Perfil de expresión génica en los grupos de riesgo de recurrencia bioquímica en pacientes con diagnóstico de adenocarcinoma de próstata
Introducción. Un gran número de tumores de cáncer de próstata (CaP) diagnosticados son indolentes y nunca se volverán agresivos durante la vida del paciente. Por el contrario, un tercio de los tumores experimentarán una recaída postoperatoria de la enfermedad, con recurrencia bioquímica (BCR), y en...
- Autores:
- Tipo de recurso:
- doctoralThesis
- Fecha de publicación:
- 2024
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/66896
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10554/66896
- Palabra clave:
- Cáncer de próstata
Genes diferencialmente expresados
Recurrencia bioquímica
Subtipos de ERG
Pronóstico
Prostate cancer
Differentially expressed genes
Biochemical recurrence
ERG subtypes
Prognosis
Doctorado en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas
Neoplasias de la próstata
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- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
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Cáncer de próstata Genes diferencialmente expresados Recurrencia bioquímica Subtipos de ERG Pronóstico Prostate cancer Differentially expressed genes Biochemical recurrence ERG subtypes Prognosis Doctorado en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas Neoplasias de la próstata |
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Cáncer de próstata Genes diferencialmente expresados Recurrencia bioquímica Subtipos de ERG Pronóstico Prostate cancer Differentially expressed genes Biochemical recurrence ERG subtypes Prognosis Doctorado en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas Neoplasias de la próstata |
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Introducción. Un gran número de tumores de cáncer de próstata (CaP) diagnosticados son indolentes y nunca se volverán agresivos durante la vida del paciente. Por el contrario, un tercio de los tumores experimentarán una recaída postoperatoria de la enfermedad, con recurrencia bioquímica (BCR), y en una fracción de ellos la progresión hacia enfermedad metastásica conducirá a la muerte asociada a CaP. El CaP es el más incidente y una de las principales causas de mortalidad por cáncer en hombres; por lo tanto, biomarcadores confiables pueden ayudar en la toma de decisiones y evitar el CaP mortal resistente a la castración (CRPC). Nuestro objetivo fue identificar genes con expresión diferencial (DEGs) asociados a BCR y a subtipos moleculares en CaP, y evaluar su capacidad de predicción de la supervivencia libre de BCR en pacientes latinoamericanos con CaP. Métodos. Se incluyeron 117 casos con CaP localizado/regionalmente avanzado. El ARN se extrajo para secuenciación, a partir de tejidos embebidos en parafina fijados con formalina (FFPE) de prostatectomías radicales (RP), y se utilizó para el análisis de expresión diferencial e identificar los DEGs. Se utilizó el modelo de riesgo proporcional de Cox para establecer la fórmula de medición del riesgo con la expresión de los genes seleccionados y, por medio de ésta, clasificar a los pacientes en grupos de alto riesgo (HR) y bajo riesgo (LR) para BCR. De la misma manera, los DEGs asociados a subtipos moleculares se evaluaron mediante análisis univariados para el evento de supervivencia libre de BCR. Se realizaron análisis multivariados para determinar la asociación entre los predictores génicos y la supervivencia libre de BCR, y los niveles de expresión génica se validaron mediante PCR en tiempo real. MetaCore se utilizó para el análisis de enriquecimiento. Resultados. Identificamos 14 DEGs entre casos BCR y no BCR, de los cuales se seleccionaron tres, POTEJ, NEFH y EMX2 y se demostró que estuvieron asociados con BCR. Utilizando la fórmula de medición del riesgo construida con los tres DEGs, los pacientes fueron divididos en HR y LR con diferencias estadísticamente significativas para la supervivencia libre de BCR (BFS) a 5 años. Se confirmó que la firma de tres genes es un predictor independiente de BFS. Los subtipos tumorales de ERG (ERGhigh vs. ERGlow) presentaron diferencias en la BFS que fue estadísticamente significativa. El gen HPGD se expresó diferencialmente entre los dos subtipos y, según su