Análisis bioquímico y transcriptómico de eritrocitos expuestos in vitro a metilmercurio en la tortuga marina Caretta caretta

El metilmercurio (MeHg) es la forma más tóxica y abundante del mercurio en la red alimentaria marina, produciendo daños sobre la salud a diferentes niveles en los organismos vivos y humanos. Las tortugas cabezonas (Caretta caretta) son consideradas especies centinelas de contaminación ambiental debi...

Full description

Autores:
Tipo de recurso:
doctoralThesis
Fecha de publicación:
2021
Institución:
Pontificia Universidad Javeriana
Repositorio:
Repositorio Universidad Javeriana
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repository.javeriana.edu.co:10554/55514
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/10554/55514
https://doi.org/10.11144/Javeriana.10554.55514
Palabra clave:
Caretta caretta
Transcriptoma
Estrés oxidativo
Expresión diferencial de genes
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Doctorado en ciencias biológicas - Tesis y disertaciones académicas
Tortugas marinas - Colombia
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Se determinó la CL50 de eritrocitos (eritrocitos) a MeHg y se evaluó el estrés oxidativo producido por MeHg en eritrocitos de cinco tortugas cabezonas pre-juveniles sometidas a concentraciones agudas de 0, 1 y 5 mg L-1, incubados in vitro a 30ºC por 12 h de exposición. Se evaluó la viabilidad de los eritrocitos a las 12 h y se analizó la actividad de las enzimas superóxido dismutasa (SOD), glutatión S-transferasa (GST) y la peroxidación lipídica por malondialdehído (MDA) a las 6 y 12 h de exposición. La concentración de Hg-T en agua fue de 1,96 µg L-1 y en eritrocitos de tortugas en cautiverio fue en promedio 31,14 µg L-1. Los eritrocitos expuestos en todas las concentraciones de MeHg mostraron aproximadamente 100% de viabilidad celular. Los niveles de MDA a las 6 y 12 h de exposición fueron más altos en los eritrocitos tratados con 1 y 5 mg L-1 de MeHg respecto al control. La actividad GST se inhibió a las 12 h de exposición al aumentar la concentración de Hg. La actividad SOD presentó variaciones en cada uno de los tratamientos, a las 6 h fue mayor a 1 mg L-1 y a las 12 h, fue ligeramente mayor a 5 mg L-1. No se observaron diferencias significativas en las actividades SOD, GST y MDA entre los tratamientos a las 6 y 12 h (Kruskal Wallis, p < 0,05). Sin embargo, se observó una correlación positiva entre la concentración de MeHg y los niveles de MDA (r = 0,56, p< 0,05) a las 12 h de exposición (Sperman). Esta fase de la investigación mostró a los eritrocitos como un buen modelo para estudios ecotoxicológicos. Preliminarmente, el transcriptoma sanguíneo de la tortuga cabezona fue secuenciado por RNA-seq. Este estudio proporciona el primer transcriptoma sanguíneo de alta calidad y el primer análisis estructural y funcional de tioredoxinas (Tnxs) y peroxiredoxinas (Prdxs) de la tortuga cabezona. El transcriptoma estuvo compuesto por 515.597 contigs con un N50 de 2631 pb. Se obtuvieron 374.545 unigenes, de los cuales 165.676 tenían ORF que codifican proteínas putativas. Un total de 52.147 (31,5%) de estas transcripciones tenían coincidencias de homología significativas en al menos una de las cinco bases de datos utilizadas. El estudio resultó en la identificación de 180 proteínas con actividad antioxidante, incluidas 28 Prdxs y 50 Tnxs. En general, los sitios activos y los motivos estructurales de las Prdxs y Tnxs estaban conservados. La investigación de Prdxs y Txns es de suma importancia debido a su abundancia y alta eficiencia catalítica en la reducción de peróxidos. Para profundizar en la expresión diferencial de genes y estudiar vías metabólicas afectadas por MeHg, se aisló el RNA total de cada una de las muestras de eritrocitos sometidos a MeHg (5 x 1 mg L-1 y 5 x 5 mg L-1) y los controles (5 x 0 mg L-1). Se obtuvo por RNA-seq el transcriptoma de los eritrocitos de la tortuga cabezona utilizando BGISEQ (lecturas pareadas de 100 pb). Nosotros generamos, entre todos los tratamientos 130.98 Gb en total (1333 millones de lecturas), y con estas, se ensambló un transcriptoma de novo. Las lecturas de secuencia de cada uno