoquia region generates most of the country's oil, and every day this mining activity produces thousands of liters of wastewater, known as produced water (PW), rich in PAH that are discharged into natural water bodies such as the Acacias River. Due to the insufficient regulation of the discharge of these waters and the possible alteration of aquatic organisms, monitoring was carried out in the Acacias River, wild specimens of yellow acará Aequidens metae (Pisces:Cichlidae) were captured (n = 12) in three sites of the river and in a reference water body in different rainfall seasons. Also, the effect of exposure via intraperitoneal injection of sublethal concentrations of 4-PAH was evaluated in the A. metae. Six treatments with five replicates were used: T1 control: no injection, T2 control: vehicle, T3 β-naphthoflavone: BNF 50 µg g-1, T4 naphthalene: (NAP) 100 µg g-1, T5 phenanthrene: (PHE) 50 µg g-1 and T6 benzo[a]pyrene: (BaP) 10 µg g-1 body weight, diluted in canola oil as vehicle. All fish were injected in a final volume of 5 µL g-1 body weight. After PAH administration, 5 fish from each treatment were randomly distributed in aquaria for 72 hours. After the exposure period, the fish were sacrificed, peripheral blood and liver were extracted from each fish, the tissue was split for RNA extraction procedures, histological processing, and determination of 7-ethoxyresorufin-o-deethylase (EROD) activity and stored at -80°C. Except for blood extraction, the other procedures were performed on field and laboratory samples. RNA was extracted from each liver sample and checked for integrity and concentration. RNA samples were sequenced (RNA-Seq) and the generated sequences were assembled into a de novo transcriptome. The reads were mapped to the assembly and their abundance was quantified. Differentially expressed gene (DEG) analysis showed modifications in response to each PAH. A total of 150, 124, 217, 190, and 165 DEG were identified for the non-injected control, BNF, BaP, NAP, and PHE, respectively. In turn, enrichment analysis identified 35, 31, 23, and 21 KEGG pathways for BaP, NAP, PHE, and BNF, respectively. These were enriched in endocrine system pathways; cell growth and death, lipid, and carbohydrate metabolism processes; transport and catabolism; folding, sorting and degradation, signal transduction; xenobiotic metabolism, and nucleotide metabolism, among others. Overall, the bioinformatic analysis showed evidence of toxic effects such as abnormal cell proliferation and impaired glucose homeostasis in liver tissue in fish exposed to PAH. Based on the results of the in silico analysis, candidate BaP exposure response genes (tiam2a, kat2a, dtx3lb.2, numb, slc39a14, ctbp2a, y camk2g1), NAP (tiam2a, fthl27, herc3, slc39a14, and cdkn1a), PHE (tiam2a, chka, mboat7, plpp3, aco2, and camk2g1) and BNF (tiam2a, col6a3, hspg2, vwf, psmd4a, y mtor) were proposed. The effects of BaP evidenced on gene response included inflammatory response, immune system functions, protein degradation, amino acid metabolism pathways, lipid metabolism, nucleotide metabolism and degradation, cysteine and methionine metabolic pathways, lysine degradation, cytochrome P450 metabolism of xenobiotics, folding, sorting and degradation pathways, and pathways associated with cell growth and cell death processes. Exposure to NAP induced the expression of genes related to the induction of abnormal cell proliferation-carcinogenesis, cell signaling, cell-cell adhesion, and cell-cell connection. Including processes related to ubiquitination and deubiquitination of proteins and proteasomal degradation. It was also related to DNA repair mechanisms, chromatin organization, ferroptosis, and apoptosis. The transcriptomic response to PHE included cell signaling activity, ubiquitination processes, and processes associated with the repair of damage to genetic material. Also, a possible inflammatory effect was evidenced, with participation in cellular processes such as proliferation, differentiation, and transcription regulation. In addition, it was related to immune response and cell death by apoptosis. Likewise, with cell cycle regulation and tumorigenesis. On the other hand, liver tissues from the PAH-exposed groups showed reversible histological alterations. The group exposed to BaP showed statistical differences in EROD activity and genotoxic alterations were found in erythrocytes from the groups exposed to the 4 PAH. With respect to field monitoring, the production water discharge site, and the site downstream of the dry season discharge induced the greatest histological alterations and the highest EROD activity in the study fish. PAH negatively altered liver function, therefore, the gene response induced modifications in the main metabolic pathways with evidence in the moderate and reversible lesions in liver tissue and the presence of nuclear alterations in peripheral blood. The observed changes in EROD levels and liver architecture found in field samples were corroborated in laboratory assays, which in turn were supported by the hepatic transcriptional response of A. metae juveniles exposed to PAH.Doctor en Ciencias BiológicasDoctoradohttps://orcid.org/0000-0003-3155-5458https://scholar.google.com/citations?user=xS2j7a0AAAAJ&hl=eshttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/EnRecursoHumano/inicio.doPontificia Universidad JaverianaDoctorado en Ciencias BiológicasFacultad de CienciasVelasco Santamaría, Yohana MaríaArbeli, ZivGarcía Reyero Vinas, NataliaNavarro Martín, LaiaSmircich Ruzo, PabloGonzález Santos, JannethTrudeau, Vance2022-10-19T12:02:51Z2022-10-19T12:02:51Z2021-08-05http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aaTesis/Trabajo de grado - Monografía - Doctoradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionPDFapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10554/62119instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.cospaColombia2017-2020Meta (Colombia)Acacías (Meta, Colombia)Villavicencio (Colombia)Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_f1cfreponame:Repositorio Universidad Javerianainstname:Pontificia Universidad Javerianainstacron:Pontificia Universidad Javeriana2023-10-18T05:00:00Z