expresión, se asoció al riesgo de supervivencia libre de BCR solo dentro del subtipo ERG alto. El subtipo ERGlow presentó mal pronóstico independientemente de la expresión de HPGD. El análisis de enriquecimiento sugirió que el perfil de BCR está involucrado en las vías de señalización relacionadas con la diabetes tipo 2, el mecanismo de acción cooperativa de pioglitazona/metformina y rosiglitazona/metformina en la diabetes tipo 2 y el metabolismo de los andrógenos. Conclusiones. Nuestro análisis revela una nueva firma de tres genes asociada con la recurrencia bioquímica. Esta firma de tres genes, conformada por POTEJ, NEFH y EMX2, pudo predecir la supervivencia libre de BCR a 5 años en pacientes colombianos con cáncer de próstata localizado/regionalmente avanzado. Además, nuestros hallazgos sugieren que la expresión de ERG y HPGD puede predecir la progresión de la enfermedad posterior a la prostatectomía radical. |
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Perfil de expresión génica en los grupos de riesgo de recurrencia bioquímica en pacientes con diagnóstico de adenocarcinoma de próstataGene expression profile in groups at risk of biochemical recurrence in patients diagnosed with prostate adenocarcinomaAcosta Vega, Natalia LizethCáncer de próstataGenes diferencialmente expresadosRecurrencia bioquímicaSubtipos de ERGPronósticoProstate cancerDifferentially expressed genesBiochemical recurrenceERG subtypesPrognosisDoctorado en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicasNeoplasias de la próstataIntroducción. Un gran número de tumores de cáncer de próstata (CaP) diagnosticados son indolentes y nunca se volverán agresivos durante la vida del paciente. Por el contrario, un tercio de los tumores experimentarán una recaída postoperatoria de la enfermedad, con recurrencia bioquímica (BCR), y en una fracción de ellos la progresión hacia enfermedad metastásica conducirá a la muerte asociada a CaP. El CaP es el más incidente y una de las principales causas de mortalidad por cáncer en hombres; por lo tanto, biomarcadores confiables pueden ayudar en la toma de decisiones y evitar el CaP mortal resistente a la castración (CRPC). Nuestro objetivo fue identificar genes con expresión diferencial (DEGs) asociados a BCR y a subtipos moleculares en CaP, y evaluar su capacidad de predicción de la supervivencia libre de BCR en pacientes latinoamericanos con CaP. Métodos. Se incluyeron 117 casos con CaP localizado/regionalmente avanzado. El ARN se extrajo para secuenciación, a partir de tejidos embebidos en parafina fijados con formalina (FFPE) de prostatectomías radicales (RP), y se utilizó para el análisis de expresión diferencial e identificar los DEGs. Se utilizó el modelo de riesgo proporcional de Cox para establecer la fórmula de medición del riesgo con la expresión de los genes seleccionados y, por medio de ésta, clasificar a los pacientes en grupos de alto riesgo (HR) y bajo riesgo (LR) para BCR. De la misma manera, los DEGs asociados a subtipos moleculares se evaluaron mediante análisis univariados para el evento de supervivencia libre de BCR. Se realizaron análisis multivariados para determinar la asociación entre los predictores génicos y la supervivencia libre de BCR, y los niveles de expresión génica se validaron mediante PCR en tiempo real. MetaCore se utilizó para el análisis de enriquecimiento. Resultados. Identificamos 14 DEGs entre casos BCR y no BCR, de los cuales se seleccionaron tres, POTEJ, NEFH y EMX2 y se demostró que estuvieron asociados con BCR. Utilizando la fórmula de medición del riesgo construida con los tres DEGs, los pacientes fueron divididos en HR y LR con diferencias estadísticamente significativas para la supervivencia libre de BCR (BFS) a 5 años. Se confirmó que la firma de tres genes es un predictor independiente de BFS. Los subtipos tumorales de ERG (ERGhigh vs. ERGlow) presentaron diferencias en la BFS que fue estadísticamente significativa. El gen HPGD se expresó diferencialmente entre los dos subtipos y, según su expresión, se asoció al riesgo de supervivencia libre de BCR solo dentro del subtipo ERG alto. El subtipo ERGlow presentó mal pronóstico independientemente de la expresión de HPGD. El análisis de enriquecimiento sugirió que el perfil de BCR está involucrado en las