de los tratamientos (0, 1 y 5 mg L-1) se utilizaron para realizar análisis de expresión diferencial de genes y metabolismo de selenocompuestos, cisteína y metionina, glutatión y peroxiredoxinas. El análisis de expresión por RNA-seq identificó 83 genes desregulados, 39 sobreexpresados y 44 reprimidos. Los resultados indican claramente que el MeHg alteró los patrones de expresión génica como respuesta al estrés celular producido, reflejado en la desregulación del ciclo celular, la actividad lisosomal, la autofagia, la regulación del calcio, regulación mitocondrial, apoptosis y regulación de la transcripción y traducción. De acuerdo con el análisis de DEGs realizados se reporta una respuesta baja de la maquinaria antioxidante de reacción temprana ante la toxicidad del MeHg, evidenciado porque estos genes no se desregularon. Al parecer, los eritrocitos de la tortuga cabezona mantienen una expresión constitutiva de genes que representan buena parte de la defensa contra las especies reactivas de oxígeno (EROS) inducidas por el MeHg. Esta investigación representa el primer estudio realizado sobre la respuesta de eritrocitos a concentraciones agudas de MeHg en tortugas cabezonas utilizando RNA-seq. Los genes expresados diferencialmente identificados en este estudio proporcionan una línea base para estudios posteriores sobre los impactos del estrés oxidativo del MeHg en eritrocitos de la tortuga cabezona.
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Las tortugas cabezonas (Caretta caretta) son consideradas especies centinelas de contaminación ambiental debido a su susceptibilidad, a la acumulación de xenobióticos como consecuencia de su longevidad, baja tasa metabólica y su conversión eficiente de presas en biomasa. En un esfuerzo por entender los cambios en las actividades de las enzimas y la expresión de genes como biomarcadores de exposición a MeHg, nosotros expusimos eritrocitos de tortugas cabezonas a diferentes concentraciones de MeHg bajo condiciones controladas de laboratorio. Se determinó la CL50 de eritrocitos (eritrocitos) a MeHg y se evaluó el estrés oxidativo producido por MeHg en eritrocitos de cinco tortugas cabezonas pre-juveniles sometidas a concentraciones agudas de 0, 1 y 5 mg L-1, incubados in vitro a 30ºC por 12 h de exposición. Se evaluó la viabilidad de los eritrocitos a las 12 h y se analizó la actividad de las enzimas superóxido dismutasa (SOD), glutatión S-transferasa (GST) y la peroxidación lipídica por malondialdehído (MDA) a las 6 y 12 h de exposición. La concentración de Hg-T en agua fue de 1,96 µg L-1 y en eritrocitos de tortugas en cautiverio fue en promedio 31,14 µg L-1. Los eritrocitos expuestos en todas las concentraciones de MeHg mostraron aproximadamente 100% de viabilidad celular. Los niveles de MDA a las 6 y 12 h de exposición fueron más altos en los eritrocitos tratados con 1 y 5 mg L-1 de MeHg respecto al control. La actividad GST se inhibió a las 12 h de exposición al aumentar la concentración de Hg. La actividad SOD presentó variaciones en cada uno de los tratamientos, a las 6 h fue mayor a 1 mg L-1 y a las 12 h, fue ligeramente mayor a 5 mg L-1. No se observaron diferencias significativas en las actividades SOD, GST y MDA entre los tratamientos a las 6 y 12 h (Kruskal Wallis, p < 0,05). Sin embargo, se observó una correlación positiva entre la concentración de MeHg y los niveles de MDA (r = 0,56, p< 0,05) a las 12 h de exposición (Sperman). Esta fase de la investigación mostró a los eritrocitos como un buen modelo para estudios ecotoxicológicos. Preliminarmente, el transcriptoma sanguíneo de la tortuga cabezona fue secuenciado por RNA-seq. Este estudio proporciona el primer transcriptoma sanguíneo de alta calidad y el primer análisis estructural y funcional de tioredoxinas (Tnxs) y peroxiredoxinas (Prdxs) de la tortuga cabezona. El transcriptoma estuvo compuesto por 515.597 contigs con un N50 de 2631 pb. Se obtuvieron 374.545 unigenes, de los cuales 165.676 tenían ORF que codifican proteínas putativas. Un total de 52.147 (31,5%) de estas transcripciones tenían coincidencias de homología significativas en al menos una de las cinco bases de datos utilizadas. El