Análisis transcriptómico de los mecanismos moleculares de lignificación y estrés hídrico en melina (Gmelina arborea Roxb) - Yaya Lancheros, Mary Luz (2017)
Gmelina arborea es una especie de importancia comercial. En Colombia, las plantaciones se encuentran principalmente en la región caribe, zona caracterizada por la presencia de dos periodos de sequía al año. Para ampliar el conocimiento sobre los mecanismos de respuesta a estrés hídrico en melina, se realizó un análisis de expresión diferencial a partir de datos previamente obtenidos para la especie. Se evaluaron cuatro métodos de ensamble de novo; una estrategia de metaensamble fue seleccionada como la más adecuada. El transcriptoma fue anotado y se identificaron marcadores SSRs con predominancia de las repeticiones de dinucleótidos AT y AG. Los análisis de expresión diferencial entre raíces estresadas y no estresadas, indicaron activación de genes de las vías dependientes e independientes de ABA. Algunos genes pertenecían a la vía de los monolignoles lo que evidencia cambios en la formación de lignina bajo condiciones de estrés. La lignificación está relacionada con procesos de formación de madera y con mecanismos de respuesta a estrés. Con el fin de obtener conocimiento relacionado con los genes involucrados en biosíntesis y regulación de las vías de lignificación en melina, se empleó una aproximación de RNA-seq. El ARN proveniente de árboles jóvenes fue secuenciado y las lecturas fueron ensambladas en 110.992 transcritos. Se anotaron 49.364 transcritos correspondientes a 5071 categorías ontológicas y 10.256 transcritos fueron asignados a 130 vías metabólicas KEGG. Se identificaron 20954 genes diferencialmente expresados entre hoja y tallo, de los cuales se validaron siete por qRT-PCR. Adicionalmente se analizó el perfil de ARNs pequeños expresados en xilema secundario.