vías de señalización relacionadas con la diabetes tipo 2, el mecanismo de acción cooperativa de pioglitazona/metformina y rosiglitazona/metformina en la diabetes tipo 2 y el metabolismo de los andrógenos. Conclusiones. Nuestro análisis revela una nueva firma de tres genes asociada con la recurrencia bioquímica. Esta firma de tres genes, conformada por POTEJ, NEFH y EMX2, pudo predecir la supervivencia libre de BCR a 5 años en pacientes colombianos con cáncer de próstata localizado/regionalmente avanzado. Además, nuestros hallazgos sugieren que la expresión de ERG y HPGD puede predecir la progresión de la enfermedad posterior a la prostatectomía radical.Background. A high number of diagnosed prostate cancer (PCa) tumors are indolent and will never become aggressive during a patient’s lifetime. On the contrary, one- third of tumors will experience post-operative disease relapse, with biochemical recurrence (BCR), and in a fraction of these, progression towards metastatic disease will lead to PCa associated death. PCa is the most incident and one of the main causes of cancer mortality in men; therefore, reliable biomarkers may help in decision-making and avoid mortal castration-resistant PCa (CRPC). We aimed to identify differentially expressed genes (DEGs) associated to BCR and to molecular subtypes in PCa, and assess their capability of prediction of BCR-free survival in Latin American PCa patients. Methods. A total of 117 cases with localized/regionally advanced PCa were included. RNA was extracted for sequencing from formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissues of radical prostatectomy (RP) and used for differential expression analysis to identify DEGs. Cox proportional hazard model was used to establish the risk score formula for the genes, and to classify patients into groups of high-risk (HR) and low- risk (LR) for BCR. In the same way, DEGs associated to molecular subtypes were assessed by univariate BCR-free survival analyses. Multivariate analyses were performed to determine the association between the gene predictors and BCR-free survival, and gene expression levels were validated by real-time PCR. MetaCore was used for enrichment analysis. Results. We identified 14 DEGs between BCR and non-BCR cases, from which three, POTEJ, NEFH and EMX2 were selected and proven to be associated with BCR. Using the risk score formula constructed with the three DEGs, patients were divided into HR and LR with significantly different 5-year BCR-free survival (BFS). The three-gene signature confirmed to be an independent predictor of BFS. ERG tumor subtypes had significantly different BFS, with HPGD found differentially expressed between the subtypes and, based on its expression, identified the risk of BCR-free survival within ERGhigh subtype only. ERGlow subtype had a bad prognosis independently of HPGD expression. Enrichment analysis suggested that the BCR profile is involved in signaling pathways related to Type 2 diabetes, the mechanism of pioglitazone/metformin and rosiglitazone/metformin cooperative action in Type 2 diabetes, and metabolism of androgens. Conclusions. Our analysis reveals a novel three-gene signature associated with biochemical recurrence. This 3-gene signature, namely POTEJ, NEFH and EMX2, was able to predict 5-year BCR-free survival in Colombian patients with localized/regionally advanced prostate cancer. In addition, our findings suggest that expression of ERG and HPGD may predict disease progression after radical prostatectomy.Doctor en Ciencias BiológicasDoctoradohttps://orcid.org/0000-0002-2467-5446Pontificia Universidad JaverianaDoctorado en Ciencias BiológicasFacultad de CienciasGómez Gutiérrez, AlbertoCombita Rojas, Alba LucíaZabaleta, Jovanny2024-03-21T13:46:35Z2024-03-21T13:46:35Z2024-03-01http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aaTesis/Trabajo de grado - Monografía - Doctoradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionPDFapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10554/66896instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.cospaAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2reponame:Repositorio Universidad Javerianainstname:Pontificia Universidad Javerianainstacron:Pontificia Universidad Javeriana2024-03-22T08:10:37Z |