estudio resultó en la identificación de 180 proteínas con actividad antioxidante, incluidas 28 Prdxs y 50 Tnxs. En general, los sitios activos y los motivos estructurales de las Prdxs y Tnxs estaban conservados. La investigación de Prdxs y Txns es de suma importancia debido a su abundancia y alta eficiencia catalítica en la reducción de peróxidos. Para profundizar en la expresión diferencial de genes y estudiar vías metabólicas afectadas por MeHg, se aisló el RNA total de cada una de las muestras de eritrocitos sometidos a MeHg (5 x 1 mg L-1 y 5 x 5 mg L-1) y los controles (5 x 0 mg L-1). Se obtuvo por RNA-seq el transcriptoma de los eritrocitos de la tortuga cabezona utilizando BGISEQ (lecturas pareadas de 100 pb). Nosotros generamos, entre todos los tratamientos 130.98 Gb en total (1333 millones de lecturas), y con estas, se ensambló un transcriptoma de novo. Las lecturas de secuencia de cada uno de los tratamientos (0, 1 y 5 mg L-1) se utilizaron para realizar análisis de expresión diferencial de genes y metabolismo de selenocompuestos, cisteína y metionina, glutatión y peroxiredoxinas. El análisis de expresión por RNA-seq identificó 83 genes desregulados, 39 sobreexpresados y 44 reprimidos. Los resultados indican claramente que el MeHg alteró los patrones de expresión génica como respuesta al estrés celular producido, reflejado en la desregulación del ciclo celular, la actividad lisosomal, la autofagia, la regulación del calcio, regulación mitocondrial, apoptosis y regulación de la transcripción y traducción. De acuerdo con el análisis de DEGs realizados se reporta una respuesta baja de la maquinaria antioxidante de reacción temprana ante la toxicidad del MeHg, evidenciado porque estos genes no se desregularon. Al parecer, los eritrocitos de la tortuga cabezona mantienen una expresión constitutiva de genes que representan buena parte de la defensa contra las especies reactivas de oxígeno (EROS) inducidas por el MeHg. Esta investigación representa el primer estudio realizado sobre la respuesta de eritrocitos a concentraciones agudas de MeHg en tortugas cabezonas utilizando RNA-seq. Los genes expresados diferencialmente identificados en este estudio proporcionan una línea base para estudios posteriores sobre los impactos del estrés oxidativo del MeHg en eritrocitos de la tortuga cabezona.Dirección de Investigación, Universidad Jorge Tadeo LozanoMethylmercury (MeHg) is the most toxic and abundant form of mercury in the marine food web, causing health damage at different levels in living organisms and humans. Loggerhead sea turtles (Caretta caretta) are considered sentinel species of environmental pollution due to their susceptibility to the accumulation of xenobiotics as a consequence of their longevity, low metabolic rate and their efficient conversion of prey into biomass. In an effort to understand changes in enzyme activities and gene expression as biomarkers of MeHg exposure, we exposed loggerhead sea turtle erythrocytes to different concentrations of MeHg under controlled laboratory conditions. The LC50 of erythrocytes (erythrocytes) was determined for MeHg and the oxidative stress produced by MeHg was evaluated in erythrocytes of five pre-juvenile loggerhead turtles exposure to acute concentrations of 0, 1 and 5 mg L-1, incubated in vitro at 30ºC for 12 h of exposure. The viability of the erythrocytes was evaluated at 12 h and the activity of the enzymes superoxide dismutase (SOD), glutathione S-transferase (GST) and lipid peroxidation by malondialdehyde (MDA) were analyzed at 6 and 12 h of exposure. The Hg-T concentration in water was 1.96 µg L-1 and in erythrocytes from captive turtles it was on average 31.14 µg L-1. Erythrocytes exposed to MeHg showed approximately 100% cell viability at all concentrations. MDA levels at 6 and 12 h of exposure were higher in erythrocytes treated with 1 and 5 mg L-1 of MeHg compared to the control. GST activity was inhibited at 12 h of exposure as the Hg concentration increased. The SOD activity presented variations in each of the treatments. At 6 h, it was higher at 1 mg L-1 and at 12 h, it was slightly higher at 5 mg L-1. No significant differences were observed in SOD, GST and MDA activities between the treatments at 6 and 12 h (Kruskal Wallis, p > 0.05). However, a positive correlation was observed between MeHg concentration and MDA levels (r = 0.56, p < 0.05) at 12 h of exposure (Sperman). This phase of the research showed erythrocytes as an excellent model for ecotoxicological studies. Preliminarily, the loggerhead turtle blood transcriptome was sequenced by RNA-seq. This study provides the first high-quality blood transcriptome and the first structural and functional analysis of thioredoxins (Tnxs) and peroxyredoxins (Prdxs) from loggerheads. The transcriptome consisted of 515,597 contigs with a N50 of 2,631 bp. 374,545 unigenes were obtained, out of which 165,676 had ORFs encoding putative proteins. A total of 52,147 (31.5%) of these transcripts had significant homology matches in at least one of the five databases used. The study resulted in the identification of 180 proteins with antioxidant activity, including 28 Prdxs and 50 Tnxs. In general, the active sites and structural motifs of the Prdxs and Tnxs were conserved. The study of Prdxs and Txns is of utmost importance due to their abundance and high catalytic efficiency in reducing peroxides. To delve into the differential expression of genes and study metabolic pathways affected by MeHg, total RNA was isolated from each of the erythrocyte samples subjected to MeHg (5 x 1 mg L-1 and 5 x 5 mg L-1) and the controls (5 x 0 mg L-1). The transcriptome of the loggerhead turtle erythrocytes was obtained by RNA-seq using BGISEQ (paired end reads of 100 bp). We generated, among all the treatments, 130.98 Gb in total (1333 million reads) and, with these, a de novo transcriptome was assembled. The sequence readings of each of the treatments (0, 1 and 5 mg L-1) were used to perform differential expression analysis of genes and metabolism of selenocompounds, cysteine and methionine, glutathione and peroxyredoxins. RNA-seq expression analysis identified 83 deregulated genes, 39 upregulated and 44 downregulated. The results clearly indicate that MeHg altered gene expression patterns in response to the cellular stress produced, reflected in cell cycle regulation, lysosomal activity, autophagy, calcium regulation, mitochondrial regulation, apoptosis and regulation of transcription and translation. According to the performed analysis of DEGs, a low response of the early-response antioxidant machinery to the toxicity of MeHg is reported, evidenced by the fact that these genes are not dysregulated. Apparently, loggerhead turtle erythrocytes maintain a constitutive expression of proteins that represent a good part of the defense against reactive oxygen species (ROS) induced by MeHg. This investigation represents the first study conducted on the response of erythrocytes to acute concentrations of MeHg in loggerhead turtles using RNA-seq. The differentially expressed genes identified in this study provide a baseline for further studies on the impacts of MeHg oxidative stress on loggerhead sea turtle erythrocytes.Doctor en Ciencias BiológicasDoctoradohttps://orcid.org/0000-0001-8442-9266https://scholar.google.es/citations?hl=es&user=fsJlIHgAAAAJhttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/EnRecursoHumano/query.doPontificia Universidad JaverianaDoctorado en Ciencias BiológicasFacultad de CienciasLópez Barrera, Ellie AnnePinzón Velasco, Mauricio AndresMariño Ramirez, LeonardoMoncaleano Niño, Angela MargaritaRomero Garcia, DiegoRodríguez Rojas, Luis MiguelJordan, Irving KingCarreras Huergo, Carlos2021-07-27T16:18:55Z2021-07-27T16:18:55Z2021-07-12http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aaTesis/Trabajo de grado - Monografía - Doctoradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionPDFapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10554/55514https://doi.org/10.11144/Javeriana.10554.55514instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.cospaColombia2015-2021Bolívar (Colombia)Magdalena (Colombia)Santa Bárbara (Santander, Colombia)Cartagena (Colombia)Santa Marta (Colombia)Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. 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